Данная модификация представляла собой дальнейшее развитие учебно-тренировочного самолета на базе Ju 88. В современной литературе, посвященной Ju 88А-16, трудно установить к какой конкретно модели относился этот самолет. Некоторые источники утверждают, что это была учебная модель для Ju-88, другие, более многочисленные источники утверждают, что А-16 был учебной машиной для Ju 88А-15