Установить точную дату рождения великого живописца не удалось. По одним данным, он родился 26 или 28 марта 1483, по другим, — 6 апреля того же года в Урбино — маленьком горном городке области Марки, принадлежавшем герцогам Ментефельтро (Центральная Италия). Его отец Джованни Санти (около 1435–1494) был придворным художником и поэтом с весьма скромными художественными и поэтическими дарованиями. Благодаря положению отца, еще совсем юный Рафаэль получил свои первые художественные впечатления, часто посещая залы герцогского дворца, стены которого украшали выдающиеся произведения итальянских живописцев. Так формировался не только безупречный вкус будущего художника, но и его умение держать себя в кругах высшего общества, что некоторое время спустя во многом определило его материальное благополучие.

Первые уроки живописи Рафаэль получил у Джованни Санти. Сведения относительно этого факта нам сообщает Джорджо Вазари в жизнеописании гения: «А когда мальчик подрос, отец стал упражнять его в живописи, обнаружив в нем большую склонность к этому искусству и прекраснейшее дарование. Не прошло и много лет, как Рафаэль, будучи еще совсем юнцом, оказался отличным помощником во многих работах, которые Джованни выполнял для государства Урбинского». Однако документы, подтверждающие слова биографа, не сохранились, поэтому приходится лишь предполагать об участии мальчика в работах своего отца.

В этот период юноша пережил несколько сильных утрат. В 1491 после тяжелой болезни скончалась его любимая мать Маджиа. Выдержав положенное время траура, Джованни снова женился, и у Рафаэля появилась сестра Элизабетта. Однако наладившееся благополучие длилось недолго — 1 августа 1494 отец художника умер. Одиннадцатилетнего мальчика, оставшегося сиротой, взял на воспитание близкий родственник семьи Санти — священник Барталамео. Живейшее участие в судьбе талантливого ребенка принял и герцог Урбинский, оказывая ему всяческую поддержку, позволяющую юному художнику продолжить образование.

Сначала Рафаэль учился у живописцев Эванджелиста да Пьяндимелето и Тимотео делла Вити. Самыми ранними, сохранившимися до наших дней произведениями мастера, считаются миниатюры «Сон рыцаря» и «Три грации». В них со всей полнотой отражаются гуманистические идеалы, проповедуемые мастерами Возрождения. Несмотря на то, что в работах юного художника еще много заимствований, в них достаточно ясно проявилась творческая индивидуальность автора со свойственной ему необычайной гармонией образов, а также четкостью и ясностью композиции.