В течение нескольких месяцев губернатор Моулзвёрт не имел новостей о Коксоне и лишь в ноябре 1686 года узнал, что ямайский пират снова занимается заготовкой кампешевого дерева — на этот раз в заливе Кампече. При посредничестве своих друзей Коксон сообщил губернатору, что «завязал» с пиратским ремеслом и мечтает вернуться к честной жизни. В качестве ответа Моулзвёрт 24 ноября (4 декабря по новому стилю) выдал ордер капитанам Ричарду Кабиту и Конвэю «для задержания Джона Коксона, пирата, который, как говорят, рубит лес в заливе Кампече». Однако репутация Коксона среди заготовителей кампешевого дерева была в то время очень высокой; это позволило ему объединить вокруг себя около пятидесяти авантюристов, с которыми он оборудовал укрепленный лагерь на побережье Юкатана.

Старинная карта залива Кампече, Юкатана и Гондурасского залива

В начале 1687 года случился инцидент, сделавший Коксона почти недосягаемым для ямайских властей. Узнав, что некий испанский корсар напал на лагерь английских лесорубов и захватил один из их шлюпов, Коксон завербовал в свой отряд еще полсотни человек и бросился в погоню за налетчиком. Хотя корсар успел уйти в открытое море, его трофей вместе с призовой командой попал в руки Коксона. Последний вернул шлюп законным владельцам. Что касается испанцев, которые находились на борту приза, то он отправил их пленниками на Ямайку — «в подарок» губернатору Моулзвёрту. После этого подвига Коксону удалось увеличить численность своего отряда до восьмидесяти человек, и его авторитет среди заготовителей кампешевого дерева стал еще большим. Таким образом, посланцы Моулзвёрта, собиравшиеся арестовать его, столкнулись с враждебным отношением к себе со стороны лесорубов и вынуждены были убраться восвояси ни с чем.

Впоследствии Коксон и его люди отправились с флотилией каноэ на реку Taбаско и ограбили там несколько индейских деревень. Из подобного рода рейдов они привозили лесорубам рабов, наложниц и продовольствие. Некоторые из индейцев, захваченных Коксоном, очутились на Багамских островах, но местный губернатор отослал их на Ямайку.

В августе того же года капитан королевского флота Томас Спрэгг доставил в Порт-Ройял 71 англичанина, которые находились в испанском плену и были переданы ему губернаторами Кампече и Веракруса. Кроме того, он «привез шестерых французских пиратов, ограбивших несколько судов, и одиннадцать людей Коксона». Последних судили 18 августа, причем восьмерых признали виновными и осудили, а троих, выступивших информаторами, простили.

В конце 1687 года Коксон вновь попытался связаться с губернатором Ямайки при посредничестве некоторых влиятельных друзей (в их числе находились его бывший судовладелец полковник Роберт Биндлосс, а также купец и генеральный прокурор Саймон Масгрейв). Моулзвёрт, однако, остался глух к желанию Коксона вернуться на Ямайку. Тогда Коксон предупредил губернатора, что, если ему не удастся получить прощение от своей собственной нации, он уйдет на Эспаньолу под защиту французов.

В январе 1688 года мы снова находим Коксона в Гондурасском заливе, где в это время промышляли голландские флибустьеры Ян Виллемс (Янки) и Якоб Эвертсен. Как и во время экспедиции 1684 года, Янки и Эвертсен вошел из залива Аматик в устье Рио-Дульсе — на этот раз с семью каноэ и небольшим фрегатом. Операция оказалась такой же легкой, как и четыре года тому назад, поскольку испанцы не позаботились о реконструкции своего старого форта Сан-Фелипе. Обороной этого захудалого укрепления руководил новый губернатор Гватемалы Хасинто де Барриос, недавно прибывший из Испании. 4 января, имея численное превосходство, пираты заставили защитников форта отступить, после чего ограбили королевские склады и даже захватили личные вещи Барриоса и членов его семьи. Затем они вернулись в залив Aматик и пошли вдоль побережья на восток, к Санто-Томас-де-Кастилья, где заметили стоявшие на якоре три судна. Их привел туда губернатор Барриос. 8 января флибустьеры напали на них, однако командовавший судами Хуан Томас Mилути, заранее предупрежденный Барриосом о присутствии в окрестных водах пиратов, оказал им ожесточенное сопротивление. В ходе сражения нападавшие потеряли тридцать человек, сам Янки был тяжело ранен в ногу.

Голландские парусники на картине Корнелиса Фербеека (XVII век)

Когда Янки и Эвертсен вернулись на свои корабли, к ним присоединился Коксон. Все вместе они оправились из залива Аматик в восточном направлении, к Пуэрто-де-Кавальос. Там, в середине февраля, они застали галеон «Санта-Крус», пришедший с богатым грузом из Веракруса. Приз был взят после восьмичасового кровавого сражения. По некоторым данным, для Янки это была последняя битва, после которой он скончался от полученных ран.

Прибытие на Ямайку сэра Кристофера Монка, 2-го герцога Альбемарля, назначенного губернатором острова, позитивно сказалось на судьбе Коксона. В сентябре 1688 года старый пират смог, наконец, вернуться в Порт-Ройял и сдаться властям. Альбемарль, действуя формально, отослал Коксона к Стивену Линчу, агенту сэра Роберта Холмса, который был уполномочен вести все дела, связанные с пиратами в колонии. В итоге Коксон получил прощение за свои прошлые грехи.

Сэр Кристофер Монк, 2-й герцог Альбемарль. Гравюра конца XVII века

Тотчас по возвращению в Порт-Ройял Коксон связался с контрабандистами, торговавшими с испанскими колониями; эта деятельность могла принести ему большой доход. Но трудно избавиться от старых привычек. В конце 1689 года Коксон вооружил шлюп, чтобы торговать на нем с индейцами в Гондурасе, а затем принялся грабить соседние испанские поселения.

В указанный год Англия в союзе с Испанией, Голландией и другими странами, вошедшими в Аугсбургскую лигу, вступила в войну против Франции. Коксон был привлечен к боевым операциям против французов. В апреле 1691 года он оказался в составе флотилии, вооруженной в Порт-Ройяле и включавшей, среди прочих судов, военные корабли «Гернси» и «Суон», кеч «Квакер» и одного «купца» с 30 пушками. В их задачу входило нанесение ущерба колонистам Сен-Доменга «на море и на суше».

Остров Эспаньола (Сен-Доменг) на карте Гийома Делиля

По данным Шарлевуа, когда в мае месяце эта экспедиция провалилась, «старый корсар Коксон» и два других офицера отправились в соседнюю гавань Леоган к месье Деланду, майору Пти-Гоава, согласившись стать заложниками на период переговоров. С Эспаньолы капитан вернулся вместе с ямайской флотилией в Порт-Ройял.

После этого эпизода след Коксона окончательно затерялся. Согласно одной из версий, он поселился на острове Роатан в Гондурасском заливе или среди дружественных индейцев на материке, вместе с которыми продолжал совершать набеги на соседние испанские плантации.

Остров Роатан на карте XVIII века