В условиях гражданской войны, носившей маневренный характер, особенно острая борьба велась за железнодорожные узлы и магистрали. Это открывало для бронепоездов широкое поле деятельности.
Рабочие заводов, железнодорожники депо и мастерских начали массовое строительство и вооружение бронепоездов. Из членов трудовых коллективов формировались и боевые экипажи.
Так начинали боевую деятельность бронепоезда, построенные рабочими Петрограда и Брянска, шахтерами Горловки и Луганска, железнодорожниками Екатеринослава и Харькова.
Машиностроительный завод в Бежице — один из зачинателей строительства советских бронепоездов. Весной 1918 года из ворот завода отправился на Восточный фронт «Бронепоезд № 1 Брянского Совдепа». Он сражался с белочехами под Самарой и Симбирском, с колчаковцами под Пермью. В 1919 году он был переоборудован и назван «Роза Люксембург». Брянские бронепоезда «Степан Разин», «Заря», «Красное знамя», «Ленин», «Смерть Деникину», «Победа» отважно бились с деникинцами на Южном фронте.
Несмотря на нехватку материалов, топлива, хлеба, рабочие Брянского завода трудились героически. С августа 1919 года по ноябрь 1920 года они отремонтировали 243 бронепоезда; некоторые из них по три-четыре раза.
В годы гражданской войны часто применялись массированные удары бронепоездов. Так, в контрнаступлении под Петроградом в октябре 1919 года командование 7-й армии задействовало шесть бронепоездов. Среди них № 6 «Имени товарища Ленина», № 38 «1-й Черноморский», № 44 «Имени Володарского», № 45 «Имени III Интернационала», № 89 «Имени Л. Д. Троцкого». Осенью 1919 года в подчинении командования Южного фронта находилось 53 бронепоезда.
Экипажи красных бронепоездов несли в боях значительные потери. Но у противника их было не меньше. В ходе наступательной Орловско-Курской операции (октябрь-ноябрь 1919 года) на железнодорожных участках под Орлом, Воронежем, Курском красноармейцы захватили 10 из 19 деникинских бронепоездов, причем все они были в технически исправном состоянии. В ходе сражения севернее Бахмута (декабрь 1919 года) трофеями бронепоездных частей Красной Армии стали пять бронепоездов ударной группы Добровольческой армии. А в Северо-Кавказской операции 1920 года число таких трофеев увеличилось до 23.
При ликвидации десанта врангелевской армии в Северной Таврии войска Южного фронта располагали 17 бронепоездами, действовавшими против 19 врангелевских. Венцом боевых действий красных бронепоездов стали боевые операции на Польском фронте. Армии Западного фронта поддерживали 15 советских бронепоездов. «В последних боях на всем фронте, — гласил приказ по 3-й Польской армии, — самым серьезным и ужасным противником являются неприятельские бронепоезда, которые очень хорошо оборудованы, действуют разительно, смело и решительно, обладают серьезной силой и являются очень серьезным средством борьбы противника. Для победы над неприятельскими бронепоездами пехота наша бессильна».
В сражениях гражданской войны выросли опытные командиры бронепоездных частей Ф. Н. Алябьев, С. М. Лепетенко, А. В. Полупанов, П. Т. Чаплыгин, М. Г. Ефремов, командовавшие боевыми группами крепостей на колесах под Царицыным, на Южном фронте, в боях за Баку, Старую Бухару.
В рядах Красной Армии на командных должностях в бронепоездных частях свою службу начинали выдающиеся полководцы Великой Отечественной — дважды Герой Советского Союза Маршал Советского Союза И. С. Конев (комиссар бронепоезда № 102), начальник Главного автобронетанкового управления Красной Армии генерал-полковник Я. Н. Федоренко (командир бронепоезда № 4), командующий 33-й армией генерал-лейтенант М. Г. Ефремов (командир группы бронепоездов 11-й армии Кавказского фронта).
Внезапно и стремительно атаковали противника бронепоезда. Удары их были сокрушительными. Где бы ни появлялись, они сеяли в стане врага страх и панику.
«Никогда никаких отговорок, никаких жалоб на усталость, на недостаток продовольствия не было от вас. Получив боевой приказ, вы, как львы, бросались на врага, показывая силу и величие бойцов революции… С такими защитниками новой России не страшны никакие враги…» — говорил комбриг И. В. Панасов бойцам бронепоезда № 17 «Смерть или Победа!».
В борьбе за власть Советов молодые жизни отдали командиры А. Г. Железняков (бронепоезд «Имени командарма Н. А. Худякова»), Л. Г. Мокиевская (бронепоезд «Власть Советам»), В. А. Пролыгин (бронепоезд «Имени В. И. Ленина»).
Известный советский писатель Всеволод Вишневский, вспоминая о днях гражданской войны, писал: «Мы были назначены на бронепоезд Первой конной армии № 56 «Коммунар»… Движение на Юг развертывалось по гигантской дуге от Волги до Днепра. Революция собрала здесь все лучшее. В памяти царицынские, сормовские, брянские бронепоезда…
Наш «Коммунар», «Красный кавалерист», «Железнодорожник» — с головы до ног одетые в черную кожу машинисты, слесари, матросы… Все эти люди, от командира до рядового добровольца, были воплощением пролетарского гения, широко развернутых плеч и поднятых в удар рук…».
Навсегда в народной памяти сохранятся подвиги экипажей бронепоездов № 10 «Роза Люксембург» под командованием В. М. Токарева, № 19 «Доброволец» (командир Д. К. Емельянов), № 38 «1-й Черноморский» (командир В. Н. Жуков), № 59 «Имени Я. Свердлова» (командир Н. П. Вишневецкий), № 98 «Советская Россия» (командир П. М. Бойко), № 8 «Имени Ф. Ф. Раскольникова» (командир К. Б. Калиновский), № 85 (командир А. С. Коренков), № 152 «Молния» (командир Р. С. Кукулдава).
Бронепоезд № 98 «Советская Россия» в годы гражданской войны.
Личный состав бронепоездов подбирался из добровольцев, преданных Советской власти. Подготовка красноармейцев и младших командиров проводилась в Москве в депо формирования бронепоездов, которое с 1920 года было преобразовано в запасную бригаду по формированию бронепоездов.
В годы войны в оперативном и боевом отношении управление бронепоездами возлагалось на Оперативный отдел Наркомвоенмора, Полевой штаб РВСР, полевые управления фронтов, армий.
Организационное и техническое руководство бронепоездами осуществлял Центральный совет бронетанковых частей (Центробронь), а с января 1919 года — Главное броневое управление. В мае 1921 года все функции руководства бронепоездами были переданы вновь учрежденному Управлению начальника броневых сил РККА и его органам в военных округах, на фронтах, в армиях.
По окончании гражданской войны бронепоезда были переподчинены Главному артиллерийскому управлению и потеряли свою организационную самостоятельность, перейдя на положение артиллерии на железнодорожном ходу.
С 1924 года оставшиеся бронепоезда были сведены в дивизионы, состоявшие из двух легких и одного тяжелого бронепоезда.