В начале декабря 1717 года царевич со своими провожатыми поздно ночью прибыл в Вену, а на другой день ранним утром поехал далее и направился в Брюн, тогда как в своем последнем благодарственном письме из Неаполя он извещал цесаря, что благодарность свою за покровительство лично принесет ему в Вене. Карл VI и его советники, узнав о сем поспешном, таинственном проезде, естественно, догадались, что это проделка Толстого, который боялся, как бы свидание с императором и разговоры с разными лицами не поколебали решимости царевича воротиться к отцу. Тотчас в Брюн к моравскому генерал-губернатору графу Колоредо был отправлен курьер с императорским приказом задержать царевича под благовидным предлогом, постараться видеть его наедине и спросить от имени цесаря, действительно ли он возвращается добровольно, без принуждения и без страха за свою участь, в противном случае вновь предложить ему покровительство и пребывание в цесарских владениях. Но Толстой под разными предлогами не допустил графа Колоредо к свиданию с царевичем, убедил также сего последнего отказать в этом свидании и спешил выехать из Брюна. А так как граф заявил, что не отпустит их до получения нового приказа из Вены, Толстой протестовал против задержки и написал в Вену Веселовскому, чтобы тот хлопотал о разрешении пропуска. Карл, получив донесение Колоредо, отдал его на обсуждение своим министрам. В их совете явно преобладало желание избавиться от царевича, от которого нельзя ожидать никакой пользы (для Австрии), но для соблюдения императорского достоинства, по их мнению, граф Колоредо должен видеть царевича и сказать ему приветствие. Так и было поступлено. Согласно полученному приказу, граф потребовал личного свидания с царевичем. Толстой грубо в этом отказывал, и только угрозою войти силою в помещение он допустил свидание, но отнюдь не наедине, а в присутствии своем, капитана Румянцева и еще какого-то немца из их свиты. Колоредо мог только обмениваться несколькими любезностями от имени цесаря. Затем путешественники поспешно уехали из Брюна. Карл VI послал Петру I жалобу на грубость Толстого, а впоследствии получил от царя ответ, что Толстой нисколько не виноват, ибо склонял царевича к свиданию, но будто сей последний сам тому противился. Вот до какой степени неправды во всем этом деле доходил тогда великий Преобразователь России.

Меж тем Алексей Петрович все время обратного пути главную свою заботу обращал на страстно любимую им Евфросинью, и они взаимно обменивались самыми нежными письмами. В Венеции ее свита увеличилась: здесь поджидали ее три известные нам служителя, которые остались в Эренберге. Алексей пишет, что зело тому рад, понеже ей теперь не скучно одной, да и кушанья ей по вкусу может изготовить Яков (Носов), который, по-видимому, был и поваром.

Успокоенный клятвенными отцовскими обещаниями помилования и поданною ему надеждою на брак с своею возлюбленной, царевич уже обращается к ней как к будущей жене и матери своего ребенка, имеющего скоро появиться на свет. Поэтому по приезде в Россию первым его делом было послать женщин для прислуги, а повивальную бабку отправил к ней из Данцига в Берлин, где Евфросинья остановилась для отдыха. Алексей Петрович сообщал ей свои мечты об их будущем семейном счастье где-либо вдали от двора, в сельском уединении. А в это время близкие ему люди и его приверженцы с горестью встретили весть об его возвращении и поверяли друг другу опасения великих бед как для него, так и для них самих.

В первых числах января 1718 года царевич достиг пределов новозавоеванной Петром Лифляндии. Теперь жертва уже не могла ускользнуть из рук своих палачей, а потому Толстой в Риге покинул царевича и поскакал вперед к государю с подробными донесениями. Алексей чрез Новгород и Тверь в последний день января прибыл в Москву, где тогда находились царь и царица. Тут произошла полная перемена декораций. Спустя два дня царевича без шпаги, как арестанта, привели в аудиенц-залу кремлевского дворца, охраняемого несколькими батальонами гвардии с заряженными ружьями. Сам царь, окруженный высшими духовными и гражданскими лицами, обратился к Алексею с суровым словом, упрекая его в дурном поведении и преступном бегстве. Тот упал на колени и слезно просил прощения. Царь, забыв о своем прощении, уже данном и скрепленном клятвою, вновь обещал его, но теперь под условием отказа от престолонаследия и выдачи всех своих сообщников в совершении бегства. Несчастный, как зверек, затравленный и пойманный в ловушку, потерял всякое самообладание и машинально исполнял все, что от него требовали. Он назвал имена сообщников и подписал клятвенное отречение от наследия престола в пользу маленького брата своего — сына Екатерины, царевича Петра Петровича. В тот же день 9 февраля издан был обширный царский манифест. Здесь излагались вины и пороки Алексея, в которых он закоренел, несмотря на все (якобы) старания дать ему хорошее воспитание, приличное наследнику престола; вступив в брак с дочерью владетельного герцога, он не только жил с нею «в крайнем несогласии», но еще при ее жизни начал явную связь с «бездельною и работною девкой». Далее говорилось о напрасных родительских увещаниях и трудах исправить сына и «обратить его на путь добродетели». Манифест особенно останавливается на преступном бегстве царевича к цесарю, которого он всячески возбуждал против своего отца и едва не довел их до войны.

