Крупносерийный выпуск бомбардировщиков Не 177 завершился на серии А- 5, однако дальнейший выпуск самолетов планировался, и с этой целью разрабатывались прототипы новых серий. Серия Не 177А-6 была почти на 100 % унифицирована с А-5. Вносимые изменения во многом учитывали пожелания боевых экипажей. В конце мая 1944 года были готовы наборы для постройки 15 машин, однако удалось достроить лишь около десяти. Первые несколько машин (4 или 6) обозначались как A-6/R1 и представляли собой модификацию машин A-5/R6 с герметичной кабиной. В хвостовой огневой точке стояли два спаренных пулемета MG 81Z (2x2). Изменилась конфигурация бомбоотсеков. В районе двух передних бомбоотсеков установили наружные пилоны, способные нести до 2000 кг бомб. В заднем бомбоотсеке вмещалось до 500 кг бомб. Вместо переднего бомбоотсека установили дополнительный бензобак, что позволило увеличить дальность полета до 5760 кг.
Один из самолетов Не 177А-6 (3321046, VF+QD) должен был стать прототипом для варианта Не 177A-6/R2, однако позднее использовался для испытания системы антиобледенения, а потом был переделан а стандартный Не 177А- 5. У самолетов Не 177A-6/R2 по-другому остеклялась кабина экипажа. Вооружение самолетов этого варианта состояло из двух пулеметов MG 131 калибра 13 мм в передней подфюзеляжной огневой точке DL 131Z, двух 20-мм пушек MG 151/ 20 в дистанционно управляемой башенке на фюзеляже, пулемета MG 131 в подфюзеляжной огневой точке и хвостовой огневой точки HDL 81V с счетверенными пулеметами MG 81 калибра 7,92 мм. Наступательное вооружение самолета состояло из бомб и управляемых снарядов. Самолет обычно брал 500-кг бомбу SC 500 в бомбоотсек и бомбу SC 2500 на внешнюю подвеску. Другой вариант бомбонагрузки представлял собой сочетание двух бомб SC 1000 и SC 2000. Имелась возможность брать два управляемых снаряда «Fritz X», подвешиваемых под фюзеляжем, и одну бомбу SC 500 или управляемый снаряд Hs 293 и бомбу SC 500. Комбинация управляемых снарядов и бомб позволяла по-разному атаковать цель. В середине 1944 года работы над Не 177А-6 приостановили в пользу развития четырехмоторного Не 177В (Не 277). Прототип Не 177A-6/R2 назывался Не 177 V22. Всего удалось собрать 11 машин А-6.
Прототип Не 177В-5 — Не 177 V101 (Werk Nummer 535550, NN+QQ), 1943 год.
Прототип Не 274 V1, который после войны облетали французы, Орлеан-Бриси, 1945 год.
Не 177А-7 должен был стать дальним разведчиком или разведчиком-бомбардировщиком. Размах крыльев увеличили до 36000 мм. На самолет поставили две установки DB 613 (спаренные моторы DB 603G) стартовой мощностью 3600 л.с. и рабочей мощностью 3150 л.с. Чтобы упростить технологию, конструкцию самолета во многом унифицировали с А-5. Часть первых машин должна была получить старые установки DB 610 вместо еще не доведенных DB 613. Сухая масса самолета 18100 кг, взлетная масса 34631 кг. Максимальная скорость составляла 545 км/ч на высоте 6000 м.
Самолет Не 177А-7 вызвал большой интерес со стороны японской военной миссии. Речь зашла о приобретении лицензии. У японского самолета предполагалось использовать четыре одиночных двигателя. В мае 1944 года немцы предложили доставить в Японию один Не 177А-7. Единственной возможностью доставить машину был беспересадочный перелет из Германию в Японию. Маршрут начинался из Восточной Пруссии и через Сибирь шел в Манчжурию. Однако японцы предпочли не рисковать и настаивали на маршруте Болгария-Бирма. Летом 1944 года советские войска начали крупномасштабное наступление в Белоруссии, и об отправке самолета в Японию пришлось забыть. Вероятно, немцы планировали использовать самолеты Не 177А-7 для нанесения ударов по территории Соединенных Штатов. После войны один из захваченных Не 177A-7 доставили в США и испытывали там.
Элементы фюзеляжа использовались для создания прототипа реактивного бомбардировщика Junkers 287. Самолет Не 177А-5 (Werk Nummer 550216, TM+IU) использовался для испытания жесткого буксира. На буксир бралась планирующая бомба SG 5005. Бомба взлетала на буксире, в районе цели ее отцепляли от бомбардировщика, после чего бомба самостоятельно шла к цели.
Не 177A-1 из I./FKG 50, аэродром Запорожье, январь 1943 года.
Самолеты Не 177А-5 из II./KG 40 выруливают на старт. Бордо-Мериньяк, 1944 год.