Родился в семье отставного полковника в имении отца в Волынской губернии. По линии отца его родословная идет от декабриста Анненкова Ивана Александровича, кавалергардского поручика, члена петербургской ячейки тайного общества декабристов, известного своей романтической женитьбой на дочери французского эмигранта Полине Гебль, которая получила разрешение выйти замуж за ссыльнокаторжного, обвенчавшись с ним в Чите 4 апреля 1828 года.

Восьми лет был отдан в кадетский корпус в городе Одессе, который окончил в 1906 г., затем по вакансии поступил в Военное Александровское училище в Москве, где пробыл два года и был произведен в офицеры, в чин хорунжего. С началом первой мировой войны Анненков прибыл в 4-й Сибирский полк и возглавил партизанский отряд, сформированный из добровольцев для лихих налетов на тылы немецкой армии.

После Октябрьской революции распоряжением армейского Совета отряду Анненкова было предписано отправиться в Омск на расформирование. Анненков нарушил приказ и прибыл туда в боевой готовности и, не подчинившись Омскому Сове ту, ушёл со своими людьми из города. С тех пор «партизанский отряд» стал вооруженной силой контрреволюции.

Передвигаясь с места на место, Анненков вел войну с народом: уничтожал революционные учреждения в городах и селах, казнил, грабил население. В отряд Анненкова вступали все недовольные Советской властью, а главари казахской «Алаш-Орды» формировали для него казахские полки. Численность отряда Анненкова достигала нескольких тысяч человек, он стал именовать его «партизанским отрядом имени Анненкова». Партизаны в обращении друг к другу употребляли слово «брат», на приветствие отвечали: «Привет!». Отряд имел свой боевой значок с девизом «С нами Бог!» и эмблему — череп с двумя перекрещивающимися костями. Но Анненков упредил Гитлера не только в этом. Анненковцы и в жестокости ни в чем не уступали фашистам.

Полем действия «партизанской дивизии» стали Омская и Семипалатинская губернии и Семиреченский край. С приходом к власти Колчака Анненков командовал бригадой в его войсках, от него же получил звание генерал-майор.

Двигаясь по Семиречью, анненковские «партизаны» творили кровавые экзекуции. Сжигали деревни и села, а крестьян и членов Советов привязывали к хвостам лошадей и пускали их во весь опор, вырывали живым глаза, языки, снимали полосы кожи на спине, живых закапывали в землю. В городе Славгороде было убито 500 человек, а 87 делегатов крестьянского съезда изрубили на площади против народного дома и тут же закопали. В селе Черкасское уничтожили 2 тысячи человек, в селе Колпаковка — более 700 человек, в поселке Подгорном — 200 человек. Деревня Антоновка была стерта с лица земли, в селе Кара-Булак уничтожены все мужчины и т. д. В селе Знаменка, что в 45 верстах от Семипалатинска, вырезано почти все население, здесь у женщин отрезали груди. Сожжены села Болгарское, Константиновна, Некрасовка. По словам свидетеля Турчинова, трупы не зарывались, и собаки до такой степени откармливались и привыкли к человеческому мясу, что, зверея, бросались на живых людей.

«Борис Анненков, — свидетельствует Николай Ромадоновский, который около двух лет находился непосредственно при Анненкове, — среднего роста, средних лет, лицом походил на калмыка. Физически развит, мог заставить играть каждый свой мускул, был преподавателем фехтования в военной школе. В германскую войну командовал партизанским отрядом, по рассказам казаков, немцы боялись его дерзких набегов по их тылам. Обладал большой силой воли, мог гипнотизировать. При подборе людей в свой личный конвой долго всматривался в глаза, после чего говорил: этого можно взять, а того — нет. Кстати, выбранные таким образом в конвой из числа захваченных в плен красноармейцев, попавшие под влияние Анненкова, становились похлеще и вернее его партизан. Не любил курить, но на важных заседаниях дымил сигаретой. Шоферам, от которых пахло самогоном или спиртом, керосином, говорил; „Как вы пьете эту гадость, приходите ко мне, я угощу вас коньяком, чистым спиртом“. Не любил офицеров, которые часто пили. Пренебрежительно отзывался о женщинах, но в Семипалатинске, по рассказам казаков, изнасиловал гимназистку, в деревне Казаткулово ходил к учительнице. Женам офицеров разрешал жить только на известном удалении от нахождения частей.

Атаман не любил священников, тем не менее, при встречах с ними в деревнях никогда не говорил: „Отец священник“, а приветствовал: „Здравствуйте, батюшка“. Нравилось, когда в церквах произносилось: „Многие лета боярину Борису“. Недолюбливал генералов, называл их старым хламом. Требовал опрятного вида от партизан, оборванных посылал к каптенармусу с устным приказом выдать обмундирование, после чего во всем новом надлежало явиться к нему лично. Партизанам-казакам не давал выговоров, внушения делал намеками, всякий раз приводил какую-нибудь историю: „… был у меня знакомый юнкер“. Далее следовало нечто похожее на совершенный нерадивым подчиненным проступок.