Хотя за такие свои преступления царевич «достоин был лишения живота», однако царь «его прощает и от всякого наказания освобождает» (?), но «для пользы государственной» и ради сохранения как завоеванных «провинций», так и всего совершенного «неусыпными трудами нашими» государь лишает сына своего Алексея наследства престола, а «наследником определяет другого сына, Петра», и те, которые «будут считать Алексея за наследника», объявляются изменниками отечеству и государю.

Несмотря на вторичное письменно объявленное прощение, вслед за тем и начался жестокий судный розыск над Алексеем и его сторонниками. Ему были предложены вопросные пункты касательно его бегства и пособников. Царевич на эти пункты написал довольно подробный рассказ с указанием на роль главного пособника, т. е. Александра Кикина, потом на Никифо-ра Вяземского, на московского своего духовника протопопа Якова Игнатьева и петербургского протопопа Георгия, камердинера своего Ивана Большого Афанасьева, Семена Нарышкина, Федора Дубровского; упомянул о сношениях своих с князьями Василием Владимировичем Долгоруким, Федором Матвеевичем Апраксиным, сибирским царевичем и некоторыми другими лицами.

В разные места поскакали курьеры, хватали большую часть оговоренных лиц и везли их в Москву на розыск, т. е. на пытки. В застенках Преображенского тайного приказа засвистали кнуты, неумолчно раздавались удары по голым спинам вздернутых на дыбу и вымучивались всевозможные относящиеся к бегству царевича показания, которые дьяки тут же записывали. Иногда, кроме того, подсудимые писали еще собственноручные признания. Более всех мучили Александра Кикина, его принимались пытать несколько раз, причем добивались сознания не только в делах, но и в речах или беседах, отдельных фразах и даже в самых мыслях. Затем суд, наряженный из высших чинов, приговорил Кикина к смертной казни (колесованию) с отобранием всего его имущества на государя. Такому же розыску, а впоследствии и смертному приговору подвергся камердинер царевича Иван Большой Афанасьев, тому же подвергся оговоренный Афанасьевым дьяк Федор Воронов, который повторял слова князя Василия Долгорукова, сказанные при возвращении Алексея: «Едет сюда дурак царевич для того, что отец ему посулил жениться на Афросинье; желвь ему — не женитьба будет». Служители царевича Иван Меньшой Афанасьев (брат предыдущего), Федор Еверлаков и некоторые другие подсудимые после пыток биты кнутом и сосланы в Сибирь. Учитель царевича Никифор Вяземский был пытан и потом сослан в Архангельск. Пытаные оговаривали еще разных лиц, которых хватали и подвергали расспросу. И все за разговоры или словесные отзывы о деле царевича. Однако знатным лицам оказывалось большее или меньшее снисхождение. Так, генерал-лейтенант князь Василий Долгорукий был привезен в Москву в кандалах и подвергнут допросу, хотя и без пытки, но за него вступился его родственник, столь известный князь Яков Федорович Долгорукий и написал царю челобитную о милосердии; сам князь Василий подал повинную грамоту. Наказание его ограничилось ссылкой в Соликамск (из которой впоследствии был возвращен).

