После распада Земского ополчения и Земской думы в стране не осталось никакой власти. Москва была занята поляками. Казаки, поставленные сложившимися событиями в положение центральной власти, были не в состоянии выполнить роль организующего политического центра. По своему бытовому и социальному положению казакам чужды были московские порядки и, кроме того, они могли нести для русского народа идеи равенства и экономического раскрепощения. Призывы эти противоречили целям земства и создавали между ними враждебные отношения. Кроме политических разногласий между казаками и земством имелось еще одно обстоятельство, а именно — в стане казаков при атамане Заруцком Находилась Марина, считавшая себя законно коронованной царицей Московского государства, и у нее был сын Иван, которого она и Заруцкий считали наследником на московский престол, что в глазах русских патриотов считалось «казачьим воровством».

Безотрадность русской общественности заключалась в том, что она утратила привычную ей политическую организацию и не находила в себе сил для ее восстановления. Боярство, как политическая сита, сходила с исторической сцены и для руководящей политической роли требовались новые силы, выдвигаемые новыми общественными слоями русского народа. Эти силы начинали постепенно формироваться в среднем слое русского народа: духовенства, служащих, торгового люда и горожан. К этим слоям решительно примыкали донские казаки.

Они продолжали осаду Москвы, как будто желая доказать, что со смертью Ляпунова ничего не изменилось. Гонсевский, чтобы разложить казаков и заставить отойти от Москвы, выслал к ним «лазутчика», с предложением покинуть стены Белого города и передать его полякам. Казаки «лазутчика» посадили на кол, и продолжали держать поляков в осаде. В стан казаков из Троицкой лавры был прислан образ Казанской Божьей Матери. Казаки встретили его торжественно, а на другой день Заруцкий приказал бить тревогу и двинул казаков на приступ Девичьего монастыря, занятого немцами в 200 человек и 400 запорожцев. (Костомаров, «Смутное Время», стр. 231). Монастырь был взят, и защитники все были уничтожены. В монастыре были освобождены черницы, среди которых были дочь двоюродного брата царя Ивана Грозного и дочь Бориса Годунова, Ксения, которые были отправлены во Владимир. Казаки не оставляли поляков в покое и 23 сентября пустили гранаты в Китай-город и зажгли его. Поляки не могли остановить пожар и должны были уйти в Кремль, что еще больше стеснило их. Но к этому времени под Смоленском положение изменилось в пользу поляков. Смоленск был взят приступом. Сигизмунд оставил в городе гарнизон под начальством коменданта Якуба Потоцкого, и с войсками ушел в Польшу. Был созван Сейм и в торжественной обстановке королю были представлены знатные московские пленные, в числе которых были бывший царь Василий Шуйский, его брат, защитник Смоленска, воевода Шеин и великое посольство, во главе с Филаретом. Сеймом было принято решение послать в Москву помощь гранизону под начальством гетмана Ходкевича. Организация отправки войск была поручена коменданту Смоленска Потоцкому. Ходкевичу было дано 3 000 пехоты и потом присоединены были 1 500 всадников. С этими войсками Ходкевич двинулся к Москве. Движение его сопровождалось все время стычками с «шиши», или русскими партизанами. В начале октября Ходкевич приблизился к Москве и выслал отряд запорожских казаков с извещением осажденных о своем походе. Отряд этот попал в засаду «шиши» и весь был уничтожен, спасся один их атаман Ван-сович. 4 октября Ходкевич приблизится к Москве и 12 двинулся на ступ позиции казаков. Приступ казаками был отбит и Ходкевич отошел с войсками в Красное Село. Не имея возможности прорвать линию обороны казаков, Ходкевич ограничивался отдельными стычками. Но положение казаков после его подхода к Москве осложнилось, и казаки из осаждавших превратились в осажденных. «И бысть в русском стане глад велик, свинцу и пороху недостаток». Трубецкой и Заруцкий писали в Обитель, чтобы слали свинец и порох, и слали грамоты с призывом людей на помощь. После того, как патриарх Гермоген был посажен под стражу поляками, роль призыва к борьбе русското народа против поляков перешла к Троицко-Сергиевской лагре. Архимандрит Дионисий с келарем Авраамием Палицыным с Собором рассылали грамоты по всей стране и казакам послали на помощь пеших слуг, свинец и порох (Авраамий Палицьгн. «Сказание об осаде Троицко-Сергиевской Лавры»), На разосланные грамоты и призыв стали собираться ополчении разных городов, и одним из более значительных оказалось нижегородское.

