С одной стороны города Москва, Санкт-Петербург и Севастополь являются городскими поселениями, где могло бы быть организовано местное самоуправление по типу городского округа, а с другой стороны они являются субъектами РФ, где осуществляется государственное управление. Но, как известно, местное самоуправление не входит в систему государственной власти. Поэтому города федерального значения не могут быть одновременно субъектами муниципального и государственного управления. В этой связи закон РФ «Об общих принципах и организации местного самоуправления в Российской Федерации» (ст. 79) предусматривает «Особенности организации местного самоуправления в субъектах Российской Федерации – городах федерального значения».

Местное самоуправление на внутригородских территориях этих городов осуществляется исходя из необходимости сохранения единства городского хозяйства, и местная администрация в этих муниципальных образованиях может не создаваться (основные принципы такого подхода, смотреть приложение 6). Это логично, так как нельзя поделить водопровод, энерго-, газоснабжение и др. между районами или разделить транспортные и иные инженерные коммуникации. С другой стороны администрации создаваемых муниципальных организаций таких районов, будет дублировать действия городских структур, которые занимаются одними и теми вопросами (например, уборка улиц и дорог и т. п.).

В г. Москве местное самоуправление осуществляется в соответствии с законом г. Москвы «Об организации местного самоуправления в городе Москве».

В настоящее время в Москве 146 муниципальных образований среди них: муниципальные округа на территориях районов (125); сельские поселения, на присоединенных территориях к Москве (16); городские поселения (Киевский, Кокошкино, Московский) и городские округа (Троицк, Щербинка).

В г. Санкт-Петербурге местное самоуправление осуществляется в соответствии с законом города «Об организации местного самоуправления в Санкт-Петербурге» и составляет 111 внутригородских муниципальных образований из них: 81 муниципальный округ, 9 городов и 21 поселок.

В г. Севастополе также принят закон «О местном самоуправлении в городе Севастополе», где образованы 10 муниципальных округов, в том числе один городского типа – город Инкерман.

Депутаты муниципальных образований на внутригородских территориях городов федерального значения избираются жителями и наделяются особыми полномочиями. Они влияют на развитие и состояние своего округа и контролируют администрацию по самым различным вопросам градостроительства, благоустройства, общественного порядка, по социальным вопросам и многим другим, согласовывают и утверждают программы и бюджеты.