Задача строительства новой армии тесно переплеталась с вопросом о новой политической ориентации – при недостатке своих ресурсов нельзя было обойтись без иностранной помощи. Эмир «заключил соглашение с Персией и Афганистаном о поставке оружия и обмундирования». Весной 1918 г. он направил делегацию к эмиру Афганистана Хабибулле-хану, который в своем ответном послании пообещал ему нескольких офицеров-инструкторов. К тому же в Бухаре уже была двухтысячная афганская бригада. Однако она была плохо дисциплинирована и вскоре после колесовских событий взбунтовалась, поэтому летом из ханства были изгнаны все нелояльные афганцы.

Большое значение имел союз с Великобританией, чьи войска находились на Закаспийском фронте Туркестана. Фронт этот образовался в июле 1918 г. после Ашхабадского антибольшевистского восстания. Поддерживая его, английский штаб в персидском Мешхеде решил отправить туда часть своих войск, чтобы занять Транскаспийскую железную дорогу и Красноводск. Важное значение имело то, что идущие на фронт эшелоны красных вынужденно шли через Бухару, рискуя в случае ее выступления быть отрезанными от Ташкента. В этих условиях Бухаре и Англии выпадал шанс разом взять реванш. Однако огромные пустыни сильно затрудняли координацию действий.

По словам консула П.П.Введенского, арестованного большевиками в 1919 г., для связи с ашхабадцами был послан бухарский чиновник Мирза Сафар, воспитатель наследника престола. В январе он был отправлен и к англичанам, а в марте 1919 г. направился в Мерв. Согласно другим данным, связь с Закаспием эмир поддерживал в основном через «мервского консула» Абдул-Карим-бека. В знак солидарности эмир даже награждал медалями белых офицеров. Другая сторона охотно пошла на контакт. В середине марта 1919 г. из Закаспия вместе с туркменским отрядом прибыл некий офицер Иванов, который после встречи с эмиром отправился в Фергану. Эти контакты усилили слухи о победе на фронте, благодаря чему усилилась торговля Бухары с Закаспием. В начале 1919 г. командующий британцами генерал Маллесон по разрешению Индии также пообещал эмиру оружие и амуницию. Постепенно сотрудничество росло – Закаспий отправлял в Бухару керосин, сахар, мануфактуру в обмен на хлеб. Эмир снабжал им и ашхабадские войска. В конце концов, в марте 1919 г. он попытался договориться о присылке в Бухару английских войск.

Однако предложение опоздало. Вторжение скромных сил в Туркестан без надежных союзников с самого начала походило на авантюру, которую британские военные провели на случай вторжения немецко-турецких войск, опасаясь их продвижения к Индии. После окончания войны необходимость в этом отпала, в тылу началось возмущение, а падение Оренбурга поставило угрозу прихода на фронт регулярных красных частей. В итоге в марте-апреле 1919 г. британцы эвакуировались, оставив лишь небольшой гарнизон в порту Красноводска. Закаспий официально встал под начало генерала А.И.Деникина. Однако это не означало, что эмир отказался от нападения на большевиков. Наоборот, весной-летом 1919 г. он был, пожалуй, ближе всего к этому. В конце мая Ашхабад как раз планировал наступление, в котором Бухара была готова участвовать. Правда с большой оговоркой: «после того, как участок Среднеазиатской железной дороги от Красноводска до Чарджуя будет очищен от большевиков и в Ташкенте падет советская власть».

Все это время отношения с Советским Туркестаном были крайне неровными и сохраняли угрозу новой войны, которой обе стороны и хотели, и боялись. Не решаясь выступить, Бухара все же время от времени мешала советским эшелонам, портя пути, водокачки, связь. Из-за голода декханам было запрещено продавать продукты на станциях красноармейцам. Власти советской Новой Бухары сообщали, что сарбазы все время снуют по городу и даже делают атаки на гарнизон. Касаясь частной аудиенции с афганским послом, эмир писал: «Я ответил ему, что моим намерением является, в первую очередь, объявить войну большевикам и добавил, что, по весьма точным данным, положение их в данный момент печальное и что этим нужно воспользоваться».

