После отставки Морган уехал в Лланримни — свое имение на северной стороне острова, в приходе Сент-Мэри, близ тихой гавани Порт-Мария. Его соседями здесь были полковник Томас Баллард, капитан Питер Хейвуд и капитан Эндрю Лэнгли. Все они являлись «джентльменами весьма веселого нрава», ставшими пионерами освоения северного побережья Ямайки. Поскольку в эти места частенько наведывались пираты и маруны — беглые негры-рабы, обитавшие в соседних горах, — дома в имениях строили из камня, с толстыми стенами и решетками на окнах. На случай осады в них хранили большой запас провизии, а также холодного и огнестрельного оружия, пороха и боеприпасов. Вооруженными до зубов ходили не только хозяева, но и слуги.
В период опалы сэру Генри пришлось немало потрудиться, чтобы оградить себя от нападок политических противников, регулярно писавших на него жалобы двору и подававших против него иски в суды различных инстанций. А в 1685 году имя Моргана появилось на страницах английских газет в связи с громким судебным процессом, на котором он через своего адвоката потребовал возмещения морального ущерба за клевету от двух издателей книги Эксквемелина.
Как известно, первое издание упомянутого сочинения вышло на голландском языке в 1678 году в амстердамской типографии Яна тен Хорна под названием «De Americaenshe Zee-Roovers» («Американские морские разбойники»). В 1679 году книга Эксквемелина была издана в Германии на немецком языке. Спустя два года, в 1681 году, вышло ее испанское издание — под названием «Пираты Америки», а в 1684 году в лондонских издательствах Уильяма Крука и Томаса Мальтуса появились английские версии книги — под названиями «Буканьеры Америки» и «История буканьеров»; при этом издатели воспользовались переводами как с голландского, так и с испанского изданий. Естественно, книга привлекла внимание Моргана. Поскольку в ней он был назван кабальным слугой и изображен кровожадным пиратом, совершившим массу чудовищных преступлений, сэр Генри не мог не отреагировать на подобную дискредитацию его имени. Он поручил своему лондонскому поверенному в делах Джону Грину подать иск против Крука и Мальтуса, требуя от каждого по десять тысяч фунтов стерлингов возмещения за моральный ущерб.
В иске против Мальтуса, направленном в Суд Королевской Скамьи, сообщалось: «…несмотря на то, что семья Морганов всегда сохраняла верность и естественную привязанность к королю, добыла добрую славу как на море, так и на суше, с отвращением и омерзением относилась к преступным деяниям, пиратству и т. п.; что в Вест-Индии имеются такие воры и пираты, именуемые буканьерами, которые кормятся пиратством, хищничеством и всевозможными злодеяниями без разрешения законных властей; что Генри Морган всегда питал и до сих пор питает ненависть к этим людям, однако Томас Мальтус, незнакомый с этими фактами, умудрился нанести ущерб доброму имени и репутации Генри Моргана, печатая, распространяя и обнародуя заведомо фальшивый, вредный и известный пасквиль под названием “История буканьеров”».
Иск аналогичного содержания был подан также против Крука. Оба иска поступили в суд на Пасху 1685 года. О результатах разбирательства по делу Крука «Лондонская газета» сообщила 8 (18) июня:
«Вестминстер, 1 июня. Недавно были опубликованы две книги, одна — Уильямом Круком, другая — Томасом Мальтусом, под названием “История буканьеров”; обе книги содержат много лживых, скандальных и вредных размышлений о жизни и деяниях сэра Генри Моргана с Ямайки, рыцаря. Названный сэр Генри Морган через судебное разбирательство в Суде Королевской Скамьи получил возмещение за клевету в размере 200 ф. ст. И по смиренной просьбе и ходатайству Уильяма Крука милостиво прекратил судебное преследование названного Крука, приняв признание им вины и обнародование сего в печати».
Томас Мальтус должен был уплатить Моргану за моральный ущерб 210 фунтов стерлингов. Оба издателя поспешили напечатать свои извинения в виде пространных предисловий к новым изданиям книги. В этих предисловиях они изобразили сэра Генри «доблестным рыцарем без страха и упрека», а Эксквемелина упрекнули в предвзятом отношении к англичанам вообще и к Моргану в частности. Впрочем, как справедливо заметил Тим Северин, «большая часть сенсационных подробностей, приводимых Эксквемелином, никуда не делась, поскольку издатели не были глупцами и отлично понимали, отчего книга так хорошо продается».
После смерти короля Карла (он умер 6 февраля 1685 года по юлианскому календарю) на трон под именем Якова II Стюарта взошел его брат герцог Йоркский. Совету Ямайки об этом стало известно лишь через два месяца — 13 (23) апреля. Все ожидали смены правительства и значительных изменений как во внутренней, так и во внешней политике Великобритании.
Спустя несколько месяцев новым губернатором Ямайки был назначен сэр Филипп Хоуард. В инструкциях, которые он получил, ему запрещалось самовольно возвращать в Совет Ямайки сэра Генри Моргана и других лиц, ранее выведенных из его состава Линчем. Хоуард должен был внимательно изучить все обстоятельства, связанные с их увольнением, и подать рапорт об этом правительству, которое оставляло за собой право принятия окончательного решения по данному вопросу. Но неожиданная смерть Хоуарда привела к тому, что Хендер Моулзвёрт остался исполнять обязанности губернатора и в следующем году.
Весной 1686 года было объявлено о выборах в новую ассамблею Ямайки, которая должна была начать работу 2 (12) июня. Борьба за депутатские кресла была жаркой; при этом Морган и его сторонники выступили против политики губернатора, поощрявшего продажу африканских невольников в испанские колонии и сбивавшего цены на сахар. Моулзвёрт скрипел зубами и жаловался государственному секретарю на то, что сэр Генри пытается во что бы то ни стало «протолкнуть» в состав ассамблеи своих людей.
