Царь Федор Алексеевич умер бездетным и не оставил себе преемника. Остались два брата: родной его брат, 16-летений Иоанн и от второй жены отца — десятилетний Петр. Было еще пять царевен, из которых выделялась умом и энергией — царевна Софья Алексеевна. При несовершеннолетии обоих наследников неизбежно должны были образоваться придворные партии. При слабом здоровьем Иоанне — Милославских и при Петре — Нарышкиных. В день смерти царя в Грановитой Палате собрались придворная знать, патриарх и духовенство. Патриарх обратился, к собравшимся с вопросом и требованием, чтобы каждый ответил по совести: «Кому из двух братьев царя быть на престоле?». После шумного совещания был подан совет обратиться за решением этого вопроса ко всему православному народу. Патриарх со всеми присутствующими, с крестами, хоругвами вышли к собравшемуся на Красной площади народу и спросил: «Кому быть царем всея России?». Тысяча голосов отвечали: «Петру».

Патриарх возвратился в палату и объявил, что избран царем Петр. Царевна Софья заявила, что избрание это неправо. Петр еще юн и неразумен, а Иоанн совершеннолетний. Она потребовала, чтобы царствовали оба брата. Патриарх сказал, что многоначалие, пагубно, да будет один царь — так угодно Богу. Все поздравили Петра со вступлением на престол. Победила партия Нарышкиных. Но их бесталанность и интриги враждебной им партии Мстиславских вызвали волнения в Москве. Недовольство и жалобы стрельцов, начавшиеся при Федоре Алексеевиче, перешли в открытый бунт. Чтобы успокоить стрельцов, правительство выдало им их полковников для расправы. Взбунтовавшиеся стрельцы этим не ограничились. Они двинулись в Кремль и произвели кровавую расправу с нежелательными им. Был убит только что возвращенный из ссылки Матвеев, в прошлом начальник Стрелецкого Приказа, и Языков, сын князя Долгорукова Михаил, и брат царицы Наталии, матери Петра, Иван Нарышкин. Стрельцы потребовали, чтобы за малолетством братьев, управляла государством царевна Софья.

Оба царевича были венчаны на царство. Начальником стрелецкого Приказа был назначен кн. Хованский, державшийся старых церковных уставов. Преследуемые раскольники почувствовали в нем защитника, и Москва стала наполняться их проповедниками, предсказывавшими скорую гибель никонианцев. После бунта стрельцов начинался бунт раскольников. Раскольники потребовали через Хованского открытого диспута с патриарахом. Поддержанные стрельцами и растерянностью правительства, раскольники собирались на площади перед Грановитой палатой и разложили книги, приготовились для церковного спора. Чтобы не подвергать опасности патриарха, раскольничьих начетчиков пригласили в палату. Царевна с несколькими царскими особами вошла в палату и прения начались. Патриарх начал объяснять им греческие тексты, но раскольники заявили, что они пришли не для толковании греческой грамматики. Спор продолжался до звона к вечерне. Раскольники вышли на улицу и стали кричать, что они победили. Царевна, чтобы положить этому конец, потребовала к себе выборных стрельцов и предложила им выбор между ею и раскольниками. Стрельцы приняли ее сторону и заявили, что готовы за нее умереть. Правительница приказала перехватать самых беспокойных, что и было сделано. Вождю раскольников отсекли голову, многих разослали по монастырям. В Москве настало успокоение. Не успокоился Хованский, он стал врагом кн. В. В. Голицына, Милославских и правительницы. Хованский стал искать опору в стрельцах и всячески им потворствовал. Правительница стала искать случая, чтобы расправиться с Хованским. Случай этот представился.

19 августа, в день храмового праздника Донского монастыря, вся царская семья должна была участвовать в крестном ходе. Накануне распространили слух, что Хованский замышляет истребить весь царский дом во время крестного хода. Все царское семейство покинуло Москву, и двинулось в Троицкую Лавру, откуда правительница от имени царей разослала грамоты, чтобы дворяне и всяких чинов: ратные люди, спешили к Москве на защиту царского дома и православной веры против замыслов Хованского. К этому времени ожидался приезд в Москву с большой свитой сына украинского гетмана и готовился большой парад. Хованскому было послано приглашение присутствовать на параде. Он c небольшой группой стрельцов выехал из Москвы. Царевна Софья; приказала кн. Лукову с отрядом итти навстречу ему, окружить и взять добром или лихом. Хованский с сыном был схвачен и доставлены в село Воздвиженское. Отец и сын были приговорены к смерти и обезглавлены. Младший сын Хованского бросился в Москву и поднял среди стрельцов тревогу, которые стали готовиться к защите Москвы. От царей была прислана грамота, в которой обещалось им прощение, при условии, если они положат оружие и пришлют верных людей с повинной.