Апогеем противостояния стали керкинские события. Крепость Керки представляла удобный пункт для удара на Чарджуй – основную базу Красной Армии. Еще в ноябре 1918 г. большевики Керки заметили оживленные военные приготовления: бек усилил охрану вокруг русской части города, запретил советским гражданам ночное движение, препятствовал снабжению красноармейцев. Чарджуй опасался, «что Бухара намерена активно выступить против нас в союзе с противником». В марте-апреле сообщалось, что в Керки набираются туркмены, направляемые в Бухару. Как репетиция мобилизации 10 февраля 1919 г. было устроено традиционное соревнование козлодранья, на котором собравшиеся должны были овладеть Термезом. Власти отозвали население близ границы и приказали построить у Чарджуя 500 кибиток для англичан. 10 марта эмир отдал распоряжение по бекствам – «Ширабадскому, Келифскому, Байсунскому, Кабадшинскому, чтобы они собрали вооруженных людей для нападения на русских, если последние к 15 марта не уйдут из Термеза».

План строился на поддержке выступления ашхабадскими войсками, которые 3 мая пошли в наступление на ст. Равнина в 15 км от Чарджуя. Ашхабадский отряд штабс-капитана Айрапетова в 65 армян с английскими винтовками (200 патронов на ружьё и 100 в запасе) обходным путем из Байрам-Али – Пакта-Базар добрался 14 мая 1919 г. до Керки и устроился в саду бека в 5-6 км от города. По показаниям перебежчиков, посланцы эмира обязались передать ему продовольствие. За счет туркмен он вырос до 450 чел. 14 мая большевики получили ультиматум о сдаче. Их гарнизон был невелик: 150 стрелков, 100 сабель, партийная дружина в 80 чел. и охрана ст. Самсоново в 75 чел (позже подошел небольшой отряд из Кагана). Однако большевики ответили отказом, а 16 мая сами обстреляли и разоружили бека. Тогда туркмены окружили крепость; одновременно по линии Аму-Дарьи и вокруг города было собрано не менее 5-6 тыс. бухарских войск и ополченцев с английскими, немецкими, австрийскими и русскими ружьями. Борьба шла два месяца. Лишь с третьего раза Ташкент смог провести парламентеров, которые заключили 19 июля соглашение со всеми сторонами, чему во многом помогло поражение ашхабадцев под ст. Равнина и занятие большевиками оазиса Теджен и Ашхабада. Но даже при заключении мира керкинский бек пытался настоять на выводе русского гарнизона и контроле бухарцев над судоходством по Аму-Дарье.

Стало очевидно, что открытое выступление Бухары даже при большом численном превосходстве обречено на провал. К тому же эмир терял как союзника Закаспийский фронт, который с лета 1919 г. был окончательно обречен. Пересмотра требовали отношения и с Афганистаном, где в мае 1919 г. как раз появился новый эмир – Аманулла-хан. Поначалу он был настроен заполучить Бухару в союзники, благодаря чему началось налаживание дипломатических отношений: обмен письмами, открытие посольств в столицах обоих государств. Летом 1919 г., когда в Бухару прибыл афганский посол Абдулла-Шукур-хан, эмир бухарский был награжден афганским орденом «Альмар» I степени. В итоге было наконец достигнуто соглашение, по которому Афганистан обязался в случае войны оказать поддержку Бухаре.

Естественным союзником Бухары стало и Хивинское ханство. Отсталое даже по сравнению с Бухарой, оно все же было определенным помощником. Летом 1919 г. туда была отправлена делегация из топчи-баши и двух придворных ишанов с 20 муллами. «17 июля 1919 года делегация высадилась на левом берегу реки Аму-Дарья в Хазарспе. Целью делегации было предложение предоставить эмиру 2000 вооруженных всадников для борьбы с большевиками. Одновременно с бухарцами к Джунаиду прибыли 65 конников – посланники ашхабадцев». Обговаривалось и экономическое сотрудничество: торговля, закупка в Хиве хлеба, взаимное признание валют. В Хиве началась вербовка молодых туркмен для службы в бухарской армии, мобилизация людей, скота и повозок для перевоза продовольствия и сырья. В свою очередь в сентябре 1919 г. в Бухару «прибыли хивинские делегаты с ходатайством о снабжении их двумя пулеметами, пушкой и деньгами» и с сообщением, что «Хива выпустила свои бумажные кредитные билеты». Выполняя просьбу, эмир отправил им в начале октября 13 «мастеров ружейного дела» и два пулемета с прислугой из австрийцев.