Царевна Марья Алексеевна также была подвергнута допросу, конечно, без пытки. Но так как открылись ее тайные сношения с инокиней Еленою (Евдокией Федоровной из рода Лопухиных), то за бывшею царицей в суздальский Покровский монастырь поскакал Преображенский капитан Скорняков-Писарев. Войдя неожиданно в ее келью, он застал ее не в монашеском, а в мирском платье, перерыл ее сундуки и нашел несколько подозрительных бумаг, а на жертвеннике в Благовещенской церкви — писаную ектенью, которая поминала о здравии «благочестивейшую великую государыню Евдокию Федоровну». Привлечение к суду Евдокии-Елены широко распространило и усложнило судный процесс, ибо повело за собою арест многих связанных с нею лиц, каковы брат ее Авраам Лопухин, князь Семен Щербатый, суздальский протопоп Андрей Пустынный, ключарь Федор Пустынный, старица-казначея Маремьяна, старица Каптелина и т. д. Из показаний стариц Маремьяны и Каптелины открылась любовная связь Евдокии Федоровны с генералом Степаном Богдановичем Глебовым, с которым она познакомилась во время его приезда в Суздаль для рекрутского набора. Разумеется, Глебов был немедля схвачен. Он сознался в означенной любовной связи и в получении от нее писем, писанных старицей Каптелиной. Сознание, однако, не спасло его от пыток, посредством которых тщетно вымучивались показания о прикосновенности его и бывшей царицы к бегству царевича. Из розыска, между прочим, открылись дружба и сношения Евдокии и Глебова с епископом ростовским Досифеем, прежде бывшим архимандритом Спасского Евфимьева монастыря. Оказалось, что именно он поощрил Евдокию снять монашеское платье, покровительствовал ее связи с Глебовым, поминал ее царицею и пророчествовал, что государь опять возьмет ее к себе. Арестованный Досифей был соборне лишен архиерейского сана и назван просто расстригою Демидом, а затем подвергнут розыску и неоднократным пыткам. Одновременно с ним таким же пыткам подвергли и брата Евдокии Авраама Лопухина. Пытали также и князя Семена Щербатого. Не перечисляем разных второстепенных лиц, привлеченных к розыску по так называемому Суздальскому делу, т. е. за сношение с бывшей царицей или услуги, ей оказанные. В средине марта 1718 года последовал по сему делу приговор: Степан Глебов был посажен на кол, бывший епископ Досифей колесован, ключарь Федор Пустынный и певчий царевны Марии Федор Журавский также казнены смертью. На кремлевской площади поставили каменный четырехугольный столб, на котором положили трупы казненных, и головы их воткнули на железные шпицы, утвержденные по сторонам столба. Авраам Лопухин, подобно Ивану Афанасьеву, пока не казнен и отослан в Петербург для продолжения розыска. Остальные биты кнутом и сосланы, причем некоторые, как князь Семен Щербатов, с урезанием языка и вырыванием ноздрей. В числе осужденных женщин были княгиня Настасья Голицына, которую наказали батогами и сослали на прядильный двор, и княгиня Настасья Троекурова (сестра Авраама Лопухина), которая «по жестоком наказании» (бита кнутом) сослана в дальний монастырь. Сама бывшая царица Евдокия-Елена Федоровна отправлена в заточение в Ладожский девичий монастырь, а царевна Мария Алексеевна — в Шлиссельбург (в следующем году возвращена в Петербург, где скончалась в 1723 году).

Во второй половине марта Петр с двором и царевичем переехал из Москвы в Петербург и там продолжал розыск по делу Алексея Петровича, который был совершенно подавлен этим розыском и думал утопить горе в вине. В апреле воротилась Евфросинья с братом Иваном и служителями царевича. Последний в день Святой Пасхи на коленях умолял Екатерину исходатайствовать ему брак с возлюбленной, но тщетно. Очевидно, несчастный все еще надеялся на отцовское помилование. Служители его немедля подверглись пыткам и расспросам. Вместе с другими арестованными лицами посаженная в Петропавловскую крепость, Евфросинья разрешилась от бремени. Тогда ее также привлекли к розыску, но без пыток, во-первых, ей были обязаны возвращением царевича, а во-вторых, она почти ни в чем не запиралась и давала на все откровенные показания, нисколько не жалея своего обожателя.

