Русская эскадра еще долго находилась в Средиземном море. Преодолевая сопротивление французских войск и интриги австрийского, английского и неаполитанского королевских дворов, Ушаков выполнил приказ Павла I, русские корабли и десантные отряды разбили неприятеля, восстановили на престоле неаполитанского короля. Действия флота и десантных войск сковали крупные силы французов и тем оказали помощь и поддержку стремительно наступавшему с севера Суворову. Создавалась возможность в короткий срок разбить французские войска, очистить от них Италию и начать наступление на Париж. Как и при Корфу, им всюду сопутствовала боевая удача. Всюду на поле боя, но не в сфере политических интриг.

Союзники полагали, что они теперь добьются полной победы сами, и стремились избавиться от русских кораблей и русских войск.

В конце концов и Павлу I и его министрам стала ясной двуличная политика австрийского и английского правительств. Предав Суворова, они хотели предать и Ушакова, с тем чтобы лишить Россию флота и устранить ее влияние на Балканах и в Средиземном море.

21 декабря 1799 года адмирал Ушаков, находясь в Мессине, получил высочайший указ вернуться со всеми кораблями и войсками в Черное море. Но еще долгих 10 месяцев, преодолевая штормы и интриги, добирался Ушаков с русской эскадрой до родного Севастополя-Ахтиара. Он испытывал горечь оттого, что добрые семена, оставленные им на Ионических островах, стремились не без успеха растоптать люди, называющие себя первым сословием, и что эти их стремления поддерживает не только султан Селим, но и император российский.

Целый год затем заняло составление отчета об экспедиции. К этому времени ушел из Черноморского флота с повышением в Петербург Мордвинов. На его место Павел I назначил такого же царедворца и бездарного моряка фон Дезина. Ничто не менялось к. лучшему, наоборот, становилось все хуже и хуже.

Вскоре после того как Мордвинов стал морским министром, служба для Ушакова стала невыносимой. В 1802 году новый император Александр I перевел Ушакова на Балтику главным командиром гребного флота, а через два года стараниями Мордвинова его фактически отстранили от дел флота, назначив начальником флотских команд в Петербурге.

Ушаков еще два года маялся на этом посту, не имея возможности влиять на судьбу флота, приходящего во все больший и больший упадок. Наконец, не выдержав засилья иноземцев, интриг Мордвинова и всей бессмыслицы дальнейшей службы, он подает рапорт об отставке и получает ее. В 1807 году адмирал Ушаков увольняется от службы с мундиром и с пенсией в полный оклад содержания.

Тихая жизнь в отставке от любимого дела перемежалась только редкими визитами старых друзей да вестями, приходившими с газетных страниц.

Адмирал Федор Федорович Ушаков, кавалер орденов Владимира 4, 3 и 2-й степеней, Георгия Победоносца 4 и 2-го класса, Александра Невского с бриллиантовыми знаками к нему, Командорского креста Иоанна Иерусалимского и ордена Святого Януария; пожалованный за Средиземноморский поход турецким султаном Селимом III двумя алмазными челенгами на шляпу, двумя золотыми табакерками с бриллиантами и алмазами, собольею шубой и пятью медными пушками; награжденный Сенатом Республики семи островов мечом, украшенным алмазами, Сенатом островов Занте, Цериго, Кефалония и Св. Мавра — мечом и щитом с благодарственной надписью, золотыми медалями, также с надписями в его честь, скончался в своей наследственной деревеньке Алексеевне, Темниковского уезда, Тамбовской губернии 2 октября 1817 года.

Судьба его друзей и соратников до конца дней была связана с русским флотом. Адмирал Сенявин продолжил дело Ушакова в третьем походе русского флота в Средиземное море в 1805–1807 годах. Егор Метакса дослужился до чина капитана 2-го ранга и до 1814 года служил на Черноморском флоте. Захар Веков проделал с адмиралом Сенявиным третий Средиземноморский поход и оказал большую помощь ему своими знаниями театра и старыми связями. Он умер после пленения русского флота англичанами в Портсмуте, разделив судьбу многих русских моряков, умерших, как тогда писали, «от неизвестной болезни», а на самом деле — от голода.

Воспитанник Захара Акоп принял фамилию Извеков и по просьбе Ушакова был зачислен в Кадетский корпус чужестранных единоверцев. Окончил его по первому разряду и служил на флоте. В 1825 году за сочувствие декабристам был разжалован и сослан, след его затерялся где-то в Сибири. Счастливее оказался бывший адъютант Ушакова Петр Балабин. Он один из всех героев этой повести женился, был счастлив в детях и внуках. С флотом он расстался вскоре после возвращения в Севастополь.

Слава Ушакова и его соратников по достоинству оценена только в советское время. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 3 марта 1944 года были учреждены орден Ушакова двух степеней и медаль его имени, которыми награждаются офицеры и матросы советского Военно-Морского Флота за подвиги во славу своей Отчизны.