По взятии Москвы, грамотой от 15 ноября, соправители русского государства Пожарский и Трубецкой созвали представителей от городов, по 7 человек, для выбора царя. Сигизмунд вздумал было идти на Москву, но у него не хватило сил взять Волок, и он ушёл обратно.

В январе 1613 г. съехались выборные от всех сословий, включая крестьян. Собор (то есть всесословное собрание) был один из самых многолюдных и наиболее полных: на нём были представители даже чёрных волостей, чего не бывало прежде. По мнению историка Ключевского, Земский собор 1613 года был первым всесословным собором. Когда выборные прибыли в столицу, был назначен трёхдневный пост, которым представители сословий всей страны хотели очиститься от грехов перед выборами нового государя. По окончании поста начались совещания. Однако ни один из кандидатов сразу не встретил единогласной поддержки. Выставлено было четыре кандидата: Василий Иванович Шуйский, Иван Михайлович Воротынский, Дмитрий Тимофеевич Трубецкой и Михаил Фёдорович Романов. Современники обвиняли Пожарского, что он сильно агитировал в свою пользу. От автора: Выражая своё мнение, думаю зря современники, в лице трусливых князей, тех далёких времён, обвиняли князя Дмитрия Пожарского за претензию стать государём Руси. Он это заслужил, да и народ его полностью поддержал бы. Бояре боялись его правления, потому что он мог быть полностью самостоятельной фигурой в том числе и от патриарха Филарета.

Выборы были очень бурные. Сохранилось предание, что патриарх Филарет требовал ограничительных условий для нового царя и указывал на своего сына, как на самого подходящего кандидата. Выбран был действительно слабовольный Михаил Фёдорович, и несомненно, ему были предложены те ограничительные условия, о которых писал Филарет: «Предоставить полный ход правосудию по старым законам страны; никого не судить и не осуждать высочайшей властью; без собора не вводить никаких новых законов, не отягчать подданных новыми налогами и не принимать самомалейших решений в ратных и земских делах». Полностью марионеточная фигура, управляемая теневой властью бояр и патриарха.

Избрание состоялось 7 февраля, но официальное объявление было отложено до 21-го, чтобы за это время выведать, как примет народ нового царя. С избранием царя кончилась смута, так как теперь была формальная власть, которую признавали все и на которую можно было бы опереться, как и теперь.