Прототипы V1-V4 самолета Юнкерс Ju 87 не окрашивались, а оставались в натуральном цвете дюралюминиевого листа, из которого были изготовлены. Прототип VI не нес кодовых обозначений или каких-либо знаков государственной принадлежности. Прототип V2 имел на обеих сторонах фюзеляжа и крыльев буквенное обозначение D-UHUH черного цвета. Прототип V3 нес аналогичное черное кодовое обозначение D-UKYQ.

Прототип V4 — кроме черных букв D-UBIP — имел на вертикальном киле красную полосу с белым кругом, куда была вписана черная свастика. Этот знак, как один из символов государственной принадлежности воздушного судна, был нанесен позднее на прототипы V2 и, вероятно, V3. Серийные экземпляры версии Ju 87 А окрашивались по верхним поверхностям планера стандартным трехцветным камуфляжем RLM 61/62/63 с ломаными линиями разделения цветов. Сверху наносились пятна красок коричневой (RLM 61 Dunkelbraun), темно-зеленой (RLM 62 Grim) и серо-зеленой (63 Grungrau); снизу вся машина окрашивалась в светло-голубой цвет (RLM 65 Hellblau). Некоторые экземпляры версии Ju 87 А, после передачи их в летные школы к конце тридцатых годов, перекрашивались по образцу версии Ju 87 В. Последняя (Ju 87 B/R) окрашивалась сверху большими ломаными пятнами красок в стандартном расположении, черно-зеленого (RLM 70 Schwarzgrun) и темно-зеленого (RLM 71 Dunkelgrun) цветов. Окраска снизу осталась прежней (светло-голубая RLM 65 Hellblau). Этот камуфляж, подробно определявший расположение пятен обоих зеленых оттенков, также использовался на позднейших производственных сериях D и G. От этого стандарта, однако, существовало много отступлений. Самолеты, действовавшие в Африке, получали тропический камуфляж, имевший несколько вариантов. Вначале дополнительно накрашивались пятна песочного цвета, которые наносились непосредственно на стандартную «европейскую» раскраску из цветов RLM 70 и RLM 71. Для них использовалась краска песочного цвета (RLM 79 Sandgelb) или, скорее всего в исключительных случаях, песочная краска, применявшаяся итальянской авиацией. В следующих фазах боев над Африкой тропические версии Ju 87 B/R/D получали стандартный камуфляж, состоявший из песочного (RLM 79 Sandgelb) и оливково-зеленого (RLM 80 Olivgrun) цветов на верхних поверхностях и светло-голубого (RLM 78 Hellblau) на нижних. Расположение пятен камуфляжа на верхних поверхностях было различным, чаще всего это были хаотические оливково-зеленые пятна или пятнышки на песочном фоне. Некоторые Ju 87, действовавшие на Африканском ТВД, сверху окрашивались исключительно песочным цветом RLM 79.

В зимних условиях, особенно на Восточном фронте, самолеты окрашивались по верхним поверхностям белой смывающейся краской или известью. Краска или известь иногда наносились равномерно, что давало сплошную белую окраску машины сверху и сбоку; однако чаще всего краска/известь наносились не очень тщательно или — из-за воздействия атмосферных факторов — белая окраска облазила, что создавало интересный визуальный эффект. На самолетах, действовавших ночью, светло-голубой цвет RLM 65 иногда заменялся на черный RLM 22 Schwarz. Некоторые машины из ночных штурмовых эскадрилий окрашивались также дополнительными пятнышками или «змейками» светло-серого (RLM 76 Hellgrau) или светло-голубого (RLM 65 Hellblau) цветов поверх стандартного камуфляжа верхних поверхностей.

Прототип версии С оставался цвета натурального металла. Как единственное обозначение нес флаг со свастикой на хвосте. Серийные самолеты версии С получили стандартную окраску RLM 70/71/65 с расположением цветов, аналогичным версии B/R. Обозначения государственной принадлежности состояли из шести балочных крестов (Balkenkreuz) и двух свастик (Hakenkreuz). Кресты черного цвета с белой обводкой наносились снизу и сверху на обоих крыльях и с левой и с правой сторон фюзеляжа. Форма и размеры креста изменялись в течение всего периода службы Ju 87 в Люфтваффе, что можно видеть на цветных планшетах, показывающих способы окраски отдельных версий «штуки». Свастики наносились на обе стороны вертикального киля. До осени 1939 черная свастика размещалась в центре белого круга, расположенного на красной полосе, как на государственном флаге Третьего рейха. В дальнейшем свастику рисовали прямо на камуфляже, причем черный силуэт имел белую обводку, снаружи окантованную тонкой черной обводкой. В конце 1939 изменилось месторасположение свастики — из середины вертикального оперения она передвинулась ближе к переднему краю вертикального стабилизатора. Надписи и эксплуатационные обозначения наносились по всему самолету согласно установленному образцу. Кодовые обозначения, символизирующие принадлежность к соответствующей части, наносились по обеим сторонам фюзеляжа. Перед крестом, слева от него, рисовались буква и цифра, обозначающие код части (например, Т6 означало StG 2), после креста следовали индивидуальная буква самолета в эскадрилье и буква, обозначающая номер эскадрильи. Штаб эскадры или штабная эскадрилья в качестве последней имели букву А, а индивидуальная буква всегда была голубой. Индивидуальные буквы самолетов, принадлежащих к штабам групп, всегда были зелеными, а последняя буква обозначала соответствующую группу: I. — В, II. — С, III. -D, IV. - F, V. - G. Индивидуальные цвета и буквенные символы каждой эскадрильи представлены в таблице. Самолеты также носили эмблемы частей, чаще всего на передней части фюзеляжа, на капоте двигателя или под фонарем кабины. Размещение и некоторые примеры эмблем показаны на цветных планшетах. Окраска и обозначения дополнялись элементами быстрой идентификации самолета. Чаще встречалось окрашивание нижних частей оконцовок крыльев в белый цвет и белый пояс вокруг фюзеляжа для машин, действовавших в Африке и в бассейне Средиземного моря, или тех же элементов в желтый цвет — на Восточном фронте, а также в период балканской кампании весной 1941. Во время операции «Марита» часто в желтый цвет окрашивали полностью капот двигателя и руль направления, а изредка даже элероны горизонтального оперения. Самолеты, использовавшиеся союзниками немцев, оставались чаще всего в первоначальной заводской окраске (цвета RLM 70/71/65). Венгерские Ju 87 А окрашивались согласно схемам Люфтваффе в стандартные цвета RLM 61/62/63/65.

Ju 87 R-2 из StG 2 в «песочном» камуфляже, наложенном на стандартную «европейскую» окраску (RLM 70/71/65). На вертикальном киле белый заводской номер 6117.

Ju 87 D-l/trop. (GP+YA) в одноцветной «песочной» тропической окраске.