В январе 1939 г. авиакомпания Дойче Люфтганза эксплуатировала 73 Ju-52/ 3m, 15 из них летало в Южной Африке. В течение 1939 г. компания получила еще 26 самолетов Ju-52/3m, в числе которых было шесть машин австрийской авиакомпании OLAG. В то же время четыре самолета Люфтганзы разбилось, 17 самолетов были проданы испанской авиакомпании Iberia и бразильской Syndicate Condor. В конце 1939 г. в Европе летало 74 Юнкерса Люфтганзы, еще четыре самолета эксплуатировалось в Эквадоре и Перу. С началом войны несколько Ju-52/3m реквизировали люфтваффе.

В 1940 г. авиакомпания получила шесть самолетов. В конце года в Люфтганзе имелось 78 Ju-52/3m в Европе и два в Перу. В течение 1941 г. авиакомпания потеряла 20 Юнкерсов (боевые потери и потери в результате летных происшествий), 18 из них летали в составе люфтваффе. В 1942 г. разбился только один Ju-52/3m Люфтганзы, но в составе люфтваффе опять было потеряно 18 самолетов авиакомпании. На территории Перу продолжали оставаться два Ju-52/3m Люфтганзы. В конце 1942 г. в Люфтганзе имелось 47 самолетов Ju-52/3m.

В течение 1943 г. самолеты германской авиакомпании интенсивно летали над оккупированными Германией странами Европы и дружественными Рейху государствами. В декабре 1943 г. 37 Юнкерсов Люфтганзы действовали в составе люфтваффе. В 1944 г. было потеряно девять Ju-52/3m Люфтганзы, летавших в люфтваффе. На конец года в авиакомпании числилось 34 самолета, из них 28 — в люфтваффе.

Два самолета Люфтганзы были потеряны при эвакуации Берлина в последние дни войны. Последний способный подняться в воздух Ju-52/3m авиакомпании Люфтганза поднялся в воздух с аэродрома Берлин-Темпельхоф 22 апреля 1945 г. Почти 200 человек гражданского персонала авиакомпании погибло в годы Второй мировой войны.

Эвакуация раненых с Восточного фронта на самолете Ju-52/3m g4e. Раненые лежат в кабине в два ряда, трехмоторный Юнкерс мог перевозить до 12 лежачих больных. Впереди — стойка с радиоаппаратурой и рабочее место радиста.

На руле транспортника написан временный идентификационный код Z3K. Самолет подломал стойки шасси в результате грубой посадки в Северной Африке. Юнкерс модификации g9e являлся тропическим вариантом Ju-52/3m g4e.