С самого начала революция в Туркестане не на шутку встревожила эмира. В декабре 1917 г. в ханстве начались мобилизации людей и оружия. По данным советской «Нашей газеты», было проведено три мобилизации, заканчивавшиеся джигитовкой. По тем же сведениям, удалось мобилизовать 40 тыс. чел.. Основным источником оружия стали отступавшие с фронта через Бухару эшелоны казачьих войск – у них скупались за бесценок шашки, винтовки, пулеметы. Часть оружия добывалась в городах Туркестана – так, например, в феврале 1918 г. было приобретено в Кагане сто винтовок, перевезенных в столицу в коврах и постельных принадлежностях. Некоторое вооружение производилось на месте, а на границах ханства спешно возводились укрепления. В поисках союзников эмир Сейид Алим-хан обратился за помощью к Афганистану, и призыв не остался без поддержки – в Бухару было отправлено около 2000 афганских добровольцев, вооруженных в основном английским оружием. В боях советской стороной были замечены также турки и русские: например, в боях под Кермине было много русских артиллеристов и пулеметчиков, а боем руководил застрелившийся подполковник Ванновский, при котором было шесть казаков с есаулом.

В марте 1918 г. отряды большевиков и младобухарцев под командованием Колесова начали т.н. «Колесовский поход» для «советизации» Бухары. Первая стычка произошла в версте от Бухары, у Фатхабада. Во время боя во фланг красным ударила казачья конница, а из ворот хлынули ополченцы под зелеными знаменами с полумесяцами, вооруженные кремнёвыми ружьями, шашками, палками и т.д. В первых рядах были муллы, бежавшие прямо на пулеметы. Ф.Ходжаев писал: «Я видел лично, как один из них с палкой в руках и ножом во рту шел прямо на наших пулеметчиков и бросился на них. В этом бою был убит командир казачьей сотни Мирза Шамс и еще один из офицеров эмирской армии».

Понимая, что он проигрывает, эмир запросил перемирия и пошел на все условия. Однако это было только уловкой – посланный красными эскорт был растерзан бухарцами. Эмир с успехом использовал отсрочку, подтянув ополчение числом до 35 000 чел. У красных же кончились боеприпасы. Пополнить их было нельзя – бухарское ополчение разобрало рельсы на много верст с помощью инструментов и верблюдов, разрушило станции, срезало телеграфные провода. 17 марта красные стали отступать к Ката-Кургану. Боясь расправы, с ними эвакуировались младобухарцы и все русскоподданные. За первые два дня удалось продвинуться лишь на 20 верст. Эшелон постоянно обстреливали из фитильных пушек, опрокидывая чаны с водой, а на задние вагоны напирала кавалерия. Боец И.Ф.Куц вспоминал: «Какой-то оголтелый всадник в зеленом халате проскочил через цепь красногвардейцев, подлетел к паровозу и стал тыкать в него пикой… В воздухе летали клочья ваты, вырванные пулями из их стеганых халатов».

К счастью для Колесова, еще 17 марта к нему срочно отправились войска из Ташкента. Два дня спустя самаркандский отряд в 200 человек захватил Кермине, возглавляемый беком, дядей эмира, который обороняли 5000 чел. В тот же день передовая группа вступила в контакт с Колесовым. 25 марта в Кизылтепе был заключен мир. Эмир пошел на крупные уступки, фактически пообещав возместить весь ущерб, разоружить подданных и оставить армию в 12000 человек при 12 командирах. Уступки показывали, что его армия была недалека от новых поражений. И, тем не менее, она получила отсрочку для подготовки к новой войне.