Охваченный небывалым подъемом, окрыленный первыми успехами объединения филиппинцев, Ризаль едет из Манилы в провинциальные центры. Он вступает повсюду в общение с наиболее прогрессивными представителями филиппинской буржуазии и помещиков, использует существующие масонские организации, стремится завербовать новых членов в «Лигу Филиппина».
Генерал-губернатор Деспухол удостоил вернувшегося на родину Ризаля несколькими аудиенциями. Он принимал его любезно, в разговорах с ним снисходительно обсуждал необходимые Филиппинам реформы. Своим показным либерализмом Деспухол оживил в Ризале надежды на возможность добиться от Испании реформ. Ризаль видел в этих беседах подтверждение своих мыслей, что борьбу за реорганизацию колониального режима, борьбу за реформы надо вести не в Мадриде, а в Маниле. Это вливало в Ризаля новую бодрость и вдохновляло его на энергичную пропаганду «Лиги Филиппина».
Но все попытки Ризаля вырвать у губернатора разрешение на выезд своих родителей и родни с Филиппин были бесплодны. Губернатор отклонял просьбы Ризаля под лицемерными предлогами, что он вообще против эмиграции с Филиппин, которые он хочет превратить в счастливую родину филиппинцев. Он давал смутные обещания в будущем освободить и вернуть из ссылки родственников Ризаля, но был далек от выполнения своих слов.
Передышке, которую дали Ризалю колониальные власти, относительной свободе, позволившей ему создать «Лигу» и открыто вербовать сторонников в Маниле и провинциях, очень скоро пришел конец.
Ризаль был вызван к генерал-губернатору. Вместо любезного тона первых аудиенций его ожидали на этот раз грубые окрики. Деспухол обрушился на него с громовыми обвинениями, размахивая брошюрой «Бедные братья», якобы найденной в чемодане его сестры.
Эта созданная в застенках жандармско-монашеской клики провокационная «улика» давно была известна генерал-губернатору, но использовать ее он решил лишь сейчас, когда донесения тайных агентов сообщили о поездках и агитации Ризаля.
Прямо из Малаконьяна, под усиленным конвоем, Ризаль был отправлен в старинный форт Манилы — Сант-Яго и заключен в одиночную камеру.
За камерой Ризаля был установлен неусыпный надзор. Его охраняли, как опасного государственного преступника. День и ночь у дверей камеры сменялся вооруженный караул, никакие сношения с внешним миром не допускались. Колониальным властям мерещились вооруженные нападения на крепость для освобождения Ризаля.
Но пребывание в одиночной камере Сант-Яго длилось недолго. Через несколько дней Ризалю было назначено место ссылки — Дапитан, маленькое поселение на северо-восточном берегу Минданао.
Вероломный Деспухол, обрекая Ризаля без всякого суда и следствия на ссылку, чувствовал себя не особенно уверенно. Он отдавал себе отчет, какое впечатление произведет арест Ризаля не только на Филиппинах, но и в других странах. В своей ограниченности и деспотизме колониальные власти привыкли не принимать во внимание мнения филиппинского народа. Но Деспухол понимал, что арест мирного ученого, известного в столицах и университетах всего мира, рисовал колониальный режим Филиппин в невыгодном свете. В том же номере «Правительственного вестника», где было помещено сообщение о ссылке Ризаля, Деспухол опубликовал пространную статью. В ней он как бы пытался оправдаться. Рисуя мрачными красками «опасную антиправительственную деятельность» Ризаля, он объяснял действия властей как необходимую и вынужденную меру для обуздания государственного преступника.
Опасаясь, что Ризаль из тюрьмы сумеет разоблачить все эти провокационные замыслы, Деспухол конфиденциально просит начальника сант-ягской крепости принять меры, чтобы этот номер «Правительственного вестника» не попался в руки Ризаля.
В полночь, под строгой охраной, Ризаля перевезли из тюрьмы на пароход, который должен был отвезти его к месту ссылки.