Преподобный Хенепола Гунаратана принял монашеские обеты послушника в возрасте двенадцати лет в Маландении, Шри-Ланка. В 1947 году в возрасте двадцати лет получил второе, более высокое посвящение в Канди. Обучался в неполном колледже Видьясекхара (Гампаха), колледже Видьяланкара (Калания) и Буддийском миссионерском колледже в Коломбо. Завершив обучение, он пять лет провёл в Индии в качестве монаха-миссионера Общества «Махабодхи», помогая хариджанам («неприкасаемым») в Санчи, Дели и Бомбее. Следующие десять лет он провёл в качестве миссионера в Малайзии, где служил советником по религиозным вопросам в Обществе «Сасана Абхивурдхивар», Обществе буддийских миссионеров, а также Федерации молодых буддистов Малайзии. Он также был учителем в школе Кишон Диал и женской школе Темпл Роуд и директором Буддийского института Куала-Лумпура.

В 1968 году по приглашению Общества «Сасана Севака» прибыл в США, чтобы занять должность генерального секретаря Буддийского общества «Вихара» в Вашингтоне. В 1980 году был назначен президентом общества. Во время работы в Обществе «Вихара» с 1968-го по 1988 год проводил курсы по буддизму, медитационные ретриты, а также много путешествовал с лекциями по США, Канаде, Европе, Австралии, Новой Зеландии, Африке и Азии. Кроме того, с 1973-го по 1988 год Преподобный Гунаратана служил буддийским священником в Американском университете.

Преподобный Гунаратана продолжал учиться и получил степень доктора философии в Американском университете. Он читал курсы по буддизму в Американском университете, Университете Джорджтауна и Университете Мэриленда. Его книги и статьи публиковались в Малайзии, Индии, США и на Шри-Ланке. Книга «Простыми словами о внимательности» была переведена на множество языков и опубликована во многих странах мира. Сокращённый перевод этой книги на тайский язык вошёл в школьную программу Таиланда.

С 1982 года Преподобный Гунаратана является президентом Общества «Бхавана», монастыря и ретритного центра, расположенного в лесах Западной Вирджинии (неподалёку от долины Шенандоа) и учреждённого им совместно с Мэтью Фликстайном. В настоящее время Преподобный Гунаратана проживает в Обществе «Бхавана», где проводит посвящение и обучение монахов и монахинь, а также ретриты для всех желающих. Кроме того, он много путешествует по миру с лекциями и проводит ретриты.

В 2000 году Преподобный Гунаратана получил награду за выдающиеся достижения в своей альма-матер, колледже Видьяланкара.