Закончив серию в 335 машин Не 177А-3 завод Heinkel в Ораниенбурге и завод Arado в Варнемюнде подготовились к выпуску самолетов Не 177А-5. Первый самолет покинул завод Heinkel в Ораниенбурге в феврале 1943 года.

Месячный выпуск первоначально составлял 12 машин, а к концу года увеличился до 42. До конца 1943 года успели выпустить 261 (или 265) бомбардировщика Не 177А-5. К моменту прекращения выпуска самолета в 1944 году было выпущено 566 машин.

Одновременно с работой над серией А-5 в Рехлине сформировали специальный конструкторский коллектив, который возглавил инженер Гертель. Задачей коллектива было окончательно решить проблему с пожарами двигателей на Не 177. В ходе испытаний удалось обнаружить 56 возможных причин пожара. Было решено устранять эти причины поочередно. В итоге удалось радикально увеличить надежность двигательной установки.

Самолеты Не 177А-5 проектировались как носители управляемых летающих бомб и торпед. На самолеты ставили двигатели DB 610. Планер Не 177А-5 отличался от А-3 лишь незначительными деталями. Например, на элеронах помимо триммеров установили уравновешивающие клапаны Флеттнера. Самолет имел три бомбоотсека, из которых передний никогда не использовался. Кроме того, имелись специальные крепления для подвешивания бомб снаружи. Модификации подверглись и стойки главного шасси самолета.

Выпускалось несколько вариантов. Наиболее массовым был Не 177A-5/R2, идентичный A-3/R2. Вариант Не 177А-5/R5 оснащался дополнительной дистанционно управляемой башенкой, расположенной на фюзеляже за бомбоотсеком. На самолетах Не 177A-5/R6 имелось только два бомбоотсека, и также стояла дополнительная башенка. Вариант Не 177A-5/R7 должен был получить герметичную кабину, что позволило бы поднять потолок до 15000 м. Пик производства самолетов серии А-5 приходится на июль 1944 года, когда удалось собрать 95 самолетов. Всего было выпущено 565 самолетов А-5. Серийный выпуск Не 177 прекратили в сентябре 1944 года. Всего удалось собрать около 1170 самолетов Не 177 всех серий.

Прототип Не 177А-7 (Werk Nummer 550256, GP+RY), испытывавшийся после войны в Соединенных Штатах.

Прототип Не 177A-7 (Werk Nummer 550256, GP+RY), испытывавшийся после войны в Соединенных Штатах.