Отдельным вопросом является союз эмира с отрядом Осипова. К.В.Осипов был туркестанским военным комиссаром, поднявшим в январе 1919 г. восстание в Ташкенте, после провала которого ушел к басмачам Мадамин-бека. В апреле-мае 1919 г. 64 осиповца перешли через Гиссарский хребет в бухарский кишлак Шоршаус. Встретили их благосклонно: в столице они даже развернули свой штаб, в котором работал полковник Тысячников, который играл «видную роль благодаря связям с чиновниками бухарского правительства». Штаб проверял прибывших офицеров, после чего их направляли на разную работу, в основном, обучение войск. Советская контрразведка сообщала: «В Старой Бухаре, в сарае Цинделя, бывший конторе и квартире Тысячникова, помещается белогвардейский штаб... Иногда называют его "штаб Осипова". В штабе собираются днем русские офицеры и некоторые гражданские лица, часы занятия – с 10 до 2 часов. На занятия приходят ежедневно 10 человек постоянных служащих и членов штаба и еще около 30 человек офицеров и гражданских лиц, являющихся туда раз, два или три в неделю...».

Предполагалось, что отряд Осипова отбудет на Ашхабадский фронт, поэтому он сдал золотой запас, похищенный из Ташкента, эмиру. Вскоре 22 осиповца переместилась в Бурдалыкское ханство для участия во взятии Керки. Здесь отряд в начале июня обстрелял на Аму-Дарье баржу с советской миссией, шедшей в Кабул. К концу октября 1919 г. по заданию британского агента Бейли Осипов выехал через Закаспий в Мешхед, собираясь по пути через Мерв и Полторацк взорвать железнодорожную линию и мост. Однако закончилось это внезапной гибелью Осипова, о которой до сих пор ничего не известно. Вскоре его отряд вместе с Бейли также уехал в Персию.

Завязал контакты эмир и с белыми правительствами. В сентябре 1919 г. к деникинским властям была направлена делегация, обещавшая помощь в борьбе с большевиками. 25 сентября 1919 г. и А.В.Колчак направил эмиру военную миссию с личным письмом. Одновременно в Кульджу был командирован генерал Диттерих. В его задачи входило установление связи областей Туркестана с Омском и организация басмаческих отрядов. Эмир и сам оказывал помощь ферганским басмачам: им присылалось оружие, русские офицеры.

Сам эмир продолжал укреплять собственную армию. В августе-сентябре 1919 г. усиленно скупались лошади, седла, нанимались добровольцы. К середине сентября «из Бухары в Кермене прибыло 15 тысяч бухарских солдат, на станцию Мишаде – 200 человек, в Хатырчах – 800 человек». В октябре 1919 г. советские разведсводки отмечали: «бухарское правительство производит вновь мобилизацию: второго октября в Старую Бухару прибыло около 5 тысяч мобилизованных». По ним же, в районе Зербулак, на Самаркандской границе (частью в Кермине) находилось «вооруженных солдат до 30 тысяч человек с двумя орудиями и десятью пулеметами». Продолжались поставки оружия от англичан.

Однако к началу 1920 г. положение эмира было ослаблено более чем когда-либо до этого: в Хиве был свержен Джунаид-хан, которому не помог и отряд эмира в 100 чел.; красные заняли Красноводск, уничтожив Закаспийский фронт; были разгромлены армии Колчака. Было нетрудно предугадать, что Бухара будет следующей. Поэтому эмир вновь стал готовиться к неравной войне, что однозначно расценивалось советской стороной как подготовка к превентивному нападению. В.В.Куйбышев тогда же писал: «У нас имеется достаточно фактов, что это нападение... готовится. Производится постройка дороги, строятся казармы для новых войск, чувствуется, что жизнь кипит, что подготовка в деле этих активных действий производится». В начале апреля 1920 г. войска Старой Бухары три дня проводили маневры.

На обострении конфликта спешили сыграть и англичане. В 1920 г. началась активизация проанглийских элементов – главную роль играла местная персидская колония из купцов. В начале января 1920 г. эмира посетил персидский консул, после чего возник вопрос о посылке своего посольства в Иран. В середине января из Мешхеда были направлены «три русских офицера английской службы» с письмом, которое предупреждало эмира против соглашения с Россией. В письме обещалась и помощь в случае войны с большевиками. Тогда же предполагалось и сотрудничество с афганцами. Советская разведка сообщала о выдвижении их из Кабула: «Если Бухара согласится поддержать афганские войска, то наступление будет обоюдное, если же не согласится, то часть войск останется близ Бухары, а остальные едут в Фергану». 12 января 1920 г. Аманулла-хан писал: «Вы, мой брат, желаете получить от меня двух мусульман – военных инструкторов...». Выполняя просьбу, он высылал 60 инструкторов во главе с офицером Корнейем Фазли Ахмед-ханом и двумя мастерами по выделке патронов с четырьмя помощниками. Увы, на этом помощь и закончилась: настроенный на сотрудничество с большевиками Афганистан практически самоустранился от вмешательства в проблему. Правда, Аманулла-хан не препятствовал вербовке афганских добровольцев. К июню в Бухару стали прибывать мелкие группы афганцев, которые распространяли слухи о том, что «через Керки придут новые войска, между которыми есть английские офицеры». Позднее все они были расценены Афганистаном как дезертиры и возвращены советскими властями.

