Один из Комитетов НАТО в 2004 г. во время заседания в бельгийском городе Льеже заявил, что ГМО могут быть использованы как биологическое оружие, например, теми же террористами. При этом в первую очередь обращали внимание на гены, которые внедряются, и на токсичность белков, которые могли образоваться в результате генетических мутаций (изменений).

В СМИ уделялось внимание возможности использования так называемых этнических генов, введение которых может привести к созданию организмов, специфически направленных против определенной расы, или нации, или людей, живущих в определенной местности. По мнению ряда учёных, с помощью этнически нацеленного генетического оружия можно выбивать даже отдельные группы внутри популяций. Однако другие учёные считают, что такое оружие создать невозможно.

ГМО могут быть использованы не только как биологическое, но и как химическое оружие, поскольку ГМ-растения, устойчивые к пестицидам и другим ядохимикатам, их накапливают. Известно, что пестициды — это яды, отравляющие организмы-мишени, или стерилизаторы, вызывающие бесплодие. К ним относятся: гербициды, уничтожающие сорняки; инсектициды, с помощью которых уничтожают насекомых-вредителей; фунгициды, влияющие на патогенные грибы; зооциды, уничтожающие теплокровных животных, и т.д. Негативный эффект может быть обусловлен воздействием следовых количеств пестицидов, к которым ГМ-культуры устойчивы. В недавно опубликованном исследовании (Benachour & Sйralini, 2008) было показано, что гербицид «Раундап», к которому устойчивы наиболее распространённые ГМ-культуры, даже в самых минимальных количествах (0.000001%) приводит к гибели клеток эмбрионов, клеток пуповинной крови и плаценты человека, преждевременно запуская запрограммированную гибель клеток (апоптоз).

Американский писатель Уильям Энгдаль в книге «Семена разрушения…» (2009) обращает внимание на ещё один очень важный момент — продовольственную зависимость разных стран мира от гигантов биотехнологии. Зачем нужна была корпорациям эта зависимость: для управления или уничтожения? При этом Эндгаль подчёркивает, что, решая продовольственные и другие задачи с помощью ГМО, попутно уничтожаем биоразнообразие планеты.

Однако в последнее время раздаётся всё больше голосов относительно того, что при создании ГМО была допущена научная ошибка, связанная с несовершенством самого технологического процесса. По мнению учёных, ошибка в генной технологии может привести к созданию оружия массового поражения, независимо от того, с какими целями (благими или нет) внедрялись гены.