Модификация Ju 88А-13 задумывалась как штурмовик, в обязанности которого входила бы поддержка пехоты на поле боя.

Начиная с января 1942 года было переделано несколько серийных Ju 88А-4. Самолеты Ju 88А-13 получали дополнительное бронирование кабины, бензобаков и нижней поверхности мотогондол. Воздушные тормоза с таких самолетов снимали. На внутренних бомбодержателях можно было подвесить контейнеры AB 250. AB 500 или AB 1000 (цифра в наименовании означает массу бомб, находящихся в контейнере), заполненных маленькими бомбами SD 2 массой по 2 кг каждая. В бомбоотсеке предусматривалась подвеска для классических фугасных, зажигательных и осколочных бомб.

На бомбодержателях ЕТС 250 устанавливали контейнеры (так называемые Waffenbehaelter) с скорострельными пулеметами, предназначенными для поражения наземных целей. Использовали два типа контейнеров: WB-81A, в которых размещались три спаренные пулемета MG 81Z, или WB-8IB с идентичным вооружением, но пулеметы фиксировались под углом 15 гр к горизонту.

Ju 88А-13 в небольшом количестве использовался на Восточном фронте в 1942- 1944 годах.

Снимок времен Битвы за Британию одного бомбардировщика Ju-88 сделан из кабины другого. Ведомый Юнкерс атакует британский «Харрикейн». Истребитель с трудом разичим между мушкой и кольцом прицела пулемета MG-15.

Гримаса войны – ушлый англичанин перекачивает ручным насосом бензин из баков сбитого Ju-88 (самолет из KG-54) в бак своего кара. Юнкерс выполнил вынужденную посадку на брюхо под Тагмиром в Саесексе. Данного рода операции в Великобритании уголовно наказывались, но – быстро поднятое не считается упавшим! Особенно если никто не видит.