Допросы касались главным образом бегства, заграничного пребывания и письменных сношений его как с иноземными покровителями, так и со своими сторонниками в России. Евфросинья передала даже интимные разговоры, которые царевич иногда вел с нею об отце, о своих сторонниках, о своих намерениях и надеждах. Например, он выражал намерение, когда станет государем, то будет жить зиму в Москве, а лето — в Ярославле, Петербург же оставит простым городом, также и корабли держать не будет, а войско только для обороны, ибо войны ни с кем не хотел и т. п. По поводу воли Петра учинить наследником сына-младенца говорил: «Надеется отец мой, что жена его, а моя мачеха умна, а когда, учиня сие, умрет, то будет бабье царство! И добра не будет, а будет смятение: иные станут за брата, иные за меня». Показания Евфросиньи повели за собою новые, большею частью письменные допросные пункты самому Алексею: в отписках своих он отчасти сознавался, отчасти запирался.

Домогательства врагов царевича добыть уничтожающие его показания, таким образом, увенчались успехом. На их основании установлено было, что он не искренно отказывался от престолонаследия, а в действительности очень желал наследовать и не прочь был искать для того иноземной помощи, например цесарской; рассчитывал и на внутреннюю смуту, т. е. на массу недовольных петровскими жестокостями и преобразованиями, особенно на духовенство и даже на армию, и хотя никакого злодеяния не замышлял против отца, но ожидал скорой его смерти на основании разных соображений, например частых недомоганий, видений и прорицаний.

Великий Преобразователь с свойственной ему плодовитостью в мае и июне сочинил по сему поводу несколько обращений к народу, к духовным и гражданским чинам. Главный смысл сих обращений заключался в том, что хотя он и обещал царевичу прощение, но будто бы под условием чистосердечного и полного во всем признания и раскаяния, а так как Алексей не исполнил сего условия, то прощение ему не в прощение. 14 июня он был взят под караул и посажен в Петропавловскую крепость, в Трубецкой раскат, где устроен был и пыточный застенок. Призванные дать свое мнение архиереи и другие духовные лица с митрополитом Стефаном Яворским во главе на сей раз дали достойный духовенства ответ в таком смысле: если государь захочет наказать сына, то найдет соответствующие тому примеры в Ветхом Завете, а если соблаговолит помиловать, то имеет тому образец в самом Христе, который сказал: «Милости хощу, а не жертвы». Чины гражданские и военные прежде, нежели дать ответ, решили непосредственно допросить в сенате как самого царевича, так и других подсудимых, т. е. Авраама Лопухина, Федора Дубровского, Никифора Вяземского, князя Василия Долгорукого и протопопа Якова Игнатьева. Лопухин, Дубровский, Игнатьев допрашивались под жестокими пытками. Ничего нового от них не узнали, повторялись все те же слухи и разговоры.

Кажется, розысками, московским и петербургским, пыточный материал для обвинений был уже собран в достаточном количестве. Но врагам Алексея Петровича этого было мало, ни его пострижение в монахи, ни его заключение их не удовлетворяли: им нужно было извести его, чтобы впоследствии он никоим образом не мог явиться претендентом на престол. И они решили извести его простым способом: пытками. Хотя царевич в конце концов сознался почти во всех возводимых на него обвинениях, тем не менее по приказу царя 19 июня 1718 года его привели в застенок и стали спрашивать: правду ли он показал на многих людей, т. е., собственно, на сказанные тем или другим слова, не поклепал ли кого? Например, правда ли, что «царевна Марья ведала о его побеге и говорила, что в (народе) осуждают отца, будто он мясо ест в посты и мать (Алексея) оставил». Или: правда ли, что князь Василий Долгорукий говорил: «Давай-де отцу писем хоть тысячу, когда-де что будет». Или: правда ли, что на исповеди он сказал своему духовнику Якову Игнатьеву, что желает отцу смерти, а тот ответил: «Бог тебя простит; мы-де и все желаем ему смерти». И такие «правда ли» повторяются почти о всех оговоренных лицах. Несчастного царевича вздернули на дыбу и отсчитали ему 25 ударов, чтобы получить от него подтверждение всех его показаний. Не довольствуясь тем, Петр спустя три дня посылает в крепость Толстого допросить царевича, по какой причине он не слушался отца и не боялся за то наказания, а наследия престола добивался «не послушанием, но иною дорогою». Как ни странны были подобные вопросы после стольких розысков и пыток, Алексей Петрович пишет на них ответы со ссылками на дурное влияние попов и чернецов, на свое злонравие и на свою преступную надежду получить вооруженную помощь от цесаря. Очевидно, если записи показаний верны действительности, царевич с отчаяния или по принуждению сам писал на себя все, что от него требовали его враги, только бы его более не мучили. Тщетная надежда. 24 июня его опять повели в застенок и дали 15 ударов, снова поставили вопросы: «Все ли написал правду, не поклепал ли кого, не утаил ли чего?»