В это время в Пскове появился третий Лжедимитрий, и часть холопей казаков, стоявших под Москвой, целовала ему крест. Лавра отвергла это целование, однако это событие произвело резкий раскол среди казаков. Донские казаки поднялись против «голытьбы», возглавлявшейся Заруцким и совершенно отделились от них.

В течение месяца Ходкевич оставался в Красном Селе, тревожимый все время партизанами и имея стычки с казаками. Не имея возможности изменить участь осажденных, гетман отправился с войсками к Рогачеву и остановился у Волоколамска, предоставив осажденных своей участи. Продолжавшаяся осада Москвы истощила казаков материально: они были босы и наги, испытывали недостаток в военных припасах, и к весне ожидался поход к Москве Ходкевича, усиленного литовскими войсками. Руководители ополчении Нижнего города Пожарский и Минин, не торопились двигаться к Москве. Вначале поджидали подхода ополчении казанцев, но не дождавшись, перешли в Ярославль и оставались в нем. Пожарский решительно уклонился от соединении с казаками и целью его было избрание царя без участия казаков. Из Ярославля Минин и Пожарский рассылали грамоты с призывом выборных людей от городов для избрания законного государя. Вместе с тем, он вел переписку через Новгород с шведским королем, прося его отпустить наследного принца на московский престол, и в то же время вел переписку и с австрийским императором, прося его сына на московское царство. Пожарский, как и многие представители московского боярства, был сторонником иноземного кандидата на московский престол. По заявлению псковского летописца: «Народи же не восхотеша тому быти». В народе, и главным образом среди казаков, избрание царем иноземного происхождения было неприемлемо. Среди казаков давно уже называлось имя «ближайшего братенича блаженнаго государя Федора Иоанновича, сына Федора Никитича Романова — Михаила». В этом отношении Пожарский и казачий стан были непримиримы. Примирение между казаками и лагерем Пожарского взяла на себя Сергиевская лавра. Чтобы принудить Пожарского идти с ополчением к Москве, Дионисий и Авраамий послали к нему послов с нареканием, что если Ходкевич раньше вашего «к Москве придет, то всуе труд будет и тще ваше собрание». Пожарский «старцев в Обитель отправил и косно и медленно о шествии помышлял, некоих ради междуусобных и смутных словес в Ярославле стояше и войско учреждаше». После чего Авраамий, с благословения архимандрита и братии, 28 июля выехал в Ярославль.

По приезде в Ярославль он увидел там «мятежников и ласкателей и трапезолюбителей и воздвижущих гнев велик и свары между собой, воевод и во всем воинстве». Авраамий убедил Пожарского и Минина поспешить идти к Москве, и они послали прежде себя в направлении Москвы Лопату и Сампсонова с дворянами и детьми боярскими, стрельцов и казаков, которых, по утверждению проф. Локоть, в ополчении Пожарского, «был значительный отряд, и всяких: служилых людей множество». (Авраамий Палицын, гл. 75, стр. 255). После чего двинулись к Москве Пожарский и Минин.

