Известны две версии самолета Ju 88А- 6: собственно Ju 88А-6 и Ju 88А-6 U.

Ju 88А-6 представлял собой обычный Ju 88А-5, оснащенный приспособлением для перерезания тросов аэростатов. Впереди самолета крепился параван, а на концах крыльев устанавливали специальные ножи. В задней части фюзеляжа разместили противовес массой 60 кг. Самолеты Ju 88А-6 шли перед волной бомбардировщиков и расчищали дорогу. Поскольку громоздкая конструкция ухудшала скоростные качества и маневренность машин, то, как правило, Ju 88А-6 сбивали первыми.

Модификация Ju 88А-6 U – это самолеты Ju 88А-6 (по всей видимости Ju 88А-6 U строили и на базе Ju 88А-4., приспособленные для атак на морские цели). На Ju 88А- 6U ставили моторы Jumo 211F или 211J. Самолеты не оснащались подкабинной гондолой, входной люк экипажа размещался под фюзеляжем. Экипаж этой версии составлял три человека. Ju 88A-6U оснащали радаром FuG 200 Hohentweil. Антенны радара располагались либо на носу машины, либо на носу и под левым крылом. FuG 200 можно было монтировать вместе с радаром FuG 217 Neptun R1 радиусом действия от 400 до 4000 метров, антенны этого радара устанавливали под крыльями. FuG 200 служил для отыскания морских целей на дистанциях до 80 км, а FuG 217 использовался в качестве радара кругового обзора. На некоторых самолетах этой модификации устанавливали обтекатели на выхлопные патрубки. Использовали различные схемы вооружения самолета, чаще всего оборонительное вооружение заключалось в одиночном пулемете MG 131 или спаренном MG 811.

Самолеты Ju 88А-6 оборудовались радаром EZ 6 и альтиметр FuG 101.