Усилия Моргана получили поддержку прежде всего в северных округах, где на новых сахарных плантациях потребность в рабском труде ощущалась особенно остро. В конце концов Роджер Эллетсон и Генри Арчболд были избраны в ассамблею от прихода Сент-Джордж, Томас Баллард и Эндрю Лэнгли победили на выборах в приходе Сент-Мэри, Уильям Брэгг — в приходе Сент-Энн, а бывший секретарь Моргана Джон Пик — в Кларендоне.
Пользуясь поддержкой большинства членов новой ассамблеи, Эллетсон инициировал принятие ряда законов в интересах плантаторов, однако губернатор отказался их одобрить. Началась привычная открытая и закулисная борьба между сторонниками губернатора и оппозицией. Моулзвёрт вынужден был лавировать. На заседании Совета Ямайки, которое состоялось 13 (23) октября, губернатор напомнил присутствующим, что на следующий день будет отмечаться день рождения короля. Вся ямайская элита, включая оппонентов, была приглашена на роскошный ужин и бал-маскарад, организованный усилиями жены губернатора. Играла музыка, на улицах горели праздничные костры, а в небе рассыпались огни фейерверков.
Между тем король Яков подыскал на пост губернатора Ямайки нового кандидата в лице сэра Кристофера Монка, второго герцога Альбемарля. Герцог, безусловно, симпатизировал Моргану, которому ранее покровительствовал его покойный отец, и по этой причине в октябре попросил короля позволить вернуть сэра Генри Моргана и Роберта Биндлосса в Совет Ямайки. Однако король отклонил эту просьбу, рекомендовав Альбемарлю сначала осмотреться на новом месте и вникнуть в дела.
В ноябре сэру Кристоферу официально вручили королевское поручение на пост губернатора. Впрочем, процесс подготовки к его отъезду в Вест-Индию растянулся почти на год.
В марте 1687 года герцог получил пакет дополнительных инструкций, в которых, в частности, указывалось, что он не должен возвращать в Совет Ямайки лиц, которых вывел оттуда Линч, без специального распоряжения его величества.
Сэр Кристофер покинул Англию в разгар осени, прибыл на Ямайку 19 (29) декабря и тут же начал писать письмо министрам торговли и плантаций: «Я прибыл сюда этим утром и, полагая, что это не будет обременительным для вас, даю вам настоящий отчет о путешествии. Мы покинули Спитхэд 12 сентября, но были вынуждены вернуться в Сент-Хеленс 13-го; покинули ее снова 19-го, стали на якорь в Плимутской бухте из-за шторма с юго-юго-востока 21-го, покинули ее 5 октября и стали на якорь на рейде Мадейры 21-го. Мадейру мы покинули 25-го, а 25 ноября стали на якорь в бухте Карлайл на Барбадосе… Я покинул Барбадос 5 декабря, стал на якорь на рейде Невиса и сошел на берег… 11-го я покинул Невис, чтобы идти на Сент-Кристофер, и высадился там в тот же день… Полковник Хилл встретил меня весьма любезно, и в тот же вечер я отплыл, прибыв в Порт-Ройял 19-го. На следующий день я сошел на берег и был весьма любезно встречен вице-губернатором и Советом. Я осмотрел полк Порт-Ройяла, который находится в образцовом порядке… Крепость и форты в настоящее время не в лучшем состоянии, но я надеюсь вскоре отремонтировать их. Оттуда я отправился в Спаниш-Таун, где я нашел Королевский дом, как и в Порт-Ройяле, в таком ужасном состоянии, что он не пригоден для проживания даже какого-нибудь частного лица. Поэтому я был вынужден арендовать дом вице-губернатора и еще один — в Порт-Ройяле».
В приписке к письму сэр Кристофер заметил: «Я должен вам сообщить, что весь Совет просил меня рекомендовать вторично допустить сэра Генри Моргана в Совет, что я охотно делаю».
Перед Рождеством герцог принял сэра Генри в своем доме в Порт-Ройяле.
«Морган поднимал бокал за бокалом за здоровье своего товарища по лондонским похождениям, — описывает эту встречу Жорж Блон. — Нет нужды говорить, сколь он был рад вновь свидеться с другом-аристократом. Адмирал вспоминал три года, проведенные в столице в шумных пирах, называл имена собутыльников и сотрапезников, имена женщин и — внезапно заходился в долгом приступе кашля. Герцог молча ждал окончания приступа, пытаясь скрыть тревогу и изумление при виде того, в какую развалину превратился гуляка-адмирал».
11 (21) февраля 1688 года в письме министрам торговли и плантаций герцог Альбемарль снова поднял вопрос о возвращении сэра Генри в Совет Ямайки: «Я думаю, что для королевской службы действительно необходимо постоянно иметь значительное количество членов Совета, проживающих на острове. Сэр Чарлз Модифорд умер, полковник Коуп безнадежно болен, а болезни и иные несчастные случаи отвращают некоторых от участия в заседаниях настолько, что однажды мы не смогли набрать достаточно людей для кворума и Совет пришлось отложить. Несколько раз с трудом набиралось до пяти человек, и то после долгого ожидания. Я надеюсь, что вы одобрили кандидатуру сэра Генри Моргана и представили его королю как подходящего человека для здешнего Совета, ибо Совет рекомендовал его мне, как я вам уже рассказывал».
Весной король Яков повелел, чтобы отставка сэра Генри Моргана была отменена. Авизо с этой новостью прибыло на Ямайку в июле.