Через неделю выборные с веревками на шее явились с повинной. Царевна обещала отпустить их с миром, при условии, если стрельцы возвратят пушки и порох. Стрельцы выполнили требование и Москва успокоилась. Во главе Стрелецкого Приказа был поставлен Шакловигый. Против стрельцов были приняты меры: 12 полков были отправлены на пограничные службы и только пять оставлены были в Москве. Последовал приказ сделать набор пяти новых полков из верных людей и прислать их в Москву. Началось постепенное прибирание к рукам стрелецких полков, и замена их полками новых наборов из дворян, боярских детей и служилых казачьих полков.

Событии, происходившие в Москве, имели отражение и на окраинах. В мае 1682 года донские казаки принесли присягу на службу царю Петру Алексеевичу. Церковный раскол сказывался и на Дону. Массы раскольников, бежавших из московских пределов, сосредотачивались на окраинах верховных станиц.

В большом количестве они собирались в устье Медведицы, где главным распространителем раскола был Кузьма Косой. Большие скопища раскольников скрывались и по другим рекам: Иловле, в районе Паншина. Центром их духовного движении оказался устроенный ими монастырь при устье Медведицы на правом берегу Дона, на склоне глубокого оврага, круто спускавшегося к Дону. Из монастыря шли повсюду чернецы, проникали вглубь Дона, создавали тайные раскольничьи скиты и разносили хулу на церковь, патриарха и царя.

Скопление их на границах Дона и внутри, нарушало нормальную жизнь казаков и могло принять форму открытого мятежа. Усть-Медведицкий скит, укрытый в лесном овраге, и раньше был центром и приютом всех раскольников, оседавших: на окраинах Дона. По преданною, в этом скиту побывал и Степан Разин, и как будто пожертвовал скиту образ Божьей Матери, который хранился, по сведениям, до последнего времени в возникшем впоследствии на том же месте женском монастыре. Скит превратился в рассадник открытого мятежа после того, как настоятелем стал Васька Косой. Им стали рассылаться «прелестные» письма по Дону, Северному Донцу, и дальше на Яик и Терек. Раскольники просили всех не слушаться царей, патриархов, и крепко держаться за старую веру. «Аще же какой опал быдет с Москвы, — писали раскольники, — то тогда ищите к нам. За нас многие орды и калмыки, не покинет нас и Чаган Богатур и Ногай Мурза, как пойдем на Москву замутим всеми…». Часть раскольников двинулась внутрь территории Дона, проникла к Черкасску и стала уговаривать казаков стать в защипу старой веры. Казаки разогнали их, и они ушли на Кавказ и предались мусульманам.

Казакам была непонятна жестокость Москвы в преследовании людей, молившихся по старым книгам, но для Москвы раскольники были неприемлемы, как мятежники против церкви и царя. В 1688 году Москва потребовала, чтобы донские казаки уничтожили раскольничий скит в устье Медведицы. В это время Войско было в походе с войсками кн. Голицына на Крым. Атаман войска, Фрол Минаев с 3 000 казаков, имел приказание действовать против Крыма со строны Азова. Против Косого был послан отряд казаков. Раскольники оказывали упорное сопротивление, и осада скита затянулась на целый год. С подходом свежих сил сопротивление было сломлено и скит был разрушен. Все городки на Медведице казаками были разрушены, а часть раскольников бежала на Кубань и укрылась в пределах Шавкала Таркоского в Дербенте. 500 человек с Косым отошли и укрылись в пределах Тамбова, построили себе городки, но в 1689 году были снова казаками рассеяны.

