Прошло шесть лет.
В 1885 году в Оренбурге находился академик Ященко. Губернатор Маслаковец предложил Комитету за помощью обратиться к гостю. Он согласился. На разработку эскизного проекта собора, его утверждение, разработку рабочего проекта академику потребовалось всего менее года. 23 января 1886 года проект был Высочайше утвержден со сметной стоимостью строительства в 213 400 рублей.
Вскоре начались земляные работы. После торжественной Литургии 8 сентября 1886 года архиерей Макарий с крестным ходом опустился по земляному откосу в глубь приготовленного для постройки храма места, углубленного до десяти с половиной аршин (более семи метров), и совершил закладку храма... но не на первоначально отведенном Думой месте — на Караван-Сарайской площади, которое признано было неудобным, а на Сакмарской площади, где он и стоял до момента его уничтожения.
Как только начались регулярные строительные работы, выяснилось, что не хватает для стройки специальным образом обожженного кирпича. Шла же только кладка подвального этажа. Про это узнали местные купцы. Они быстро сообразили, что для постройки храма такой кирпич будет требоваться во все возрастающих размерах. То был редкий случай, который подворачивается раз в жизни, и то не каждому. Они предложили соборному Комитету построить кирпичный завод с круглосуточным циклом работы, который обеспечит бесперебойное снабжение стройки таким кирпичом. Но купцы есть купцы! О собственной выгоде, даже в таком деле, как строительство храма, не забыли!
Они поставили условие, чтоб Городская дума освободила их от уплаты налогов сроком на десять лет. Для богоугодного дела Думе ничего было не жаль!
Купцам отвели место для строительства завода. Одновременно с обеспечением строительства собора дельцы активно снабжали высококачественным кирпичом и местный рынок. Необлагаемый налогами кирпич дельцам принес баснословные прибыли!
Далее стройка шла следующим образом:
В 1888 году выкладывается цоколь. Кирпичная кладка по ярусам шла четыре с половиной года. В 1893 году собор покрывается железом, начинаются штукатурные работы, которые заканчиваются в 1894 году. И снова беда — выясняется, что на отделочные работы средств не хватает. Это означало, что окончание строительства, следовательно и освящение храма будет отодвинуто на неопределенное время... На помощь пришла вдова оренбургского купца М. Л. Иванова — она пожертвовала тридцать тысяч рублей, которые пошли на устройство иконостаса, на писание икон и на отливку колоколов.