В 1997–1998 годах Ходорковский решал задачу присоединения к ЮКОСу огромного числа разрозненных активов, не входивших в ее состав на момент залогового аукциона декабря 1995 года. Наиболее известными из этих активов стали ОАО "Томскнефть" (через акции Восточной нефтяной компании) и Ачинский нефтеперерабатывающий завод (АНПЗ) в Красноярском крае. После включения этих структур в состав ЮКОСа, нефтяной гигант стал по-настоящему мощной вертикально-интегрированной компанией.

Получить "Томскнефть" Ходорковскому было нелегко. Ему пришлось преодолеть сопротивление старых акционеров в лице администрации Томской области и группы "красных директоров". Но все же в 1997 году ЮКОСу удалось консолидировать контрольный пакет акций Восточной нефтяной компании, купив на аукционе 45 % акций за 4,8 триллиона рублей. Уже спустя полгода финансовые потоки были выстроены так, что томичи получали не более 50 % от внутренней (российской) цены добываемой нефти, в то время как основная прибыль и от экспортных операций, и от продажи нефти на внутренний рынок оседала в Москве. Причины были просты — Ходорковскому нужны были деньги, поэтому нефть продавалась по 250 рублей за тонну, в то время как тогдашняя цена составляла 500–600 рублей за тонну.

Новые владельцы "Томскнефти" устроили настоящее, как сказали бы в сталинское время "избиение кадров". Сотрудников компании вызывали в Москву в службу безопасности ЮКОСа и требовали предоставить компрометирующие коллег сведения. Как рассказывал впоследствии на суде бывший вице-президент "Томскнефти" Гурам Авалишвили, после того как он побывал на таком допросе, сразу подал заявление об уходе по собственному желанию. Но на этом его мучения не прекратились, угрозы продолжались, и Авалишвили пришлось искать защиты в областном ФСБ! А ведь на тот момент он занимал пост вице-губернатора.

Получив "Томскнефть", ЮКОСсразу же стал ущемлять интересы ее партнеров, с которыми договариваться по-хорошему не собирался, предпочитая действовать в своей привычной манере. В частности, корпорация незаконно в одностороннем порядке расторгла договор о совместной разработке двух нефтяных месторождений, заключенный предыдущим руководством "Томскнефти" с компанией "Ист Петролеум". Сделано это было в несколько дней: "Томскнефть" перешла во владение ЮКОСа 27 декабря 1997 года, а уже с 1 января совместная деятельность была резко приостановлена.

Неудивительно, что глава компании "Ист Петролеум" Евгений Рыбин потребовал от Ходорковского компенсировать инвестиционные затраты своей компании в "Томскнефть". Возникновение спорной ситуации Рыбин описывал так: в 1998 году на ЮКОСе повисли огромные обязательства и займы. Это было связано, в том числе и с покупкой ВНК за сумму, превышавшую 1 миллиард долларов. Все это привело к нарушению баланса совместной деятельности "Томскнефти" и "Ист-Петролеума". На практике получалось, что "Томскнефть" и ЮКОС забирали всю нефть в одностороннем порядке, а рассчитываться по обязательствам совместной деятельности не спешили. В итоге ЮКОС задолжал "Ист-Петролеуму" огромную сумму (100 миллионов долларов), выплатить которую было очень сложно.

Проблему усложнял статус "Ист-Петролеума" как иностранной компании, которая отчитывалась по принятым в Австрии и Швейцарии стандартам и привыкла работать по прозрачным схемам. Она не собиралась занижать себестоимость нефти и прибыль. ЮКОС в таком формате работать не привык и предлагал действовать иначе. Вице-президент корпорации Платон Лебедев предлагал "Ист-Петролеуму" проводить нефтепродукты по низкой цене через офшоры и подставные компании. И уже в качестве офшорной продукции эти нефтепродукты должны были, по предложению Лебедева, продаваться за рубеж по мировым ценам или на внутреннем рынке. В результате реализации этой схемы партнеры получали колоссальнейшую прибыль, которую всего-навсего предстояло отмыть. Но даже при всей прибыльности этой схемы ЮКОС планировал вернуть "Ист-Петролеуму" только 25 миллионов долларов, а не 100.

