Начало ирано-иракской войны неожиданно предоставило МХ ещё одну возможность поквитаться с ненавистным режимом аятолл. Поспособствовала этому сделка президента Франции Жака Ширака с Тегераном. Первый изгнал Раджави и множество деятелей МХ из страны в обмен на освобождение заложников, удерживаемых проиранскими группами в Ливане. Ряд фактов, в том числе утверждение Госдепартамента США, свидетельствуют о том, что МХ выступила в ирано-иракской войне 1980–1988 годов на стороне Саддама Хусейна.

В конце войны отряд в 7000 членов МХ, вооружённый и экипированный Ираком, под лейблом «Национально-освободительная армия Ирана» (NLA) под прикрытием ВВС Ирака пересёк иранскую границу, заняв город Исламабаде-Герб (около 90 тыс. населения). После контратаки Ирана NLA отступили в Ирак, потеряв 1400 человек убитыми и пропавшими без вести. МХ заявляет о 55 000 убитых бойцов КСИР, басиджей и солдат вооружённых сил Ирана (цифра выглядит явно преувеличенной). Свою тогдашнюю операцию МХ назвала «Вечный свет», а контратака Ирана известна как «Операция “Мерсад”».

В ночь на 18 июня 1988 года Ирак при поддержке МХ начал «Операцию сорока звёзд». Осуществив более 530 самолёто-вылетов и активно применяя нервно-паралитический газ, ВС Ирака атаковали иранские войска в районе г. Мехран, убив и ранив более 3500 человек и почти полностью уничтожив дивизию КСИР. В это время на западе Ирана МХ начала операцию «Афтаб».

Сообщается, что примерно в то же время около 5000 бойцов МХ присоединились к отрядам Саддама в битве за Киркук.

Результаты этого вторжения для членов МХ, находившихся в тюрьмах Ирана, были катастрофическими. Иранский режим выбрал их в качестве объектов мести и после издания Рухоллой Хомейни секретной фетвы начал массовые пытки и убийства не только членов МХ, но и участников всех других левых и оппозиционных групп, находившихся тогда в заключении, таких как Народная партия Ирана «Туде» (просоветская партия), Организация партизан-фидаинов иранского народа, «Рахе Каргар» (Организация революционных рабочих Ирана), «Комала» (Революционная организация курдского рабочего народа, маоистского толка), Демократическая партия Иранского Курдистана (националистического толка).

Вот слова из фетвы Хомейни:

«Тот, кто на любом этапе продолжает принадлежать мунафикинам [5] , должен быть казнён. Немедленно уничтожьте врагов ислама. Те, кто находится в тюрьмах по всей стране и остаются непоколебимыми в поддержке “Муджахедин Хальк”, воюют с богом и обречены на казнь».

Процесс приговаривания к смерти занимал несколько минут. Если заключённые не желали сотрудничать с режимом, то это считалось признаком симпатии к муджахединам, и их немедленно казнили. Первоначально казни проводились через расстрел, но позже он был заменён повешением.

В Тегеране в тюрьмах Эвин и Гохардашт казни проходили каждый час с 7:30 до 17:00. В первую ночь было казнено почти 3800 человек. Чтобы упростить казни, в тюрьме Эвин (которая, кстати, до сих пор используется для содержания и пыток заключённых иранского режима) заключённые были отравлены. В среднем в августе и сентябре 1988 года осуществлялось по несколько сотен казней в день, достигнув рекордной отметки в 8000 человек за две недели.

Бойня была настолько массовой, что протестовали даже ближайшие доверенные лица Хомейни, например, аятолла Монтазери, за что впоследствии он был уволен. Его протесты также не принесли результата.

В Тегеране тела жертв отправляли ночными конвоями в Хаваранский район к югу от столицы, где их закапывали на пустырях в братских могилах. Места массовых захоронений вскоре стали известны в связи с тем, что их обнаруживали бродячие собаки, которые выкапывали трупы. В других регионах трупы зарывали в каналы или на кладбищах.

В течение пяти месяцев было убито, по разным оценкам, от 5 до 33 тыс. человек, среди которых внушительный процент составляли старики, дети (казнили детей от 13 лет) и женщины. Власти приняли множество мер к тому, чтобы скрыть это массовое убийство, и поэтому реальное число погибших до сих пор не известно. Большинство убитых сидели за осуществление мирной политической деятельности (распространение оппозиционных агитматериалов, участие в демонстрациях, сбор пожертвований для оппозиции и т. п.).

В 2016 году была опубликована аудиозапись переговоров иранского теолога-диссидента Хусейна Али Монтазери и лиц, ответственных за массовые убийства. Из записи следует, что резня готовилась задолго до вторжения, а последнее стало лишь удобным поводом для её осуществления.

Считается, что коллаборантская тактика МХ в ходе ирано-иракской войны сделала их предателями в глазах большинства иранского населения, похоронив тем самым надежды Масуда Раджави на завоевание организацией симпатий иранцев. Такова, однако, была плата за вынужденное присутствие группы в Ираке ввиду практически полной невозможности вести политическую борьбу в своей стране.

По мнению ряда источников, уже после окончания войны МХ также помогала Саддаму Хусейну подавлять шиитско-курдское восстание на юге страны в 1991 году (в ходе подавления восстания погибло, по разным данным, до 180 тыс. человек, а само подавление отмечалось крайней жестокостью). МХ эти обвинения отрицает.

В самом же Иране террористические акты меньшего масштаба продолжались все 90-е и нулевые. Ряд атак произошёл в апреле 1992 года, когда МХ атаковала дипмиссии Ирана в 13 странах, — в т. ч. представительство Ирана в ООН. По словам руководства МХ, эти атаки были местью за авиаудары иранской армии по членам МХ в районе Багдада. В 1998 году члены МХ убили руководителя тюремной системы Ирана — Асадоллу Ражеварди (что можно рассматривать как возможную месть за резню в тюрьмах десятью годами раньше).

В 1999-м произошло убийство замначальника Генштаба Ирана Али Сайада Ширази. В феврале 2000-го МХ осуществляет обстрел дворца президента Ирана Мохамеда Хатами.

По версии властей Ирана, с начала исламской революции 1979 года и по сей день от деятельности МХ погибли 17 000 иранцев.