После смерти Иоанна Грозного на московский престол вступил царь Федор Иоаннович. После сильного напряжения во внутренней и внешней политике, продолжавшегося в течение всего царствования Иоанна Грозного, в стране началась полоса мирного существования, чему способствовала внешняя обстановка. С Польшей и Данией было заключено перемирие, со стороны Крыма ослабела угроза нападений ввиду начавшихся ханских междуусобиц и постоянных нападений на Крым донских и днепровских; казаков. Крымский хан, Сайдан, свергнутый Гиреем — Исламом, бежал с братом в Москву, при содействии которой получил во владение части ногайской орды. С Турцией велись переговоры о мирных отношениях, и центром переговоров была деятельность донских казаков и их постоянные нападения на крымские владения и Азов. Султан грозил расправой с донскими и терскими казаками, если Москва не остановит их от враждебных действий против Крыма и турецких владений. Москва отвечала, что у царя готово многочисленное войско для защиты границ донских и терских казаков.

Силы Москвы к тому времени составляли: 15 тысяч дворян, делившихся на три степени: больших, средних и малых, московских и так называемых — выборных, составлявших конную дружину, 65 тысяч всадников из детей боярских, 10 000 стрельцов пеших и конных, 6 000 городовых и служилых казаков. Кроме того на службе состояли 4 500 наемных немцев и поляков. На Дону всегда были 12 тысяч донских казаков, готовых выступить в поход в составе Московских войск. Для важного ратного дела выезжали поместные боярские дети, число которых точно не установлено. Но многие из них вооружены были плохо и только пехота имела на вооружении пищали. На знаменах войск было изображение Георгия Победоносца. Конница всегда шла в бой под звуки огромных набатов, барабанов, сурн и бубнов; всадники пускали тучи стрел, потом извлекались мечи, которыми всадники махали над головой и устремлялись вперед густыми толпами. Пехота против крымцев защищалась обыкновенно, «гуляем», или подвижным складным городом, возимым на телегах; город по длине занимал пространство до 2–3 верст, и пехота стреляла из этого укреплении. Донские казаки выполняли роль выдвинутого в сторону противника авангарда. Московское правительство давало им указании: «Толко бо есте того берегли накрепко, как воинские люди крымские, казыева улуса, ногаи пойдут войной на наши украины, или которые люди пойдут в полоном с наших украин, и вы бы над ними поиски учинили и полон освободили: того бе сте единолично берегли накрепко, а нам служили, и мы вас, за вашу службу жаловать будем». Указании эти сводились к тому, что в случае движении крымских татар к московским границам казаки должны отбивать врага и даже нападать на владении крымского хана. Охрана от неожиданных нападений татар лежала, преимущественно, на служилых и донских казаках. Служилое казачество посылалось дозорами с линии укрепленных границ московских владений и спускалось далеко на юг. Разъезды высылались 1 марта и несли службу до первого большого снега. Одному из «голов», ведавшим дозорами, поручалось стоять на Дону, в Вежах, выше Медведицы и Хопра, и перезжать «гряду» направо за Дон, вверх до Айдара, и налево до устья Балыклея. Мещерским казакам приказывалось «ездити вниз по Дону к Клеткам до Переволоки волжинской и ниже, где ходят ногайские люди в Крым и из Крыма в Ногай». А иногда рязанские станицы посылали вниз по Дону до Кумшацка и до Раздоров Донецких. Таким образом, все степное пространство между границами московских владений и землями донских казаков охранялось дозорами служилых казаков, которые держали непосредственную связь с донскими казаками. Служба их определялась порядком, выработанным кн. Воротынским, и казаки пользовались условиями службы боярских детей. Они награждались землей, получали жалованье деньгами, продуктами и льготами беспошлинной торговли собственными изделиями.

Северные окраины донских казаков по реке Вороне ко времени царствовании Федора Иоанновича постепенно застраивались храмами, монастырями и приютами, в которых могли спокойно доживать век старые казаки и казачки после тревожной и все время связанной с опасностями казачьей жизни. На западе границы донских казаков распространялись до р. Миуса или Камиуса. К западу от этой линии лежали степи, отделявшие земли донских казаков от территории днепровских казаков. Крепость — Азов находился во владении турок, занимался их гарнизоном и закрывал выход казакам в Азовское и Черное моря, в то же время лишая низовое казачество их исторического культурного центра, где находились чтимые ими соборы, иши превращенные турками в мечети, или разрушенные.

С 1572 года Донское войско было объединено под властью одного атамана и была введена жестокая дисциплина: за неповиновение войску применились решительные меры не только к отдельным лицам, но и целые станицы «брались на щит» и виновные поголовно уничтожались. Войско пополнилось и выходцами из Великороссии, Новгорода, Вятки и других мест, а также инородцами. Однако прибывающие принимались в казаки не все и не сразу. Чтобы стать казаком, т. е., полноправным членом Войска, нужно было иметь постановление Войска. Для этого требовалось заявление и согласие войскового Круга или станичного постановлении.

Далеко не все получали такое согласие. Нужно было для этого пожить на Дону, и иногда продолжительное время, войти в местную жизнь, «застариться» и тогда только давалось разрешение на право называться казаком. Поэтому среди казаков проживала значительная часть населении, не принадлежавшая к казачеству. По старым актам того времени эти люди назывались «бездольными людьми» и «бурлаками». Из них образовывались рабочие группы для ловли рыбы, варки соли, ухода за скотом и других войсковых и станичных работ, которые не могли выполниться самими казаками. Земледелия на Дону до 1695 года не существовало. Главное имущество казаков составлял скот и коневодство. Среди казаков, преимущественно военных, не было ремесленников, ремеслом занимались люди не казачьего сословии. Таким образом, условии зачислении в казаки лишний раз подтверждают, что образование Войска происходило не из случайного скоплении отдельных лиц и групп беглецов, а что эта была сложившаяся в известных условиях народность, ревниво охранившая право своего гражданства, которое посторонними приобреталось только с согласии коренного населении.