Представители "Ист-Петролеума" ответили Лебедеву отказом под предлогом того, что западные структуры, которым была подотчетна компания, не разделяли юкосовский подход к бизнесу. В итоге две рабочие группы от обеих сторон вели переговоры восемь месяцев, но так ни о чем и не договорились. "Лебедев возглавлял весь переговорный процесс. У меня были с ним переговоры, но, к сожалению, общего языка мы с ним не находили", — свидетельствовал Рыбин.

При этом совместно "Ист-Петролеум" и "Томскнефть" добывали 100 тысяч тонн нефти в месяц (всего "Томскнефть" добывала 1,2 миллиона тонн). Это могло привести к тому, что 7–8 % от добычи "Томскнефти" шло бы в "белую", с реально демонстрируемой в отчетности прибылью и выплатой всех полагающихся налогов, а основная добыча — по грязным схемам.

Рыбин был полон решимости не допустить такой "совместной деятельности" с Ходорковским. Он требовал расторгнуть договор и компенсировать "Ист-Петролеуму" произведенные инвестиции. "Тогда, я думаю, и была придумана такая идея: давайте уберем Рыбина, и конфликт рассосется сам по себе", — с грустью вспоминал потом он. Кроме того, бизнесмена предупредил вице-президент ЮКОСа Казаков, с которым они были знакомы как коллеги-нефтяники: "Эти люди тебе денег не отдадут". "О том, как ЮКОС решает такие вопросы, уже давно ходила молва среди нефтяников", — рассказывал Рыбин в интервью.

В недрах ЮКОСа, действительно, быстро созрел план по убийству строптивого бизнесмена. Это заодно дало бы сигнал его иностранным патронам не соваться на территорию, "подконтрольную" корпорации. Покушения на Рыбина начались после его обращения в арбитражный суд с требованием взыскать долг с ЮКОСа. "Я с юристами досконально изучил документы компании, — утверждает Рыбин. — Написал около 40 писем. По моим данным, ЮКОС отмыл 24 миллиарда долларов! Эти письма я разослал в МВД, Генпрокуратуру… Так что я у них был как бельмо в глазу. Хотя тогда ЮКОСу покровительствовали, и мои письма остались без ответа, но кое-где заинтересовались", — говорил он позднее.

Акции против Рыбина шли по нарастающей. Сперва среди ночи были разбиты окна в квартире родителей бизнесмена, а оперативники обнаружили в здании напротив оборудованную лежку для стрельбы и винтовку. Киллеры рассчитывали, что Рыбин приедет к родителям, и тогда можно будет совершить покушение. Бизнесмена спасла в тот раз внезапная командировка.

24 ноября 1998 года Рыбину снова повезло. Он отправился к восьми часам вечера на встречу с вице-президентом компании "ЮКОС-ЕР" Леонидом Филимоновым в его квартиру на улице Удальцова. Завершив переговоры, Рыбин вышел из подъезда, но, когда направился к автомобилю, в котором его ждал водитель, заметил незнакомца. Мужчина держал в руках какой-то предмет, обернутый в тряпку. Не дойдя несколько метров до Рыбина, незнакомец избавился от тряпки — обнажился автомат и раздались первые выстрелы. Поначалу Рыбин попытался спрятаться за машиной, но затем счел более надежным укрытием подъезд. Тогда Рыбина спасла только неуклюжесть киллера. Бывший волгоградский десантник Евгений Решетников, которому и было проучено покушение, споткнулся. Пули ушли в сторону.

По этому делу Решетников был арестован уже в 2000 году. Притом, что на суде киллер-десантник вину отрицал, все улики и показания свидетелей указывали на него. Служба безопасности ЮКОСа также отреклась от Решетникова. А вот его подельника Геннадия Цигельника им все же в начале "нулевых" удалось вытащить из СИЗО "за недостаточностью улик".

В ходе судебных процессов 2005–2007 годов инициаторами покушения на Рыбина стали Невзлин и Пичугин, которые отдали приказ своим подручным — Горину и Горитовскому. Двое посредников снова привлекли Шапиро, убийцу Валентины Корнеевой. Шапиро вышел на Цигельника и Решетникова. Киллеры получили аванс в 10 тысяч долларов. Осенью 1998 года Цигельник и Решетников приехали в Москву и постарались убить Рыбина. Неудачно.

