Активность Петра сильно тревожила царевну Софью, понимавшую, что с наступлением совершеннолетия сводного брата ей придётся расстаться с властью. Одно время сторонниками царевны вынашивался план коронования, но патриарх Иоаким был категорически против.
Походы на крымских татар, осуществлённые в 1687 и 1689 годах фаворитом царевны В.В.Голицыным, были малоуспешны, но преподносились как крупные и щедро вознаграждаемые победы, что вызывало недовольство многих.
За всё правление Софья не добилась, как правительница Руси, никаких успехов: постоянные интриги, борьба за власть привели её к свержению. Вскоре Софья была заключена в Новодевичий монастырь, под строгий присмотр.
7 октября был схвачен и потом казнён Фёдор Шакловитый. Старший брат, царь Иван (или Иоанн), встретил Петра в Успенском соборе и фактически отдал ему всю власть. С 1689 года он не принимал участия в правлении, хотя до самой смерти 29 января (8 февраля) 1696 года продолжал быть соцарём.
После свержения царевны Софьи власть перешла в руки людей, сплотившихся вокруг царицы Натальи Кирилловны. Она старалась приучать сына к государственному управлению, поручая ему частные дела, которые Пётр находил скучными. Важнейшие решения (объявление войны, избрание патриарха и т.п.) принимались без учёта мнения молодого царя. Это вело к конфликтам. К примеру, в начале 1692 г., обиженный на то, что вопреки его воле московское правительство отказалось возобновить войну с Османской империей, царь не захотел возвращаться из Переяславля для встречи персидского посла, а первые лица правительства Натальи Кирилловны (Л.К.Нарышкин с Б.А.Голицыным) были вынуждены лично ехать за ним. Состоявшееся 1 января 1692 г. по воле Петра I в Преображенском «постановление» Н.М.Зотова во «всея Яузы и всего Кокуя патриахи» стало ответом царя на совершённое помимо его воли постановление Патриарха Андриана. После смерти Натальи Кирилловны царь не стал смещать сформированное матерью правительство Л.К.Нарышкина – Б.А. Голицина, однако добился, что бы оно неукоснительно выполняло только его волю, т.е. наступил период единовластия Петра I, как при Иване Грозном.