1.  Латентная фаза дисбактериоза может проявляться минимальной симптоматикой: небольшим снижением количества бифидобактерий, лактобактерий и кишечных палочек (до 80 %) от общего числа, иногда – размножением в кишечнике незначительного количества отдельных представителей условнопатогенной флоры. Остальные показатели без изменений. Начальная фаза развития дисбактериоза не вызывает явных нарушений работы кишечника, то есть клинических проявлений заболевания нет.

2.  Фаза запуска более серьезных нарушений предполагает уже больший дефицит бифидобактерий на фоне нормального или немного сниженного количества лактобактерий, а также понижение их ферментативной активности. Одновременно отмечается рост патогенных микроорганизмов в содержимом кишечника. Чаще всего это стафилококки, протей или грибы рода Candida, но в этой фазе развития дисбактериоза их рост – явление чаще преходящее, чем постоянное. При этом функциональные расстройства пищеварения возникают периодически, обычно бывает диарея (жидкий стул зеленоватого цвета с неприятным запахом), а иногда, напротив, запоры.

3.  Фаза агрессии патогенной флоры вызывает рост числа агрессивных патологических микроорганизмов. Значительно выражены расстройства сократительной функции кишечника, процессов всасывания, нарушена выработка ферментов. Это проявляется учащенным жидким стулом, нередко зеленого цвета, снижением аппетита, тошнотой, интоксикацией, ухудшением общего самочувствия.

4.  Фаза ассоциативного дисбактериоза характеризуется резко выраженными изменениями микрофлоры кишечника, накоплением ядовитых продуктов жизнедеятельности болезнетворных микробов. Значительно выражены расстройства пищеварения и нарушение общего состояния организма. Человек сильно худеет, у него снижен аппетит, частый стул с примесью слизи, зелени, иногда крови, с резким гнилостным запахом; развиваются гиповитаминоз, общая интоксикация организма, анемия, возможны также осложнения.