Война Москвы с Ливонией продолжалась и принимала характер большого напряжении. Напряжение во внешней войне осложнилось внутренним положением Москвы. После бегства кн. Курбского в Польшу царем начались жестокие преследования противников самодержавии и власти царя Всея Руси. Им были приняты новые реформы управлении страной. Русь была разделена на Разряды, «Опричнины», во главе которых стал сам царь, и «Земства», поставленного под власть Земского главы. Войска также были разделены и власть между ними не совмещалась. В связи с этой реформой устранялись от государственного правлении бывшие приближенные царя «Думной Рады» священник Сильвестр и братья Адашевы. Царь создал новое окружение, в состав которого принимал еще менее известных и знатных лиц. После реформы он оставил Москву и переселился в Александровскую Слободу, около Троицко-Сергиевской лавры, где обосновал свой двор.

Подобрал он себе также новый круг придворных и отобрал новую тысячу дворян. На просьбу народа и духовенства не покидать царства царь согласился с условием что ему не будут мешать «класть свою опалу на изменников, и иных казнить». В опричнину вошли новые люди, верные царю, при помощи которых царь решил превратить окончательно в служилый класс потомков удельных князей и княжескую аристократию. В Опричнину вошло много городов, из которых царь выводил бывшую владетельную знать, переселял их на окраины, а на их место селил мелких помещиков-опричников, преданных ему и зависимых от него. Время Опричнины было временем жестокой расправы над прочно державшимися за удельную систему бывшими правящими и всесильными. Во время этой расправы погиб двоюродный брат царя Владимир Андреевич, мать которого не оставляла мысль воцарении его на московском престоле. Со времени князя Иоанна Третьего образовались две великокняжеские линии: от первой жены — сына Иоанна, и второй жены, византийской принцессы — сына Василии.

Иоанн Грозный принадлежал к младшей линии, а со стороны устраненной старшей линии оставался в живых двоюродный брат царя, внук рано умершего сына Иоанна Третьего, Иоанна Младшего. С гибелью представителя династии старшей линии, прекращалась борьба за трон.

Противником царских расправ оказался митрополит Филипп, происходивший из знатного рода бояр Колычевых. Он был низложен, отправлен в Тверь и заключен в Отрочь монастырь, где и был умерщвлен. Погибла также большая часть знатного боярства и княжеских родов. Опричнина продолжалась до 1572 года и за это время была разгромлена вся княжеская аристократия. Удельные вотчины перешли к государю, владельцы их превратились в служилый класс, подвластный царю.

Тяжелое внутреннее положение сопровождалось неудачами на внешнем фронте и создавало благоприятные условия для набегов со стороны крымского хана. Несмотря на понесенное поражение у Астрахани, крымский хан продолжал грозить царю «огнем и мечом», и требовал, чтобы царь отказался от владений Казанью и Астраханью. Непрекращавшиеся угрозы со стороны Крыма требовали лучшей организации обороны пограничной полосы. В 1571 году царь поручит воеводе М. И. Воротынскому разработать порядок службы пограничных казачьих войск. Он должен был вызвать в Москву начальников частей боярских: детей и казачьих атаманов, сделать списки их наличного состава, установить места их расположения и разработать порядок службы. По прибытии в Москву «пограничников» Воротынский представил Царю составленный им список, и царь повелел строго установить всех порознь: из каких городов, в каком направлении и на какое расстояние посылать станицы, и в каких местах стоять сторожам, и указать, какая местность должна обслуживаться разъездами каждой станицы. Подробно была разработана служба дозорных и отправка ими донесений. Сторожа должны были стоять на возвышенностях, не слезая с лошадей. Завидев движение в степи, сторож должен был нестись на быстром аллюре с донесением к следующему посту, передавать донесение, тот также должен был гнать коня к следующему посту, и таким образом донесении с южных границ достигали быстро до Москвы. После того как был принят Устав пограничной службы, на границы были отправлены «головы» в сопровождении станичных голов, атаманов и казаков для осмотра положении на местах. После осмотра на местах был утвержден приговор, определивший задачи пограничной службы в следующей форме: чтобы окраинам было бережение, чтоб воинские люди татар, безызвестно на украины войной не ходили. Несение пограничной службы возлагалось на служилые городские казачьи части, части боярских детей и на поселении донских казаков. Сторожа служилых войск спускались к югу и сливались с донскими казаками, и таким образом наблюдение в сторону юга велось до пределов Крыма и кочевья ногайской орды.