Любил посещать солдатские вечеринки, где сам плясал и учил этому казаков, подтягивал песни, но сам голосом не обладал. Страстью была езда на автомобиле, сам накачивал воздух в камеры, надевал бандажи. Нравилось пугать киргизов, лошадей глушителем газа, у него часто получался эффект выстрела. Веселился, если удалось задавить собаку, кошку, курицу, очень хотелось задавить какого-нибудь киргизенка. Имел личного повара. Помощником повара был взятый под Черкасском арап-негр, который знал французский, немецкий, английский и мусульманский языки. Анненков постоянно подсмеивался над негром; почему он всегда такой „грязный“. При всякой поездке на автомобиле повар обязан был снабжать Анненкова провизией, яблоками, сладостями. Держал капельдинера Юзефа, который приносил кофе, чай, обед, одежду. В гардеробе атамана находились: костюм, три пары сапог с высокими каблуками и медными подковами, белье, шоколад, сигареты, ром, коньяк, меховая шуба, серебряный кинжал, японский карабин, серебряная пуговица с гербами, сделанная в оружейной мастерской. Все это по первому требованию немедленно доставлялось на место посыльным. При себе атаман держал ручную волчиху Динку-Анку, лисицу, медведя, который однажды залез на крышу дома, зацепился за что-то, повис на кольце и задушился. Бедный денщик, боясь наказания разгневанного атамана, чуть не застрелился из-за того медведя.

Личный парикмахер по прозвищу Бомба брил и стриг под челку, завивал чуб атамана. В личном окружении Анненкова было несколько немцев и австрийцев из числа военнопленных. При нем состоял личный конюх по уходу за выездными лошадьми. Во время работы атаман в своей комнате заставлял оркестр играть военную музыку, по вечерам давать симфонические концерты, на которые приглашались офицеры. Существовал специальный хор Атаманского полка. Казаки этого полка носили брюки с генеральскими лампасами, обязаны были иметь чубы и стрижку под челку. Погоны у них были с вензелями „А“, на кокардах был череп смерти. На всех знаменах имелись надписи „С нами Бог и атаман“.

Производство в офицеры осуществлял сам лично. Особенно этот процесс усилился после поражения белых под Семипалатинском. Цели своей борьбы выражал так: организовать на занятой территории казачье войско, соединиться с восставшим против большевиков в Ташкенте Осиповым, стать диктатором и не подчиняться никому. Стремился избавиться от возможных противников; прибывшего генерала Дутова отправил в Китай, не предоставив ему у себя никакой должности».

Бывший полковник Генерального штаба Н. Колесников в эмигрантской газете «Россия» критически добавляет: «Анненков в лихо заломленном на затылке картузе, подпоясанный, точно коренник, ремнем с бляхами, а рукава, галифе и рубаха представляли собой расплесканную палитру красок. Но самое замечательное — это лик. Большая челка, точно у китайской леди, закрывала пол-лба, и из-под челки на вас смотрел весьма демократический „патрет“.

Мы не отнимем у авантюриста его личных качеств: энергии, храбрости, упорства, умения организовать хорошую шайку, знаем жестокость, с которой он может проводить в жизнь свои задачи. Любимым занятием Анненкова была прогулка по селам в пьяном виде с гармонией в руках, на которой этот гармонист действительно зажаривал всякие польки и „вальцы“».

В начале 1920 г. «Отдельная Семиреченская армия», разбитая красными частями, отступила к китайской границе. Уничтожив тех, кто согласился остаться или вернуться в Советскую Россию, оставив лишь сверх отъявленных головорезов, Анненков пересек китайскую границу и в районе синьцзянского города Урумчи разместил своих «атаманцев». Из воспоминаний эмигранта — белогвардейского офицера А. Новокрещенкова, которыми он делился, находясь в Китае:

«Приблизительно в марте, числа 16-19-го, отряд атамана Анненкова под натиском Красной Армии подошел к границе Китая у перевала Сельке. Это место атаман назвал „Орлиное гнездо“ и расположился там лагерем с отрядом численностью примерно в пять тысяч человек. Здесь были Атаманский и Оренбургский полки и полк генерала Дутова, Егерский и Маньчжурский полки при одной батарее и саперном дивизионе. Атаманский полк осуществлял прикрытие отступления отряда. Он же на месте производил суд над идущими на родину партизанами — их просто раздевали и расстреливали или сообщали вооружейным киргизам, что идет такая-то партия и ее надо уничтожить. С отрядом к границе шли семьи некоторых офицеров, как, например, семья заслуженного оренбуржца полковника Луговских, состоявшая из трех дочерей и престарелой жены, жена есаула Мартемьянова и в числе других — жена с 12- летней дочерью вахмистра Петрова — оренбуржца. Всем семьям атаман приказал эвакуироваться в Китай, а сам немедля отдал приказ 1-й сотне Атаманского полка, сотнику Васильеву отдать всех женщин в распоряжение партизан, а мужчин перебить. Как только стали приезжать семейства, то Васильев задерживал их и отправлял в обоз своей сотни, где уже были любители насилия; полковник Сергеев — начальник гарнизона Сергиополя, Шульга, Ганага и др.