Осечка с первым покушением не остановила убийц из ЮКОСа (на суде Рыбин настаивал, что заказ на него шел с "самого верха" корпорации). Цигельник с Решетниковым были обязаны "исправить создавшуюся ситуацию", то есть все-таки ликвидировать Рыбина. Решетников пояснял на суде, что поскольку "ЮКОС организация очень серьезная", им ничего не оставалось делать, как планировать убийство. По словам киллера, они с Цигельником опасались прогневить ЮКОС из-за страха за свою жизнь и жизнь близких родственников.

При подготовке ко второму покушению бандиты проявили невиданную доселе креативность. Шапиро пришла в голову идея взять у Горина снегоход и на этом экзотическом виде транспорте догнать машину Рыбина, расстрелять ее, и скрыться в заснеженной мгле. Киллеры загорелись идеей и стали испытывать снегоход, пытаясь разогнаться на нем до 100 км/ч. Но от японского чуда техники пришлось отказаться — бросать его в полях запретили.

Решили прибегнуть к более привычному способу покушения — убить Рыбина из снайперской винтовки. Цигельник отправился к Горитовскому и купил у того винтовку за 1,5 тысячи долларов. Однако и тут бандитов ожидала неудача — осмотрев площадку для покушения, они, к своему сожалению, осознали, что расстрелять Рыбина с уверенностью они не могут. С соседних зданий до офиса было слишком далеко, территория полностью не просматривалась. Была забракована и площадка в виде заброшенной дачи по соседству с домом Рыбина.

В итоге киллеры остановились на организации взрыва автомобиля Рыбина. Горитовский передал Цигельнику целый арсенал из тротиловых шашек, нескольких гранат, электродетонаторов, двух автоматов Калашникова и гранатомета. Было выбрано место на дороге, где следовало заложить взрывчатку. К предполагаемому месту теракта проложили "окопчик" и прикопали в него провод. Плюс ко всему, на дороге были вырыты маленькие углубления под взрывное устройство.

Но и тут бандитов ожидала неудача. Внимательный сотрудник милиции постучал в окно "Нивы" с волгоградскими номерами, в которой сидели киллеры и следили за Рыбиным. Цигельник решил "отмахаться" "корочкой" оперативника ФСБ на чужую фамилию, но милиционер все-таки записал в блокнот и эту фамилию, и волгоградские номера "Нивы". Испуганные бандиты в тот же день вернулись в Волгоград.

Только в конце февраля Шапиро через Горитовского все же разыскал киллеров и настоял на скорейшем исполнении заказа. Правда, Цигельник долго отнекивался из-за того, что номера "Нивы" были "пропалены".

5 марта возле гостиницы "Салют" состоялась встреча, которую Цигельник описывал следующим образом: "Шапиро с Горитовским сказали, что именно сегодня, 5 марта 1999 года, надо взорвать Рыбина…Он сказал, что сейчас подъедут люди сверху и скажут надо ли это делать. Подъехала "Волга", белая, из нее вышли трое человек, и пошли к джипу Горитовского и Шапиро "Хенде Галлопер". Мне Шапиро сказал быстро сесть в машину, я с ними разминулся буквально в трех метрах. Они сели в машину, посовещались минут 15–20, вышли трое, сели в "Волгу" и уехали. Горитовский открыл дверь, мне махнул рукой, я подошел, сел на заднее сиденье, Шапиро сказал, что надо делать, сказал, ты видел этих людей, с ними шутить нельзя, надо делать…".

Второе покушение на Рыбина выглядело как дешевый боевик. "Едва автомобиль, на который навели киллеров, свернул с шоссе на проселок, под его правым колесом грохнул мощный взрыв. Машина взлетела в воздух и перевернулась. С двух сторон расстилалось безлюдное поле. Метрах в 30 приподнялась голова в белом малахае, в машину полетела граната. Несколько человек в маскхалатах, до этого невидимые на мартовском снегу, подбежали к горящей груде металла и начали поливать ее из автоматов. Подкатила машина с заляпанными грязью номерами, и нападавшие исчезли. Из искореженного автомобиля выполз окровавленный охранник — ног не было. Они остались в машине. Его напарник, раненный в грудь, пытался вытащить водителя. Уже мертвого", — так красочно описывала покушение газета "Известия".

