Федор Алексеевич, старший сын Алексея Михайловича, вступил на престол 14-летним юношей. В центре московской политики была война с Турцией. Отношении с Турцией связывались с Польшей, юго-востоком и Поволжьем. Татары опустошали Волынь, Подолию и Галицию. Польский король Ян Собесский, не имел войска для защиты своих земель из-за неимения средств. Польша не мопла одна противостоять Турции и просила помощи Москвы. На юго-востоке калмыки, признавшие власть московского царя, снова стали проявлять враждебные действия против русских границ. Приуральские киргизы также производили набеги на пограничные районы Москвы. Между донскими казаками и калмыками начались ссоры. Калмыки делали набеги на станицы донских казаков и забирали скот, уводя население в неволю.
Казаки отвечали тем же. В 1678 поду состоявший на службе московского царя Теиша ездил к калмыкам и уговаривал их вождя Аюка и Тайшеи перейти на службу московскопо царя. Но Аюк заявил, что идти на службу царю не может из-за того, что донские и яицкие казаки побивают его людей, а жен и детей забирают. Царь приказал Каспулату, помирить казаков с калмыками.
Претензии Турции и Крыма не ограничивались Украиной, — была еще надежда и на владении мусульманским юго-востоком. На пути присоединении юго-восточных мусульманских народов камнем преткновении стоял казачий Дон. В 1677 поду султан Магомет IV требовал через своего посла в Москве изгнания казаков с Дона. Царь Федор Алексеевич на это требование ответил: «Казаков не выгоню, Азов возьму и все земли по Днестру постараюсь покорить».
Дон привлекал внимание Москвы еще тем, что по рекам Хопру и Медведице и в казачьих юртах стали скопляться «старцы и всякие приходящие люди, кои новые книги, церковную службу и иконное письмо хулят, образам божиим не поклоняются, многих людей из донских казаков к себе приговаривают и крестят в другой раз». Были посланы воеводы и стрелецкий голова для розыска и было обнаружено, что на речке Черненькой живет поп Иов и с ним 20 чернецов, да беглецов до 30 человек. Из Москвы запросили, что это за пустыня и где находится река Чир? С Дона был ответ, что пустыня находится в стороне езды на день от городка Чир. В Войске знали, что живут там мужчины и женщины, ребята и девки, но «без указа царя войско ничего сделать не может, а если государь прикажет разорить, то сейчас же будет разорено». Кроме того, два года тому назад пришел на Дон и поселился в пустыне, в лесу, на крымской дороге, «черный поп да два человека простых чернецов». Простые чернецы с попом поссорились, пришли в Черкасск и донесли войску, что поп «за великого государя Богу не молил, и им молить не велит. Атаман Самаринов и все Войско послали за попом и, приведя в Черкасск, по войсковому праву попа сожгли, и в его пустыне теперь никто не живет». Церковный раскол на Руси обострялся, и на Дон, продолжали тянуться волны беглецов. По рекам и лесам старообрядцы устраивали пустынки, в них образовывали сектантские молельни, откуда разносили хулу на новые книги и церковные порядки На границах Дона снова скапливались беглецы, как и во время Разина, но еще более фанатичные и непримиримые к московским порядкам.
На Украине Дорошенко с духовенством и в сопровождении 200 казаков, наконец явился в стан Ромодановского и Самойловича, положил перед ними регалии, знамя и бунчук. Присяга Дорошенко на службу царя имела последствия на отношении с Польшей и Турцией. Когда московские представители объявили польскому королю о подданстве Дорошенко московскому царю, тому было неприятно, а паны заявили: «Вот вам и помощь и дружба царская! Он отобрал у нас всю Украину». Султан вместо Дорошенко объявил гетманом и князем украинским Юрии Хмельницкого. Он прислал в Запорожье грамоту, но она не подействовала. В августе к Чигирину подошли Ибрагим-паша с Хмельницким и ждали подхода хана. Туда же двигался Самойлович с 20 000 казаков и Ромодановский.
