Гонсевский знал о начавшемся движении ополчений на Москву и готовился к ее обороне. Поляки занимали Кремль и Китай-город. Но эта укрепленная часть Москвы окружалась еще «Белым городом» и «Земляным». Защищать все пространство поляки не могли и они решили выжечь эти части, чтобы ополчении не могли их использовать для обороны.

Этому предшествовал открытый бунт москвичей, жителей Китай-торода. В начавшейся уличной ссоре москвичей с поляками последние применили вооруженные силы и москвичей было много убито, а остальные были изгнаны в Белый город, который и подожгли во многих местах. Ополчение, подойдя к Москве «всей землей», должно было установить правительство, которого в стране не существовало. Для управления войском и землей представители всех ополчений избрали правителями: Прокопия Ляпунова, князя Д. Трубецкого и Заруцкого. Для ведения дел были установлены Разряд и Поместный приказ — для управления службой и земледелием, ратных людей и Большой дворец и Большой приход — для хозяйственных и денежных дел. Вся «земля» определила, как пишет ак. Платонов, — «порядок ведения разных дел земельных и служебных, как в рати, так и в городах». Таким образом, под Москвой была образована государственная власть, заменившая собою боярское правительство, находившееся в Москве при гетмане Гонсевском.

Первым к Москве подошло ополчение под начальством Пожарского. Пожарский подошел к Москве, когда поляки делали поджоги Белого и Земляного городов. Пожарский вступил в бой с поляками, был тяжело ранен и принужден отступить от Москвы. После отхода ополчения Пожарского к Москве подошло ополчение «всей земли» и расположилось вдоль стен Китай-города. Земляной вал был весь в руках ополчения. Количество войск по сведениям занимавших Москву поляков было до 30 тыс. человек. Поляки оказались в полной осаде. Гонсевский, чтобы отвлечь русские ополчения от Москвы, послал предложение Сапеге, чтобы он со своим отрядом действовал в тылах русских.

Сапега, ко времени подхода ополчений к Москве, с отрядом занимал Поклонную гору. Он вступил в переговоры с ополчением, предлагая избрать его московским царем, но получил отказ, и решил действовать самостоятельно не только от Гонсевского, но и короля. Он ушел с отрядом к Переяславлю, преследуемый частью ополчения. Ополчения вели постоянные атаки на Москву. Гонсевский известил короля о положении его в Москве, прося помощь. Помощь от короля не появлялась, и Гонсевский решил применить провокационные меры с целью разложить ополчение. Он выпустил из Москвы казака с поддельной под руку Ляпунова грамотой, в которой говорилось: «После занятия Москвы и приведения земли в порядок казаки будут все истреблены, как злое семя». Но к тому же времени ополченским правительством был издан указ с целью водворения порядка и послушания в войсках. В указе писалось: «Крестьян и людей беглых и выведенных насильно помещиками и вотчинниками в Смутное время, возвратить прежним владельцам…» Казакам запрещалось избирать атаманов, и строго запрещалось ходить на фуражировку самостоятельно, а только под начальством и наблюдением начальников из Земельного ополчения. Пойманных и уличенных в грабежах приказывалось казнить, но казнь должна была производиться по утверждению Земской думы. Дворянин Плещеев с согласия Ляпунова решил сейчас же произвести расправу с казаками, и посадил 28 казаков в воду. Казаки увидели и вынули их из воды. Подозрение пало на Ляпунова, и против него поднялось возмущение. Меры, принятые Земской Думой, по настоянию дворянства, касались исключительно крестьянства и холопей, стремившихся закрепить за собой право казаков. Постановление это противоречило обещаниям, деланным Ляпуновым во врет призыва народа в ополчение. Подойдя к Москве, он решил принять меры против нарушенного Смутным временем порядка и сословных отношений. Решение было подписано представителями всего земства, но главным виновником этого решения считался Ляпунов. Решение это вызвало возмущение среди более беспокойного элемента, под названием казаков, составлявших часть ополчения, находившихся под начальством атамана Заруцкого. Но во внешней политике он не удовлетворял и старых казаков Донского войска.

После того, как выяснилось, что Владислав не мог быть претендентом на московский престол, ввиду стремления занять его Сигизмундом, Ляпунов продолжал держаться того взгляда, что претендентом должен быть иноземный принц, и поддерживал кандидатуру шведского наследника принца Филиппа, сына Карла IX. Этим он отталкивал и донских казаков, стремившихся избрать московского царя российского происхождения. Казаки потребовали Ляпунова на Круг, Ляпунов испугался и бросился бежать в Рязань. Его схватили, привели на Круг и он был зарублен саблями.

Выяснилось потом, что в договоре бояр о призвании польского королевича писалось: «На Волге, Дону, Яику и на Тереке казаки, буде надобе, или не надобе, о том государю королевичу говорили с бояры и думными людьми, как буде на государстве…» (Сватиков. «Россия и Дон», стр. 56). Выступая против бездомных людей, сорванных с мест анархией, представители земства решение приняли несвоевременно, не имея средств для приведения решении в жизнь, ибо казаки составляли подавляющую часть ополчения. После гибели Ляпунова земские ополчения стали расходиться и как повествует летописец: «Мнози разыдошася от царствующаго града, и мало по малу отидоша от Москвы прочь…» Под Москвой остались казаки да некоторые дворяне, бывшие в Тушино и Калуге. Единственной силой под Москвой остались казаки. Им принадлежала власть в стране и они продолжали борьбу против поляков, укрепившихся в Москве.