До капитуляции 8 сентября 1943 года Regia Aeronautica (Королевские ВВС) считалась одним из трех родов войск армии Италии.

Regia Aeronautica подчинялась Министерству Авиации, во главе которого стоял Бенито Муссолини (Mussolini). Фактически итальянскими ВВС командовал начальник главного штаба авиации, которому также подчинялось командование ВВС (Superaero). С 3 октября 1939 года по 15 ноября 1941 года должность начальника главного штаба занимал дивизионный генерал Франчиско Приколо (Pricolo), с 15 ноября 1941 года по июль 1943 года — дивизионный генерал Фоуджер (Fougier), а с июля 1943 года — генерал Сандалли (Sandalli).

На территории Италии располагалось четыре оперативных соединения сухопутной авиации:

1 Squadra Aerea (1-й воздушный флот) располагался на севере Италии, штаб — в Милане;

2 Squadra Aerea располагался на Сицилии и острове Пантеллерия, штаб — в Палермо;

3 Squadra Aerea располагался в центральной части Италии, штаб — в Риме;

4 Zona Territoriale располагался на юге Италии, штаб — в Бари.

За границами метрополии во время 2-й Мировой войны дислоцировалось пять воздушных флотов:

Aeronautica della Libia штаб в Триполи (флот состоял из восточного и западного секторов);

Aeronautica dell'Albania штаб в Тиране;

Aeronautica della Sardegna штаб в Кальяри;

Aeronautica dell'Egeo штаб на острове Родос;

Воздушный флот итальянской Восточной Африки (Центральная Эфиопия и Эритрея).

Каждый из воздушных флотов состоял из дивизий (Divisione) или бригад (Brigate), а также отдельных дивизионов (Gruppo Autonomo) Самые крупные из воздушных флотов состояли из трех дивизий: двух бомбардировочных и одной истребительной. Истребительная дивизия состояла из трех полков (Stormo). Полк состоял из двух истребительных дивизионов сухопутных войск (Gruppo di Cacchia Terrestre). В состав дивизиона входило от двух до четырех эскадрилий (Squadriglia). В свою очередь, эскадрилья состояла из трех звеньев (Sezione), по три самолета в звене. В ходе военных действий штат эскадрилий увеличили с 9 до 12 самолетов.

В военно-воздушных силах национал-социалистической республики (Aeronautica Nazionale Reppublicana — ANR) была принята та же структура, что и в люфтваффе, поэтому численность эскадрильи возросла до 15–20 самолетов, а дивизион насчитывал три боевых и одну штабную эскадрилью. Соответственно численность дивизиона возросла с 36 до 60–65 самолетов.

В военно-воздушных силах Союзной Италии были сформированы три крыла: истребительное, бомбардировочное и гидросамолетов. Существующие полки не стали расформировывать, однако каждый полк стал насчитывать по три дивизиона.

От перечисленных выше правил имелись многочисленные отступления, вызванные военной обстановкой на фронтах.