В Москве тяжело переживались военные неудачи на западном фронте. Все побережье Балтийского моря и завоеванные территории в Ливонии и Белоруссии были оставлены, войска Стефана Батория осаждали Псков.
Внутри страны продолжалась тяжелая борьба царя с боярством. Жестокость царя в отношении бояр превосходила все границы. Силы страны были истощены непрерывавшимися внешними войнами и внутренней борьбой. Борьба сопровождалась казнями и бегством приближенных царя заграницу. Сторонники старой удельной системы в борьбе с царем также не щадили его: первая, любимая жена, Анастасия Романова, была отравлена его противниками. Первый сын царя, Дмитрий, во время поездки царя с Царицей на богомолье по недосмотру придворного окружения утонул в реке. Второй сын, полный сил и здоровья, наделенный всеми духовными качествами для правления страной, умер от смертельного ранения, нанесенного ему при странных обстоятельствах самим царем, в деле этом был замешан Борис Годунов, злая воля которого не была в этом деле исключена. Наследником престола оставался слабый и негодный для управления страной младший сын царя — Федор, женатый на сестре Бориса Годунова. Таким образом, со смертью царя страна стояла перед угрозой прекращении династии.
Намеченные в начале царствовании широкие завоевательные планы были выполнены только наполовину и только на востоке. Казань была завоевана, и группа казаков с атаманов Ермаком перевалила Уральский хребет и покорила обширные пространства Сибирского царства. Нижнее Поволжье было во владении Москвы. Астраханское царство и Ногайская орда еще требовали больших усилий для окончательного их замирении, но не прекращавшаяся внутренняя борьба правящих ханов облегчала защиту с этой стороны. Осталась угроза постоянных нападений со стороны Крыма и стоявшей за ним Турции. Против них Москва была бессильна прочно обеспечить границы своих владений, и даже столица страны — Москва, — находилась все время под угрозой нападении.
Посольство Ермака, во главе с Иваном Кольцо, прибывшее в Москву с извещением о покорении Сибирского царства, было принято торжественно. Иван Кольцо с казаками были ласково приняты царем и при дворе были окружены многими ласками. Царь приказал служить в главном соборе Москвы благодарственный молебен. По сведениям современников, в Москве не было такой радости со времени покорении Казани. В Москве звонили в колокола, пели молебны и народ кричал: «Еще одно царство нам Бог послал». Ермаку с его товарищи и всем казакам царем были прощены все их прежний вины, и царь одарил Ивана Кольцо и прибывших с ним казаков подарками. Ермаку были пожалованы шуба с царского плеча, боевые доспехи, в числе которых два панцыря и грамота на его имя, в которой царь жаловал атамана Ермака писать Сибирским князем, а в грамоте своей жалованной написал: «Сибирскому князю Ермаку Тимофеевичу и товарыщи за многую вашу заочную службу и за охочии кровопролития и за взятие Сибирского царства во всех винах ваших, мы, великий государь, прощаем, сверх того награждаем Вас своим государевым жалованьем».
В то время, когда Ермак совершал поход в Сибирь, и в Москве уже его посольство милостиво принято было царем, атаман донских казаков Михаил Черкашин, во главе части войска, в составе московских войск, находился на Ливонском фронте. В 1581 году, в качестве походного атамана он находился в числе московских воевод и иных дворян у Пскова. При осаде обе стороны несли большие потери. «Был убит советник короля, Бекеш, и много и без числа побито у приступов и на вылазках. Да тут же убили Мишку Черкашина, а угадал себе сам, что ему быть убиту, а Псков будет цел…». (Документы по истории XV–XVIII в.в. Писаревская летопись). Атаман Черкашин был убит в 1581 году; войска Стефана Батория, простояв под Псковом тридцать две недели, сняли осаду и ушли от Пскова.
В Москве Иван Кольцо с казаками, обласканные царем, с подарками отправлялись в Сибирь к князю Ермаку Тимофеевичу. Как пишет летописец, — «царь послал денег, сукон и иных всяких товаров, вина и запасов с множественным удовольствием». Ермаку царь послал наказ явиться в Москву. Иван Кольцо с казаками возвратился в Сибирь 1 марта 1582 года. По запискам голландского историка Сибири Витзена, Иван Кольцо на обратном пути набрал 1 500 семей охотников и привел в Сибирь. Кроме разрешении набирать охотников, данного царем Ивану Кольцо, царь разрешит набирать охотников вологодскому епископу а отправить с Иваном Кольцо в Сибирь десять священников. Из Москвы на усиление отряда Ермака отправлялся отряд под начальством кн. Волконского и воеводы Глухова, который прибыл в Сибирь 5 ноября 1583 года.