Первоначально бомбардировщики Не 111B были целиком выкрашены серой краской RLM 02. В середине 1937 года были введены новые правила окраски самолетов и Хейнкели получили на верхних поверхностях сложный трехцветный камуфляж, характеризовавшийся использованием резких цветопереходов и острыми углами рисунка. Для этого камуфляжа использовалась коричневая (RLM 61), темно-зеленая (RLM 62) и серо-зеленая (RLM 63) краски, Эта схема камуфляжа продержалась до 1939 года. Вместе с началом серийного выпуска Не 111Р появился новый экспериментальный камуфляж состоявший из темно-зеленого (RLM 62), коричневого (RLM 61) цветов и цвета хаки. Камуфляж состоял из больших пятен округлой формы. Окраска нижней части самолета не изменилась. Этот камуфляж вскоре заменили на двухцветный, состоявший из темно-зеленого (RLM 71) и черно-зеленого (RLM 70) цветов, "брюхо" самолета опять осталось серого цвета (RLM 65). Эта схема камуфляжа представляла собой нечто среднее между камуфляжем 1937 года и экспериментальным 1939 года: сохранились острые углы и резкие цветопереходы, но площадь пятен возросла и пятна не имели таких глубоких остроконечных вырезов, как в 1937 году. Этот камуфляж наносили по жестко регламентированным схемам, что однако не означало частого и довольно значительного отступления от правил, и использовали до конца войны. В полевых условиях стандартный камуфляж дополняли маленькими и большими пятнами светло-серого или песочного цвета (Восточный фронт) или черного цвета (Англия). У самолетов, совершавших ночные налеты на Англию в конце 1940 – начале 1941 года, нижние поверхности перекрашивали в черный цвет. Часто случалось, что весь самолет выкрашивали черной краской. Такая практика продолжалась и в дальнейшем на Восточном фронте и на Средиземноморском ТВД.

В Северной Африке и на Восточном фронте (в зимних условиях) использовали совершенно другие типы камуфляжа. Самолеты, летавшие над Африкой, были сверху и по бокам выкрашены краской песочного цвета (RLM 79), а нижние поверхности покрывали голубой краской (RLM 78). На Восточном фронте в зимних условиях верхние поверхности самолета покрывали белой смываемой краской, которая временами сходила, обнажая стандартный камуфляж. Часто экипажи покрывали свои машины белыми узорами, особенно в начале и в конце зимы в лесистых или урбанизированных местностях, или подновляли серую от грязи и облупившуюся белую краску, что иногда давало любопытные цветные эффекты.

В конце войны верхний камуфляж подвергся незначительным изменениям. Линия цветоперехода была смещена высоко вверх и цветопереход между RLM 70/71 и RLM 65 стал более плавным. На борта фюзеляжа наносили дополнительные пятна RLM 70/71/02. Этот, так называемый "рыбий", камуфляж использовали на Не 111Z и Не 111H-22.

В военный период опознавательные знаки на Не 111 состояли из шести крестов, расположенных сверху и снизу на крыльях и по бокам фюзеляжа, двух свастик, нанесенных на киль самолета, и двух букво-цифровых номеров, расположенных по бокам фюзеляжа. Номер обозначал принадлежность к полку (например К1), обозначение эскадрильи (например F) и номер самолета в эскадрилье (например D). Поэтому номер K1+DF обозначал самолет D из 5 эскадры 15 бомбардировочного полка. Символы часто наносили цветами эскадрильи и имели белую окантовку. Кроме того использовали элементы быстрой идентификации. На Восточном фронте и на Балканах в желтый цвет выкрашивали законцовки крыльев, поясок на фюзеляже и нижние части мотогондол, а в Африке для этих целей использовали белую краску (только поясок на фюзеляже был в два раза шире). На самолетах встречались эмблемы частей и личные эмблемы экипажей.

Стандартная схема камуфляжа Не 111Р/Н

ТТХ

Не 111B-2, 1.K/88, Испания, 1938 г.

Не 111Н-3, 1/KGr 100, Франция, лето 1940 г.

Не 111Н-16, 2./KGr27, Восточный фронт, зима 1942-43

Не 111P-2 из KG 55, Франция, осень 1940 г.

Не-111Н-3 из 2./KGr. 100, Франция, зима 1940-41.

Не 111H-6, Финляндия, июль 1944 г.

Не 111Н-6 из 2./KG 26, Сардиния, август 1943 г.

Не 111H-8/R2, Псков, февраль-март 1942 г.

Не 111Н-20 из KG 4 "Генерал Вевер", Германия, 1945 г,

Не 111Р из KG 55 периода "'Битвы за Англию", 1940 г.

Не 111Н из KG 26.

Не 111Н-6 штаба StG3, Северная Африка, 1941 г.

He 111Н-3 Словацких ВВС, весна 1943 г.

Не 111Н-3 из II./KG 1 "Гинденбург", Франция, август 1940 г.

Не 111Н-3 Румынских ВВС, Украина, 1943 г.

Не 111Н-16 Испанских ВВС.