Проблемы пресноводных озер во многом похожи на те, которые характерны для внутренних морей.

Озеро Байкал – уникальный водоем мира. Самый крупный водоем по объему заключенной в нем пресной воды. Вода в Байкале исключительно чистая. Из обитающих в нем 2500 видов животных и растений больше 50 % живут только в этом водоеме.

Экосистеме Байкала свойственна высокая чувствительность к различного рода воздействиям. Причинами этого являются бедность вод питательными веществами, низкие температуры и чувствительность многих организмов к изменениям среды. Наибольшая тревога ученых за судьбу озера связана с работой Байкальского целлюлозно-бумажного комбината. С начала его эксплуатации происходит интенсивное загрязнение вод Байкала. Уничтожение лесов в водосборном бассейне вызвало нарушение гидрологического режима разрушение почв. Часть озера, примыкающая к комбинату, имеет загрязнение, превышающее допустимые нормы (ПДК).

Ладожское и Онежское озера – крупный резервуар пресной воды. Объем его около 900 км3, а по площади озеро больше территории Великобритании. В Ладожском и Онежском озерах вместе взятых содержится столько пресной воды, сколько во всех реках европейской части страны. Но состояние Ладожского озера оценивается как кризисное. Значительный вред озеру причинил Приозерский целлюлозно-бумажный комбинат. В озеро попадают бытовые и промышленные стоки, отмечается повышенное содержание фосфора, сероводорода, нитратов.

Озеро Эри входит в систему Великих озер США (площадь 52,7 тыс. км2, глубина до 64 м). Это озеро – один из примеров разрушения крупной экосистемы результатами человеческой деятельности. В XVII в. берега озера были заняты лесами, прериями и заболоченными территориями. К середине второй половины XIX в. на месте их разместились сельскохозяйственные угодья.

Большие размеры озера символизировали незыблемость природы. Вследствие этого людьми не принималось никаких мер по ограничению воздействий на водоем и на его водосбор. Кроме сельскохозяйственных угодий, вокруг озера разместились промышленные предприятия, рыбопромысловые хозяйства, крупные города. К 1970-м г. количество растворенных в воде веществ возросло до 183 мг/л, а содержание азота и фосфора утроилось. Резко возросло количество водорослей (в 15—20 раз). Уменьшилось в целом разнообразие рыб. Исчезли наиболее ценные их них. В результате загрязнений озеро очень интенсивно стало превращаться в смрадный отстойник. Биологический баланс озера Эри нарушен.