Неорганизованное почитание князя Андрея Юрьевича Боголюбского началось на его родине очень рано. Уже летописные повести о его гибели носят черты агиографического сказания, то есть истории о житии святого. Рассказы о совершаемых им чудесах, как уже отмечалось выше, также появились очень рано, чуть ли не в момент перенесения тела князя из Боголюбова во Владимир.
В качестве местночтимого святого князь издавна почитался во Владимирской земле, и его имя включалось в месяцесловы. (Правда, под разными днями, так как точного дня поминовения установлено не было. Поэтому упоминания о службах в его честь попадаются и 30 июня – в день убийства, и 4 июля – в день памяти Андрея Критского, и 2 октября – в день поминовения Андрея Христа ради юродивого.)
В XVI веке царь Иван Грозный специально распорядился дважды в год служить в Успенском соборе Владимира панихиду по Андрею Боголюбскому – 29 июня и 30 ноября (последняя дата – день памяти святого апостола Андрея Первозванного).
В XVII веке над усыпальницей князя Андрея Юрьевича был укреплен «надгробный лист», содержавший в себе фактически краткое житие князя. Там он был назван «святым страстотерпцем», «благоверным и христолюбивым великим князем».
Местное почитание князя с веками только усиливалось и постепенно приобрело уже общерусский характер. В результате в начале XVIII века Андрей Юрьевич наконец-то был официально причтен к лику святых как «святой благоверный князь». Празднование его памяти было установлено 4 июля – в день поминовения святого Андрея Критского. Примерно тогда же было написано и житие святого, известное в пространном и сокращенном вариантах. Составители этих текстов, судя по всему, при написании их опирались преимущественно на «Степенную книгу» и на житие князя Глеба Андреевича. Церковная служба князю соединила в себе два канона – один, созданный во Владимире, а другой, написанный, по-видимому, в Боголюбове.
Мощи Андрея Юрьевича и мощи его сына Глеба в октябре 1702 года были перенесены в новые раки в Благовещенском приделе храма. А с 1768 года этот придел даже стал называться в честь Святого благоверного великого князя Андрея Боголюбского. Гробницу украсили специальным балдахином, а на стене возле нее поместили стихи, посвященные князю и, по преданию, написанные самой императрицей Екатериной Второй. В 1820 году гробницу еще раз реконструировали, когда над мощами святого была установлена серебряная сень – шатер в виде навеса.
В годы большевистской революции кампания по осквернению мощей, которую под лозунгом «борьбы с религиозным жульничеством» вели коммунисты, коснулась и останков князя Андрея. В феврале 1919 года его мощи были вскрыты, вытащены из раки и помещены во Владимирский исторический музей. Этот «экспонат» дважды изучали – сначала в тридцатых годах XX века в Ленинграде, где в рентгенологическом институте сумели подтвердить, что сохранившиеся кости действительно принадлежат князю Андрею Юрьевичу Боголюбскому. Во второй раз – в 1941–1943 годах, в мастерской известного антрополога-реконструктора М. М. Герасимова, создавшего известный и, как ныне подозревают, скорее всего, ошибочный скульптурный портрет князя. Затем, в пятидесятых годах XX века, останки пытались перевезти в московский Государственный исторический музей, но, по размышлении, все же решили хранить их во Владимире. Выставлять на всеобщее обозрение мощи теперь не стали – их заперли в запасниках музея, разместив в двух больших деревянных ящиках.
К сожалению, все эти перевозки и переброски останков князя ни к чему хорошему не привели – когда в 2007 году их принялись изучать для новой реконструкции, выяснилось, что часть костей, в том числе и важная для воссоздания лица князя нижняя челюсть, была неизвестно когда утрачена. Большевики не только потревожили покой мощей святого князя, но и сумели их осквернить и разбазарить.
На свое законное место, в Успенский собор, останки князя Андрея Юрьевича вернулись на заре перестройки, когда коммунистическая власть попыталась демонстративно изменить свое отношение к Русской православной церкви. В 1987 году, после долгих и настоятельных просьб Владимиро-Суздальского владыки – архиепископа Серапиона, мощи наконец-то были переданы «епархии и общине Успенского собора». 3 марта их поместили на старое место – в раку у северной стены храма.
Святой князь Андрей Юрьевич Боголюбский вновь упокоился в любимом соборе своего любимого города.