Границы Московского государства на юге вплоть до конца XVI в. отделялись от Донской области большими пространствами «Дикого поля». Но в царствование Федора Иоанновича начинается быстрое продвижение Московского государства в пределы Поля: в 1586 году были основаны Ливны, Елец, Воронеж; в 1593 — производился новое продвижение к югу и были построены: Оскол, Валуйки и Белгород. Одновременно с выдвижением опорных пунктов вперед, к границам Донского войска, начинает меняться и отношение со стороны правительства к донскому казачеству. Борис Годунов, будучи еще правителем при царе Федоре Иоанновиче, решил подтянуть окраины государства и наложить руку на донское казачество. В 1593 году, с отправлявшимся в Турцию послом Нащекиным донским казакам была прислана от царского имени грамота, в которой указывалось, чтобы «казаки с азовцами жили в мире и чтобы отпустили с Нащекиным в Азов своих „полоненников“ без откупу, и проводили бы Нащекина до Азова». Но кроме этого, в грамоте указывалось, что на Дон посылается «голова», боярский сын, Петр Хрущев, с которым донские казаки на Дону и в «Раздорех, где пригоже царским делом промышляли бы».

Проезжая станицы верховых казаков, Нащекин имел наказ в сношении с казаками «властно» предъявлять требовании. Подъехав к Раздорам, Нащекин остановился в трех верстах от Войска, в «Гостинном острову», и не пожелал идти на Круг, а посылал три дня требования, чтобы казаки шли к нему на стан. Наконец, атаман Войска, Воейков, с тремя стами казаков прибыл в стан Нащекина и силою заставил Нащекина явиться на Войсковой Круг. Главная часть войска в это время была в походе и до возвращения его казаки не могли принять решении, — Нащекина задержали до возвращении казаков из похода. Но на Кругу «чли грамоты» вслух при сильном крике и возмущении. По возвращении казаков из похода Кругом было принято решение: полонянников султанских Чауша с шестью князьями черкасскими без выкупа не отдавать, и «с досады одному исз них отсекли руку, вопя на шумной сходке: мы верны царю Белому, но кого берем саблей, того не освобождаем даром». У Нащекина были отобраны дары царские и решительно отказались признать власть присланного московского «головы». Атамана верховой станицы Вишату Васильева утопили в Дону. После этого случая Борис Годунов послал на Дон кн. Волконского с грозной грамотой, в которой от имени царя Федора «за вооруженные нападении на азовцев и Крым грозил казакам опалой и казнями» и «впредь вам к нам николи не бывать и пошлем на низ Доном в Раздоры большую рать и поставить велим городок в Раздорах и вас гоним с Дону, и вам от нас и от турецкого султана где избыти, только почнете воровать, как теперь воруете». В то же время в царском указе требовалось, чтобы «казаки нарядили отборных молодцов и отправили на Арасланов улус добывать языков и про ханское умышление проведать. Если ханцы пойдут на московские окраины, то чтобы все казаки на перевоз и на дороги и на Донец Северский, где сойтись с путивлскими и запорожскими черкесами, под командой гетмана Косицкаго, и вы бы промышляли с ними и с нашами дворянами, которые с ними будут за одно».

Но казаки при сложившихся отношениях не только не хотели «показать службы», но отказались провожать московского посла. Кн. Волконский, посланный встречать турецкого посла, доносил: «Донские атаманы и казаки в провождании нас отказали». «Силою мы никого заставить провожать не можем, — говорили казаки, — а которые охотники сами хотят ехать, мы им не запрещаем. Но охотников с нами ищет человек тридцать… Хотели с нами охотники итти много, но с Украины на низ в войско бежал казак Нехорошко Картавый, который сбежал с твоей Государевой службы в Серпухове, и говорит, что в Москве их товарищам нужда великая: государева жалованья им не дают, а на Дон не пускают и служат на своих конях и корму им не дают, а иных в холопи отдают. Услышав это, многие атаманы и казаки с нами ехать раздумали, а которые с нами едут, мы им не верим, потому что они побежали от донских казаков, 40 чел., думаем, что они пошли в Черкассы…».

Кроме того против донских казаков были приняты и другие меры: им было запрещено появляться в пределах московских владений; пограничным жителям было запрещено вести с казаками торговлю. Если казаки появлялись самочинно в русских городах, их хватали и сажали в тюрьмы, а многих казнили, вешали и в воду садили.

Для обуздания казаков была построена далеко выдвинутая вперед крепость на С.-Донце — Царев-Борисов. Постройкой этой крепости был обеспокоен крымский хан, и на его запрос Борис Годунов ответил, что эта крепость построена протиов казаков. Стали применяться против казаков и меры карательного характера. Среди служилых казаков набирались добровольцы и посылались на Дон для ловли казаков. Так некий волжский атаман. Волдырь, «произвел несколько набегов на Дон, был на Медведице с 40 казаками и захватил несколько „воровских“ казаков, за что получил награду от царя…».

На враждебные действия со стороны Москвы в отношении донских казаков, вызывались ответные действии и со стороны последних. Донские казаки напали на только что построенный городок Воронеж, сожгли его и воеводу кн. Долгорукова-Шабанского убили. Это был первым выступлением донских казаков против московских владений, и являлось оборонительным средством против надвигавшего агрессивно настроенного московского правительства, возглавляемого Борисом Годуновым.