Все это не могло не привлечь внимания советской стороны. В марте 1920 г. М.В.Фрунзе телеграфировал Москве, что Бухара «усиленно готовится к борьбе, проводя мобилизацию и запасаясь оружием и снаряжением...». 30 марта он с членами Турккомиссии приехал в Старую Бухару для установления взаимоотношений с ханством. Играя на опасности новой войны, большевики подписали договор с Бухарой, по которому она обязалась наладить торговые взаимоотношения с РСФСР при обмене дипломатическими миссиями. Эмирские войска вдоль железной дороги заменялись советскими. Всем бухарцам вне родины разрешалось вернуться в Бухару вместе с их товарами. Одновременно ей вернули 6 пушек, захваченных еще в марте 1918 г. Характерно, что эти пушки «провозились по глухим улицам, чтобы жители не могли их видеть».

Создавшееся равновесие было, однако, слишком хрупким. Уже к маю начались стычки на границе: первая – 15 мая у кишлака Пазандак в районе Пайшамбе, вторая – в конце мая у кишлака Мусса-Кок, где бухарские посты напали на советский разъезд. Тогда же было замечено и прибытие афганского пополнения. 23 мая 1920 г. Фрунзе сообщал командующему ЗаволВО: «С Бухарой, имеющей вместе с прибывшими туда афганскими частями 35 тысяч вооруженных бойцов, мы со дня на день ожидаем столкновения... У бухарцев все подготовлено для разрушения железной дороги, и это требует немедленного принятия нами соответствующих мер». Продолжалось усиление армии. Между некоторыми частями в Бухаре, Кагане и других городах была установлена телефонная связь, в ряде мест были отрыты окопы.

Эмир долго колебался. По сведениям ЦК Бухарской компартии, для выработки решения о будущей войне 3-го, а потом повторно 5-го июня 1920 г. в ставке эмира было созвано совещание. Наиболее воинствующими лицами, стоявшими за выступление, являлись кази-калян, раис, афганский консул и сам эмир. Однако кушбеги Низамодин и кази-калян считали, что «сейчас не время открыть военные действия». В итоге эмир направил целых четыре посольства в с просьбой о военной помощи «в случае [каких-нибудь] непредвиденных осложнений»: в Кабул, Персию, Мешхед и Лондон. По тем же сведениям, 15 июня из Мешхеда вернулся посланец Сафар-бий вместе с 25 английскими военными инженерами; он передал эмиру заверения британцев в оказании военной помощи. Также они советовали эмиру направить в Москву делегацию «для заверения дружбы», но не заключать никаких договоров. Сведения про британских инструкторов весьма сомнительны, но действительно, Бухарой был послан в Ташкент представитель, а в Москву – чрезвычайное посольство.

Несмотря на дипломатические операции, в воздухе пахло войной. Бухара стала группировать в Самаркандском направлении войска во главе с Абдулкадыр-беком, который 8 июня получил назначение губернатора и «дополнительно 500 винтовок разного калибра». В столице спешно строились казармы, вокруг города и дворца эмира была усилена охрана. В июле 1920 г. был издан указ о запрещении ухода с военных заводов, откуда наблюдалось настоящее бегство. Участились и инциденты на границе. 6 июля на 85-й версте от Кагана был убит советский летчик, совершивший вынужденную посадку. В июле у Чарджуя был убит курьер Хивинской республики, следовавший в Москву. Тогда же бухарские войска заняли советское селение Аман-Кутан в 35 км от Самарканда и обстреляли высланную советскую кавразведку. Бухарский бек самовольно присоединил Курган-Тюбинскую и Кызылкумскую волости к эмирским владениям.