Движение ополчения к Москве произвело окончательный раскол среди казачьего стана. Пожарский, подойдя к Москве, решил стать отдельным от казаков станом. В стан казаков он послал своих послов, Кондырева и Беличева, которые стали склонять казаков на сторону Пожарского. Заруцкий приказал убить их. В стане произошел раскол — «стала рознь» и 17 июля Заруцкий с «воровским людом» принужден был бежать от Москвы в Коломну. Под Москвой с этого времени остались только казаки, составлявшие Войско Донское. Возглавителем их остался князь Трубецкой и при нем атаманы, среди которых более значительную роль играл Межаков. Спустя некоторое время к Москве подошел Ходкевич, в отряде которого было 4 000 днепровских казаков с гетманом Ширяем. За Ходкевичем в несколько сот возов шел обоз с набранным имуществом для гарнизона Москвы. Он должен был во что бы то ни стало прорваться в Москву и доставить продукты осажденным. Ополчение Пожарского занимало позиции у Новодевичьего монастыря. Казаки занимали Замоскворечье, хорошо укрепленное, где пришлось выдержать последний натиск поляков. Первый удар Ходкевич направил против ополчения Пожарского. Бой продолжался целый день, атаки везде были отбиты, но ополчение было потеснено и настолько обессилено, что, как говорит летописец, у воинов руки опустились и о дальнейшем сопротивлении уже не приходилось думать. К концу боя, когда ополчение выдерживало последний натиск поляков, казаки, во-иреки решению Трубецкого, двинулись на помощь русским. «В седьмой час битвы, ополчение патриотов было утомлено; князь Пожарский для поддержания пехоты принужден был спешить конницу, и просил о помощи князя Трубецкого, но он стоял и с места не трогался. Донской атаман Межаков, по убеждению присланного от Пожарского, видя, что поляки превозмогают, сказал Трубецкому: „От вашей не любви московскому государству пагуба становится!“ Крикнул своим войскам „на коней“ и под начальством походных атаманов Коломны — Романова и Козлова быстро напал на утружденного неприятеля, который в сей кровопролитной битве потерпел великий урон, и в беспорядке отступил к Поклонной горе». (Броневский. «История Донского войска и описание донской земли». Том 1, стр. 100.)

23 августа прошло без боя. 24 августа гетман решил идти на пролом. Пожарский стоял у Ильи Обыденного, Трубецкой — у Лужников. Гетман двинулся с возами и обозами. Левой стороной командовал caм Ходкевич, в середине шел с конницей Зборовский, е пехотою Неверский и Граевский, направо был Концепольский и 4 000 запорожцев с гетманом Ширяем.

Удар на этот раз был направлен против казаков. Казаки занимали устроенные ими рвы. Запорожцы первым натиском потеснили донских казаков и заняли рвы. Войско Ходкевича достигло острожка св. Климента и заняло его, куда и ввезли часть запасов. Донские казаки быстро оправились, бросились в атаку, заняли острожек и захватили запасы.

Но тут же казаки стали кричать: «Что же это мы бьемся, а дворяне только стоят да смотрят, и нам не помогают!» Об этом донесли Пожарскому, он обратился к Палицыну и заявил ему, что ополчение без казаков драться не в силах и умолял его идти к казакам с просьбой продолжать бой и не отказывать в помощи ополченною. Палицын, несмотря на свой возраст, пошел к казакам к острожку св. Климента, и увидел тут много литовских людей побитых и казаков с оружием стоявших: и стал убеждать их, «что они первые начали доброе дело, стоявшие крепко за веру православную, и раны и глад многие приемше…» и т. д. «Казаки зело умиленные обращением Авраамия Палицына, обещались умереть, и, не победив врагов, не возвращаться на Дон. Казаки все вышли из стана с оружием, приказали звонить и с криками „ясак“, поидоша се в бой…» (Авр., гл. 76). Казаки босые, оборванные, с оружием в руках жестоко напали на войско литовское. «Овии же боси, овии же наги, токмо единое оружие имуще в руках и мечь при бедре своем, побивающе же немилосердно». Бой, по описанию летописца, разыгрался «зело великий и преужасный…» В полдень казаки достигли польский обоз, и отрезали его и захватили 400 возов с запасами. Ходкевич понял, что все проиграно и все пропало. Цель, с которой он пришел, не достигнута. Он приказал спасать остатки возов и уходить. Литовцы, с наступлением ночи, удалились к Воробьевым горам. Поражение гетмана было настолько решительным, что у него осталось не больше 400 конных. Он, однако, нашел возможным сообщить осажденным, что должен удалиться от Москвы, но обещал в течение трех недель подойти с новым войском.