И все же на Дону было немало сочувствующих расколу. Атаман Минаев говорил московскому послу, что среди казаков находятся сторонники раскола, оспаривают царские указы и ворам потакают, а добрым казакам и старшинам говорить нельзя — потому могут побить. Голытьбы на Дону много, и нам от нее тесно становится. Из этих лиц создавалась раскольничья группа, проявлявшая тот же фанатизм, которая даже стала замышлять открытую борьбу с Москвой. Один из более приверженных расколу был видный старшина Черносов и к нему присоединился поп Самойло. Они стали посылать письма на Яик и Терек, чтобы народ не слушался ни царей, ни патриархов, но крепко держался за старую веру. Противодействие раскольникам затруднялось внешними событиями, связанными с войнами Москвы и неизбежным участием казаков в походах.

Польский король Ян Собесский примкнул к европейскому союзу против Турции, решил поддержать австрийского императора Адольфа, вступившего в войну с Турцией. Людовик XIV радовался тяжелому положенною Габсбургов и старался отговорить Собесского от союза с императором, но он остался при своем мнении, что гибель Австрии будет гибелью и Польши. В июле 1683 года 200 000 турецкого войска, под начальством визиря Кара-Мустафы перешли Раап и устремились к Вене. На помощь Австрии подошли 84 000 христианского войска: автрийцы, саксонцы, баварцы, франсконцы и поляки. Польский король принял начальство над всеми войсками и 12 сентября ударил на турок и одержал блистательную победу… Кара-Мустафа оставил богатый обоз и добычу победителям и убежал к Раапу.

Однако несмотря на поражение турки не думали о мире, и Леопольду и Собесскому нужно было готовиться к новой войне. Папа Иннокентий был провозглашен «патроном» европейского союза и стал приглашать государей вступать в союз, в особенности царей московских. В 1686 году в Москву прибыли послы Австрии и польского короля и начались переговоры. В 1686 году с Польшей был заключен «вечный мир». Польша навсегда уступила Киев России. Московские государи обещались разорвать мир с Турцией и Крымом и послать свои войска на крымские переправы для защиты Польши от татарских нападений. Для охраны южных границ и крымского пути были высланы донские казаки. Но, когда в Москве велись переговоры с Польшей, донские казаки самостоятельно порвали мир с Турцией и вступили с ней в войну. Фрол Минаев объяснил московским послам, что он со слезами унимал донских казаков, «чтобы мира с Турцией, заключенного еще при царе Федоре Алексеевиче, не нарушали, но они не послушались, потому что много „голытьбы“ и „наброду“, и присланное жалованье многим не достается и для того унять нельзя». Действительно, на Дон шло не только много отдельных лиц, распространявшихся по станицам, лесам и оврагам, но надвигались и большие скопища раскольников. В 1686 году по Дону прорвалась большая группа до Черкасска и стала уговаривать казаков защищать старую веру. Казаки разогнали скопище и раскольники двинулись на Кавказ, где поддались под покровительство турецкого султана. Расправа с раскольниками в Москве не сломила раскола. Преследуемые, они бежали к шведским и польским границам и на Дон. На Дону в некоторых случаях перестали пить заздравные чаши за великих государей, как это было в обыкновении: «Да здравствует царь в кременной Москве, а казаки на Дону». После заключенного договора с Польшей начиналась война с Турцией. Правительница Софья приказала готовиться к походу. Из 9 разрядов к походу назначались — три. 22 февраля войска из Москвы выступили в поход. Главным воеводой был назначен князь Василий Васильевич Голицын. К нему присоединился гетман Самойлович с 50 000 казаков. Донские казаки под начальством атамана Фрола Минаева выступили для охраны южных границ и 13 июля армия достигла урочища Большой Луг, а о татарах никаких известий не было. Но на горизонте, к югу, стала подниматься серая масса, застилавшая небо, в степи начинался пожар. Армия подошла к горелому полю, не было ни травы, ни воды. Потом пошел дождь, стала вода, но не было травы. Голицын собрал военный совет и было решено возвращать армию обратно.

По возвращении армии к Конским Водам распространился слух, что степь была зажжена казаками по приказанию гетмана, чтобы помешать русским покорить Крым, с покорением которого кончалось и украинское казачество. Действительно, Самойлович был ярым противником разрыва с Турцией и союза с Польшей. В это время на Украине решался очень важный вопрос подчинении киевского митрополита московскому патриарху, вопрос, который зависел и от власти турецкого султана. Необходимо было иметь разрешение Константинопольского патриарха, зависевшего от власти турок. Вопрос этот был благополучно разрешен в пользу Москвы благодаря вмешательству гетмана Самойловича.