8 августа 1920 г. из Ферганы в Бухару прибыло 320 басмачей с целью побудить эмира ускорить выступление против Советской России в «защиту ислама». Усилился нажим на эмира со стороны наиболее воинствующих групп духовенства и феодалов. Под влиянием этой «партии войны» внутри своего двора эмир предъявил Туркестану ряд жестких условий. Фрунзе сообщал в Москву: «Бухара предъявляет России ряд невыполнимых требований, а именно: 1) вывести из пределов Бухары все наши войска; 2) передать охрану железной дороги бухарцам; 3) упразднить в русских поселках джигитов». Отмечались скопления англичан на Саранском направлении, что говорило о возможности их выступления на Мерв и Чарджуй. Была обнаружена группа афганских войск к югу от Кушки. Все это настораживало большевиков и подталкивало к развязыванию вооруженного конфликта.

Однако эмир мог опасаться не только внешней угрозы, но и внутренней. В 1918-1920 гг. Бухара переживала тяжелый кризис. Из-за отрыва от русского рынка в Бухаре разразился голод, почти пропала мануфактура. Посевная площадь хлопка сократилась на 75%, крупный скот сократился на 50%, мелкий – на 75%. Каракуль и шёлк был объявлен достоянием государства и отправлялся на экспорт. Милитаризация ханства требовала огромных расходов, налагаемых на декхан. К лету 1920 г. они составляли уже 70% годового дохода декханина. Изоляция от русских рынков, налоги, мобилизации – все это привело к тому, что само бухарское население стало восставать против существующих порядков. В 1918-1920 в ханстве прокатилась целая волна бунтов и беспорядков. Население Шаршаузского бекства послало к эмиру летом 1920 г. делегацию с протестом против войны. Тогда же ЦК БКП получил письмо бухарцев за 1500 подписями: «Война для нас вовсе не желательна, ибо мы не знаем другого врага, кроме эмира и его правительства». Волнения перекинулись и на армию – советские донесения регулярно сообщали о массовых арестах и казнях нелояльных сарбазов, причем репрессии широко шли и в столице. Летом 1920 г. недовольных солдат не решились даже вывести на учения. В августе 1920 г. один из отрядов угрозами добился освобождения из-под ареста своих 67 товарищей. Недовольством быстро воспользовались бухарские коммунисты, которых активно снабжал Советский Туркестан. В 1919 г. началось формирование красных бухарских частей, состоявших из беглых бухарцев – в основном сарбазов. Уже к весне 1919 г. число перебежчиков насчитывало сотни; в Кагане к лету 1920 г. перебегало по 15-20 чел. в день. Активно разлагалось и ополчение. К 24 августа 1920 г. в наиболее распропагандированном рабочими чарджуйском бекстве из армии в 20 тыс., находящейся в крепости, осталось не более 2 тыс.. Это позволило сформировать БКП даже партизанские отряды, которые активно действовали в Бухаре: убивали чиновников, следили за афганской границей. Коммунистами было сорганизовано: в Сакарском районе Чарджуй – туркменский полк в 520 сабель; в городе – батальон в 500 чел.; в Новой Бухаре – 300, Каттакургане – 200, Керках – 270, Термезе – 200. В Самарканде был сформирован 1-й Восточно-мусульманский полк в 3000 чел. В Ашхабаде были открыты курсы бухарского комсостава, на которых обучалось 400 человек.

Поэтому распространенное ныне мнение, что революция в Бухару была принесена «на советских штыках», нуждается в корректировке. Попытка «экспорта революции» в марте 1918 г. провалилась именно из-за активного сопротивления бухарского населения, которое в виде многотысячного ополчения сопротивлялось красногвардейцам и разбирало пути. В 1920 г. недовольство достигло таких пределов, что значительная часть населения уже почти не сопротивлялась или даже оказывало помощь наступавшим. Неслучайно из почти 9,5 тыс. войск, шедших на Бухару, 5 тыс. состояло из бухарцев. Даже восстание, поднятое младобухарцами 23 августа в Сакар-Базаре Чарджуйского бекства поначалу развивалось успешно и без русской помощи – 200 сарбазов, посланные на подавление, просто разбежались.

Эмир отлично понимал, что время дало ему короткую отсрочку, которую он во многом использовал. Однако политика «милитаризации» ханства, не подкрепленная должной иностранной помощью, подточила стабильность в самом ханстве, что сыграло роковую роль. Разбив бекские группировки, красные войска 2 сентября после трех дней ожесточенных боев заняли столицу. Эмир, сопровождаемый конвоем, афганским отрядом и слугами, сбежал в горные районы Восточной Бухары. Однако его ополчение, насчитывавшее от 35 до 50 тыс. чел., было полностью разбито к марту 1921 г.