Меж тем Петр назначил для него Верховный суд из 127 человек. Сюда вошли знатнейшие чины, начиная с князя Меншикова, генерал-адмирала графа Апраксина, канцлера графа Головкина, кончая капитанами и поручиками, из коих некоторые были совсем неграмотные. Верховный суд 24 июня единогласно приговорил царевича к смертной казни, что согласовалось, конечно, с волею самого царя.

Казалось бы, Петру оставалось или всем заведомо исполнить смертный приговор, или смягчить наказание, или совсем помиловать. Но он не сделал ни того, ни другого, ни третьего. Спустя два дня после приговора, а именно 26 июня в 7-м часу пополудни, царевич скончался. Таково было официальное известие. Но как и почему скончался, о том строго сохранялась непроницаемая тайна. А вследствие тайны было дано широкое поле для всякого рода слухов и догадок. Поэтому и явилось такое разнообразие в известиях современников и ближайшего потомства о смерти царевича. Так, ганноверский резидент Вебер в своем известном труде (Das Veranderte Russland) дает сентиментальный рассказ о том, что объявление смертного приговора вызвало у царевича апоплексический удар, что царь посетил умирающего сына, снисходя к его мольбам, дал ему прощение и благословил и ушел, заливаясь слезами. Австрийский резидент Плейер доносил своему начальнику, что царевичу отрубили голову мечом или топором. Голландский резидент Яков де Би доносил своему правительству, что Алексей Петрович умер от растворения жил. Английские записки Генриха Брюса сообщают, что ему поднесен был напиток с ядом. Сомнительное письмо Александра Румянцева к Д.Н.Титову повествует, как он, Румянцев, вместе с Бутурлиным, Толстым и Ушаковым задушили подушкою царевича по приказу царя. Наконец, в одном французском издании XVIII столетия приведено известие, будто сам царь топором отрубил голову сыну. Все приведенные сейчас известия о смерти Алексея более или менее недостоверны. Настоящий свет на эту трагическую кончину проливает «Записная книга С.-Петербургской гарнизонной канцелярии». Она лаконически отмечает, что 26 июня в 8-м часу пополуночи в крепости собрались сам царь, князь Меншиков, князь Долгорукий, Головин, Апраксин, Мусин-Пушкин, Стрешнев, Толстой, Шафиров и Бутурлин. «И учинен был застенок». В 11 часов власти разъехались, а в 6-м часу пополудни царевич Алексей Петрович преставился. В полном согласии с сим известием находятся «Поденныя записки делам князя Меншикова», которые говорят о том, как этот день провел светлейший, однако без упоминания о застенке. Во всяком случае более чем вероятно: царевич подвергся третьему пыточному розыску, и на сей раз смертельному. Чего еще, каких признаний от него могли добиваться его судьи и палачи, хотя и придумали новые вопросные пункты по поводу его выписок из Барония? Конечно, добивались уже не признания, а самой смерти. Только эта смерть могла упрочить наследие престола за маленьким сыном Екатерины и успокоить опасения за свою будущую судьбу как Екатерины, так и Меншикова. Тогда как первая показывала вид печали, последний даже не скрывал своего удовольствия после кончины царевича. Сам Петр по наружности оставался равнодушным, а на следующий день, 27 июня, день Полтавской победы праздновал дневным пиром и вечерними увеселениями. Тело царевича 28-го числа вынесли из крепости в ближний деревянный Троицкий собор. А 29-го Петр праздновал свои именины спуском нового корабля и пиром до поздней ночи. 30-го наконец торжественно похоронили Алексея в крепостном Петропавловском соборе рядом с его супругой Шарлоттой.

Розыск, т. е. допросы и пытки, и после смерти царевича продолжался с неослабной энергией и закончился только в декабре. Одни из подсудимых (Авраам Лопухин, Яков Игнатьев, Иван Афанасьев, Дубровский) были казнены, и отрубленные головы их воткнуты на железных спицах вокруг каменного столба. Другие биты кнутом с урезанием языка и рванием ноздрей. Евфросинья за ее предательство получила свободу вместе с частью Алексеева имущества, удостоилась милостей и, если верить одному известию, вышла замуж за офицера, служившего в том же Петропавловском гарнизоне.