Как правило командующий флотом или эскадрой находился на самой крупной из имеющихся галер, или на галере с самым мощным вооружением. Флагманские корабли обычно несли на корме три больших фонаря, поэтому их обычно называли lantemas. Самая большая галера, имевшая больше всего гребцов и солдат, служила как бы символом власти. Например, королевская галера (real) императора Священной Римской империи Карла V (1500–1558) имела 28 гребных скамей на борт, расположенных по схеме alia scaloccio, на каждой скамье сидело но восемь гребцов. Таким образом, на галере было 208 гребцов. Флагманская галера дона Хуана Австрийского в сражении при Лепанто имела 35 гребных скамей alia scaloccio и 210 гребцов — по 6 человек на скамыо. Большие галеры также выступали в роли кораблей командиров эскадр (pretronas или capitana). Крупные галеры часто выступали флагманами небольших национальных контингентов в составе объединенных флотов (например, могли объединяться флоты Папской области, Генуи и Мальты). Такие корабли обычно несли усиленное вооружение и назывались bastardas. Хотя этот термин иногда использовался в значении любая крупная галера с числом гребцов на борту превышающим определенное значение, в конце XVI века он закрепился за самыми большими и хорошо вооруженными галерами. Это были весьма неуклюжие корабли, на веслах они не могли развить достаточную скорость, поэтому их оснащали двумя, а то и тремя мачтами с латинскими парусами. В Испании встречались галеры, несущие смешанное прямое и косое парусное вооружение. На этих галерах невозможно было использовать гребную схему alia sensile, хотя венецианцы и османы пытались разместить четверых гребцов на скамье, но очень быстро перешли к схеме alia scaloccio.

Сражение между госпитальерами и североафриканскими пиратами. Гравюра озаглавлена «Пленение корсара». Обратите внимание на редкий вид с кормы европейской галеры. Видны лестницы и небольшие лодочки, применяющиеся в сражении. Гравюра из книги Леонарда Фронсбергера Kriegssbuch.

Турецкие солдаты грузятся на галеру, турецкая иллюстрация конца XVI века. Галеры часто использовались для перевозки живой силы, так как скорость и малая осадка позволяла им выгружать десант практически па любом участке побережья. Десантные операции с участием небольших отрядов турецких солдат были обычной тактикой османов того времени.

Сражение между исламским парусным торговым судном и эскадрой галер ордена госпитальеров. Причиной атаки стал тот факт, что судно двигалось в сторону североафриканского побережья, где укрывались пираты. Гравюра из книги Леонарда Фронсбергера Kriegssbuch.

Буксировка захваченного судна в гавань Барселоны. Это вторая гравюра, изображающая последствия атаки мусульманского судна. Обратите внимание на то, что европейские галеры несут вымпелы на клотиках мачт и на верхнем конце рей. Гравюра из книги Леонарда Фронсбергера Kriegssbuch.

Сражение при Превезе, 1538 г.

Североафриканский галиот, около 1540 г.

Папская обычная галера, около 1560 г.

Сражение при Лепанто, 1571 г.

Североафриканский порт Тунис был занят христианами в 1573 году. На следующий год его долго осаждали и отбили турки, действовавшие при поддержке галерного флота. Галеры поддерживают осаду внешней линии городских укреплений.

Андреа Дориа (1466–1560), старший из двух генуэзских командующих галерным флотом, носившим такое имя. Он был сторонником союза с Испанией и командовал объединенным флотам в сражении при Превесе (1538).