Война на западе продолжалась, и московские войска еще держались на занятых ими местах, глубоко проникнув в земли противника. Части донских казаков находились в составе московских войск и только незначительная часть их находилась на Дону. К этому времени, к ряду реформ, происходивших среди вооруженных московских войск и службы городских казаков, необходимо отнести и объединение частей верховых и низовых донских казаков. Атаманом объединенного войска был Михаил Черкашин и он находился на Дону. Гетманом днепровских казаков был Ружинский. Они имели от царя задачу держать под угрозой Крым и обеспечивать границы московских владений от нападений с этой стороны. Казаки держали под угрозой нападении крымское ханство со, стороны Дона и Днепра. В одном из поисков в Крым татарами был взят сын Михаила Черкашина и казнен. В 1572 году Черкашин с казаками ворвался в Крым, захватил много пленных, в том числе двадцать лучших: людей да шурина турецкого султана. Несмотря на организацию пограничной службы, татарам удавалось проникать скрытно в московские пределы. Ими была выработана соответствующая тактика. Они избегали речных переправ и проходили по речным водоразделам, так называемым «муравским шляхом», шедшим от Перекопа до Тулы между верховьями двух бассейнов: Днепра и Северного Донца.

После установившегося господства Турции Крым превратился в один ив центров работорговли. Для крымских татар набеги составляли жизненный промысел. Главной добычей татар были мальчики и девочки. Идя в набег, татары запасались длинными ременными веревками, которыми связывались захваченные пленные, малых детей сажали в корзинки. Пленники продавались в Турцию и другие страны. XVI век был временем жестокой торговли «живым товаром». Гавани Средиземного, Эгейского, Черного и других морей были торговыми рынками рабов. Пленные прибывали в Крым из московских, польско-литовских и других соседних стран в таком количестве, что сидевший у ворот Перекопа еврей-меняла, спрашивал: «Есть ли еще люди в этих странах, или уже нет?». Служба казаков и пограничных войск заключалась в том, чтобы предупредить население от неожиданных нападений. Однако организованное постоянное наблюдение не всегда справлялось, ив 1571 году крымский хан прорвался с отрядом и дошел до Москвы, сжег ее окрестности и увел в плен сотни тысяч русского народа. После чего хан писал царю: «Жгу и пустошу твою землю из-за Казани и Астрахани. Я пришел на тебя, город твой сжег, хотел венец твоей головы, но ты не пришел и против нас не стал, а еще хвалишься, что ты московский государь… Захочешь с нами дружбу, тогда отдай нам юрты Казань и Астрахань, а дорогу твоего государства видел и опознал…». (Соловьев. «Ист. государства Российского», стр. 226). Царь Иоанн Грозный большую часть времени проводил с войсками на Ливонском фронте, поэтому встречать нападении крымского хана с татарами на южных границах не мог. Все внимание обращено было на западный фронт, где война, прерываемая мирными договорами, продолжалась.

В 1575 году умер польский король Сигизмунд. На польский престол был избран один из мелких венгерских князей Стефан Баторий.

Со времени избраяи польским королем Стефана Батория война для Москвы на западном фронте начинала принимать более тяжелые формы, но в то же время на востоке произошло важное событие: часть донских казаков, перевалив Уральский хребет, завоевала Сибирское царство.