Но киллеров опять постигла неудача, а Рыбина в очередной раз защитило провидение. Бизнесмена в машине не оказалось. По дороге он вспомнил про день рождения племянника и заехал его поздравить. Это его и спасло. Погиб водитель Федотов, чудом остались в живых охранники Филиппов и Иванов. "Я сразу понял, что меня взрывал ЮКОС", — свидетельствовал Рыбин.

В суде предприниматель подтвердил свою уверенность в том, что за преступлениями в отношении него стоит руководство ЮКОСа, в частности, акционер компании Леонид Невзлин, который лично и опосредованно угрожал ему расправой. Начальник Департамента по стратегическому планированию ЮКОСа Алексей Голубович также рассказывал о роли Невзлина в покушениях на Рыбина. Голубович, по его словам, много раз присутствовал на совещаниях у Ходорковского, посвященных конфликту ситуация с Рыбиным. На одном из них в конце января 1999 года Невзлин сказал: "Дайте мне пару месяцев и проблему с Рыбиным я решу!". Вот уж поистине — специалист по решению проблем… В марте на Рыбина было совершено второе покушение, а Невзлин стал распространять сведения о том, что за преступлением стоят томские бандиты. Аналогичная тактика была использована ЮКОСом после убийства Петухова — в нем были обвинены чеченцы и вдова убитого.

Рыбин, как выясняется, был знаком и с Пичугиным. Глава службы безопасности участвовал в жестких на грани грубости переговорах с Рыбиным по вопросу о передаче ЮКОСу сети нефтебаз и АЗС. В офисе Рыбина Пичугин едва не столкнулся с руководителем компании "Томскнефть" Берлингом. Завидев в окно "юкосовского силовика" Берлинг попросил Рыбина спрятать его, и был проведен в другой кабинет. После того как Пичугин ушел, переживший неприятные минуты Берлинг рассказал, что это именно тот человек, кто угрожает ему убийством.

Угрозы сыпались как из рога изобилия не только на Рыбина, но и на тех, кто был связан с ним дружескими или рабочими отношениями. Адвокат Рыбина Александр Добровинский также получил угрозы от службы безопасности ЮКОСа из-за того, что добился ареста активов ряда предприятий, купленных корпорацией. Вице-президент компании ЮКОС Василий Алексанян лично приехал к адвокату в офис чтобы заявить о том, что Рыбин не жилец. Неприятная встреча произошла у Добровинского и в ресторане "Джан Карло", где к нему, по его словам, подошел довольно известный в определенных кругах в Москве человек и сказал, что адвокат будет следующим, если не прекратит работать против ЮКОСа. При этом он показал спрятанный под пиджаком пистолет. Это предупреждение последовало спустя пару дней после второго покушения на Рыбина.

Был Добровинский и свидетелем угроз Невзлина в адрес Рыбина, а в июне 2005 года Невзлин захотел поговорить и с самим адвокатом. Незнакомец поднес Добровинскому телефон в ресторане "Сыр". В трубке голос Невзлина потребовал от адвоката написать в посольство Израиля письмо о том, что Рыбин на самом деле шантажировал ЮКОС. В противном случае Невзлин пообещал лишить Добровинского статуса адвоката. Кроме того он добавил, что Рыбин не должен говорить на суде о Пичугине.

Через некоторое время после того, как Добровинский придал инцидент огласке, в Нью-Йорке к нему подошел еще один незнакомец со словами: "Зачем же вы так быстро "настучали" по поводу телефонного звонка?" За соседним столиком в ресторане сидел сам Невзлин…

Люди Невзлина пытались всячески воспрепятствовать следствию и даже после бегства олигарха в Израиль. Уже в 2006–2007 годах Шапиро начал давать показания о том, что ему неизвестны "заказчики" преступления, тем самым полностью опровергая свои предыдущие показания. Выяснилось, что Шапиро, находясь в камере СИЗО, услышал фразу, брошенную кем-то в коридоре: "Замолчи, а то умрет твоя мать!" И надо сказать, что подобные угрозы были небезосновательны.

К тому времени в живых не было ни Горитовского, ни Горина — оба были убиты (последний — вместе с женой). Также ликвидированы были друзья Горина Приходько и Попов. Ходили слухи о том, что заказ был сделан на всю волгоградскую бригаду, работавшую с Гориным, а также на часть "тамбовских".