Во время сражения в Кремль удалось проскочить полковнику Невяровскому с 300 поляков. Но он провел их в Кремль без продовольствия, чем еще больше ухудшил положение осажденных (Костомаров. «Смутное Время» стр. 930). Келарь Авраамий, после поражения войск Ходкевича, пришел в стан Пожарского и там было торжество. Поляки же в Москве стали испытывать страшный голод: ели мертвечину, собак и кошек.

После поражения Ходкевича и ухода его от Москвы, русские осадили и заперли Кремль и Китай-город со всех сторон. В Замосковоречье, в черте деревянного города, стояли казаки. На другой стороне стояло ополчение, вырыв глубокие рвы… Победа над Ходкевичем примирила Пожарского с Трубецким. Они решили постоянно съезжаться на Неглинной трубе. Но мирные отношения продолжались недолго. В стан казаков прибыли князь Шаховской, возвратившийся из ссылки, известный старый заводчик смут, Плещеев и Иван Засекин. Они стали восстанавливать казачьих атаманов и через них всю казачью громаду против ополчении. «Нам не платят за службу, — стали кричать казаки, — дворяне обогащаются, а мы босы и голодны». Одни собирались уходить от Москвы, другие грозили напасть на дворян, ограбить их и самих побить. (Костомаров, стр. 302).

В Троице был созван Собор, с целью решении, как помочь делу. Денег в Обители не было. Остановились на нетронутом церковном облачении, вышитом золотом, саженом жемчугами. Троицкие отправили их казакам в залог на тысячу рублей, и обещали выкупить в скором времени. Послали вместе с тем и воззвание, расхваливая их доблести и мужество. «Казаки читали писание и слыша похвальные слова о них и их службе и терпении… когда же увидели церковные вещи, которые им предлагали в уплату за службу, то приидоша в страх Божий, и возвратиша все ризы церковны и двух атаманов с наказами в Обитель отправили, в котором давали обещание — все по прошению Обители выполнить. — Мы все по прошении Троицы сделаем, какой бы скорби и бед не пришлось бы нам терпеть, все выстрадаем, а отсюда не уйдем, не взявши Москвы и не отомстивши врагам пролитии христианской крови». 15 сентября 1612 г. Пожарский обратился к осажденным полякам с предложением сдачи. Поляки ответили высокомерным отказом. 22 октября, казаки, стоявшие станом на восточной стороне Китай-города, пошли на приступ и загнали поляков в Кремль. Русские вошли в Китай-город и внесли Казанскую Божью Матерь. Потом на этом месте была построена церковь Казанской Божьей Матери. Стесненные совершенно в Кремле, поляки выпустили жен и семьи русских бояр из Москвы, в числе которых была инокини Марфа с сыном Михаилом Федоровичем.

24 октября поляки послали послов к ополчению с просьбой обещания, что ни один пленный при сдаче не погибнет от меча, т. к. они не хотели сдаваться казакам. Им дано было обещание Пожарским. 24 октября 1612 г. поляки отворили Троицкие ворота на Неглинную и стали выпускать бояр и русских людей. Впереди всех вышел Милославский, за ним бояре, составлявшие Совет, дворяне и купцы, сидевшие в осаде. Казаки хотели произвести с ними расправу, но пошумели и ушли в свой табор. 25 октября отворились все ворота Кремля. Ополчение и казаки двинулись к Кремлю. Земское войско собралось на Арбате, казаки — за Покровскими воротами и, двинувшись отсюда, сошлись в Китай-городе, на Красной площади. Здесь начался молебен, во главе духовенства был Дионисий. Потом духовенство вошло в Кремль и направилось к Успенскому собору. Поляки побросали оружие и ждали своей участи. Их погнали к таборам и разделили: часть взято было ополчением и часть отдано казакам. Часть, попавшая к Пожарскому, в большей части уцелели и были разосланы в окраинные места. Казаки же не вытерпели и перебили чуть не всех. Имущество пленных было сдано в казну. Пленные потом пошли на размену находившегося в Польше Великого посольства, с Филаретом. Имуществом, отобранным у поляков, распоряжался Минин, и было решено все передать казакам. Казакам была произведена перепись и их оказалось 11 000 человек и ополчение состояло из 3 500 человек.