Туркам было нанесено поражение и они отступили. На помощь татарам подошел визирь Мустафа, но к Ромодановскому и Самойловичу подошел на помощь Каспулатович с калмыками и татарами и принял участие в осаде. Чигирин был разрушен до основании и оставлен русскими. Отошли от него и турки. На правом берегу Днепра остался Хмельницкий, занял Корсунь и Немиров и оттуда стал вести нападении на восточную сторону. В марте 1679 года в Москву приехал Мазепа и сделал предложение об упорядочении обороны Украины. Он советовал увеличить количество войск и сократить число воевод, которые своими отношениями друг к другу портят порядок операций. Ромодановский был отозван и остался один Самойлович. Дорошенко после окончившейся осады Чигирина был отправлен в Москву и ему в 1680 году было дано воеводство в Устюге Великом. В Москве было получено сведение о смерти Серко. В Запорожье был послан Бердяев с предложением принести присягу. Казаки кричали, что жалованья прислано мало, чего приносить присягу? Но присягу московскому царю запорожцы принесли. В 1680 году были получены сведении, что калмыцкий вождь Аюк заключил договор с крымским ханом, отпустил пленных улусников и послал под русские владении и украинские городки две тысячи калмыков. К калмыкам присоединились татары и черкесы, сожгли пригород Пензы и ушли в степь, где к ним присоединились башкиры и все они переселились за Волгу.
В том же 1680 году царь Федор Алексеевич заключил 20-летний мир с Турцией. По этому миру, вся Украина отходила к России. Мир с Турцией был встречен с большой радостью на всей Украине. В то же время был заключен мир и с Польшей на 13 лет. С русской стороны по этому договору были уступлены Польше города: Невель, Себеж и Велиж с уездами, а за владение Киевом заплачено 200 000 рублей. В 1681 году глава раскола Аввакум после 14-летнего заключении в Пустозерском монастыре написал царю письмо, в котором поносил царя Алексея Михайловича и ругал патриарха Иоакима. Не поддавшийся никаким увещеваниям, он был сожжен. В глазах раскольников Аввакум становился мучеником и святым, и раскол стал принимать еще большие размеры. Преследуемые внутри страны, раскольники стремились еще в большем количестве на Дон, где они своим фанатизмом смущали в станицах казаков, поносили царя, предсказывали гибель православии, поносили новые книги, несли по-прежнему хулу на церковь и духовенство. Пропаганда проникала внутрь Войска, находила сторонников и парализовала деятельность правлении Войска.
Внутри Руси в 1682 году было принято очень важное решение: для улучшении организации вооруженных сил и служебной иерархии были уничтожены местничество и сожжены разрядные книги. Наиболее правильной организацией вооруженных сил в московском государстве были стрелецкие полки. Частые волнения в царствование Алексея Михайловича заставили его проявить к ним большее внимание, давать большее жалование и другие льготы. Из числа более надежных из них была сформирована особая часть, составившая личную охрану царя. Стрелецкий Приказ находился в ведении старого князя Юрии Алексеевича Долгорукова, одного из близких воевод царя. Но князь был дряхл от старости и паралича, а его помощником был его сын, Михаил, не имевший достаточного авторитета и ума.
Эта особенность князя была учтена стрелецкими полковниками, они почувствовали «свободу рук» и начали обходиться с привилегированными стрельцами, как с холопами, унижая и обирая их. Привыкшие к демократии, стрельцы подали жалобу на полковников, отнимающих их деньги, но жалоба не была принята во внимание, жалобщики наказаны и лишены прав впредь «бить челом».
Когда от стрельцов снова поступила жалоба на полковников, Долгорукий приказал схватить присланного с жалобой и высечь. Когда захваченного вели на экзекуцию, стрельцы отбили его произвели расправу со стражниками и снова подали жалобу. В стрелецких полках шепотом и громко зашелестело слово «бунт». Его произносили тем чаще, чем больше было в полках старообрядцев, а среди стрельцов их было слишком много… В таком положении находилась Москва, когда 12 апреля 1682 года на 21 году умер царь Федор Алексеевич.