В 1685 году киевским митрополитом был избран Тиделеон, который и был посвящен московским патриархом в Москве. Тем не менее в Москве обвиняли Самойловича за его противодействие разрыву с Турцией и сделали ему выговор. На Украине много было противников Самойловича. Вся казачья старшина подала Голицыну указ, в котором указывалось Самойловича вызвать в Москву и казнить. Самойлович с сыном были арестованы, на его место был избран гетманом Мазепа, и из рук князя Голицына он получил бунчук, булаву и знамя.

В 1688 году крымский хан делал набеги на Волынь и Украину — он вывел оттуда до 60 000 пленных, угнал табуны скота и лошадей. В Москве был решен новый поход против Крыма. Турции находилась в тяжелом положении. После понесенного поражении в войне с Австрией начался бунт янычар. Султан Магомет был свергнут, и на его место возведен его брат Сулейман II. В сентябре 1688 года ратным людям был объявлен поход на Крым. В феврале войско в составе 112000 человек под начальством князя Голицына сосредоточилось на сборном пункте. Атаман Минаев с 3 000 казаков должен был действовать против Крыма со стороны Дона. 20 мая войска подошли к Перекопу. Воды у Перекопа не было. С одной стороны было Черное море, с другой Гнилое — соленая вода. Голицын не решился на приступ и вступил в переговоры с ханом. Переговоры затягивались, начался падеж лошадей, и он решил без боя двинуться обратно. Во время этого второго неудачного похода атаман Фрол Минаев с казаками, выйдя в море, захватил несколько судов и разбил несколько татарских отрядов. По возвращении из похода Фрол Минаев снова был избран атаманом и начался поход против раскольников. Раскольники были разогнаны, городки их разрушены, многие бежали на Кубань и с Кузьмой Косым укрылись в пределах Тамбова и Козлова. Казаки напали на них, городки их снова были разрушены, многих побили, других разогнали. Главари были судимы и посажены в воду. Москва потребовала выдачи местных главарей, в числе которых был бывший атаман войска Самойло Лаврентьев. Но на Дону это требование было принято, как нарушение донских прав, по которым «выдачи с Дона нет…» Первую грамоту казаки не исполнили. На второе требование казаки после сильных споров отправили местных главарей раскола. В Москву на расправу отправились Лаврентьев, поп Самойлов, Черносов и другие и были там казнены. Неудачные походы на Крым подорвали престиж Софьи. Петр достиг совершеннолетии, был женат и ждал ребенка. Он тяготился опекой сестры и требовал, чтобы царевна не присутствовала на крестных ходах. В 1689 году в память освобождения Москвы от поляков был крестный ход, в котором несмотря на запрет Петра, царевна по-прежнему приняла участие. Петр потребовал ее удаления, но она не согласилась. Он покинул крестный ход и уехал в Преображенское. С этого времени кремлевская и Преображенская партии стали зорко следить друг за другом и принимать меры безопасности. Софья окружила себя надежными стрельцами.

Ночью, 1 августа, в Преображенском разнесся слух, что в Кремле готовится нападение на Преображенское, с целью уничтоженим царицы и Петра. Петр полуодетый в тревоге бросился в Троицкую лавру, куда переехало и его окружение. Из Троицкой был сделан запрос, чего ради в Кремле собраны ночью стрельцы, а Петр стал вызывать из Москвы нужных людей. На сторону Петра переехал патриарх, и Софья была оставлена одна. Она послала послов в Троицу, убеждая Петра возвратиться, но он отказался. Она решила ехать туда сама, но в пути была остановлена. Через несколько дней потребовали выдачи Петру стрелецкого головы Шакловитого и царевна разрешила стрельцам ехать в Троицу.

Все потянулись туда, откуда 7 сентября был издан указ, лишавший Софью титула правительницы. Она была помещена на жительство в Новодевичий монастырь. В 1688 году в Москве был собран Земский собор для разбора и суда царевны Софьи, после чего она была пострижена и стала инокиней Сусанной, все время находившись под строгим надзором.

Через пять лет, в 1704 году, 3 июля, царевна Софья 46 лет 9 месяцев и 16 дней от роду, скончалась.

Начиналось время Петра.