Прибывших женщин раздевали, и они переходили в пьяные компании из рук в руки, и после их рубили в самых невероятных позах. Из этой клоаки удалось выбраться уже изнасилованной с отрубленной рукой дочери вахмистра, которая прибежала в отряд и все рассказала. Полк оренбуржцев немедля вооружился, а командир его Завершенский пошел с Мартемьяновым к атаману и потребовал выдачи виновных. Атаман долго не соглашался, оттягивал время, дабы главный виновник Васильев имел возможность убежать за границу и тем самым замести следы. Но Завершенский под угрозой револьвера заставил атамана выдать преступников. Оренбуржцы арестовали Шульгу, Ганагу и еще трех-четырех человек. Были вызваны добровольцы их порубить. Рубка этих людей происходила на глазах всего отряда. После казни полк снялся и пошел в Китай, не желая оставаться в отряде Анненкова. Вслед полку анненковцы дали несколько выстрелов из орудий, к счастью, не попавших в цель. Позднее по приказу генерала Дутова произвели дознание в управлении эмигрантами. Васильева арестовали, и он погиб голодной смертью в Оренбургском полку уж в Китае».

В 1921 г. китайские власти для предотвращения бандитства разоружили «атаманцев», а самого Анненкова посадили в тюрьму. Просидев в тюрьме два года, Анненков в 1924 г. со своим бывшим начальником штаба Н.А. Денисовым и небольшим отрядом (18 чел.) «атаманцев» направился вглубь Китая, поселился неподалеку от города Ланьчжоу и занялся разведением племенных лошадей.

В Китае в тот период шла война между реакционными генералами Чжан Цзолином и У Пейфу и Народной Армией сторонников Сунь Ятсена, возглавляемой Фэн Юйсяном. Русские белоэмигранты нанимались на службу к реакционным китайским генералам. Анненков Б.В. согласился с предложением монархистских организаций белоэмигрантов — организовать отряд для борьбы с революцией в рядах Чжан Цзолина, с переключением его на борьбу с Советской Россией.

Советская контрразведка пристально следила за действиями белоэмигрантской контрреволюции, которая с китайской реакцией устраивала провокации и диверсии против нашей страны. План поимки Анненкова разрабатывался в ОГПУ под руководством В.Р. Менжинского, начальника контрразведывательного отдела А.X. Артузова и начальника иностранного отдела М.А. Трилиссера. Выполнить сложный, трудный план поручили группе чекистов во главе с С.П. Лихаренко.

В Китае в Народной Армии Фэн Юйсяна в качестве советников работала группа советских военных специалистов во главе с бывшим командиром Червонного казачества В.М. Примаковым. Чекисты сообщили ему свой план захвата Анненкова и просили договориться с Фэн Юйсяном, чтобы тот пригласил Анненкова к себе якобы для работы и разрешил советской контрразведке задержать его. Все было сделано, как задумано. Анненков Б.В. понял, что ему придется нести ответственность за свои злодеяния на советской земле, сыграл роль добровольно раскаявшегося и написал письмо с просьбой о помиловании. Письмо было опубликовано в апреле 1926 г. в белоэмигрантской, китайской и советской печати. Отсюда и появились слухи о якобы добровольной сдаче Советской власти Анненкова Б.В. Под солидной охраной его доставили в Москву и передали в руки советского правосудия. Вместе с Аннековым был задержан и его бывший начальник штаба Н.А. Денисов.

Следствие по делу Анненкова и Денисова вел следователь по особо важным делам прокуратуры РСФСР Мартон. Выездная сессия Военной коллегии Верховного Суда СССР 25 июля — 12 августа 1927 г. в Семипалатинске рассмотрела дело Анненкова и Денисова. Государственное обвинение на суде поддерживал старший помощник прокурора Верховного Суда СССР Павловский и общественные обвинители Ярков, Мустабаев, Паскевич. Защищали подсудимых адвокаты Борецкий и Цветков.

На суде были заслушаны десятки свидетелей из Омской, Семипалатинской губерний и Семиречья. Помимо вызванных по инициативе общественных обвинителей на суде были допрошены еще 90 свидетелей обвинения. Военная коллегия Верховного Суда СССР приговорила Анненкова Бориса Владимировича и Денисова Николая Александровича к расстрелу. 24 августа 1927 г. приговор был приведен в исполнение.