Во время работы над проектами самолетов Ju 85 и Ju 88 было создано два типа кабины пилота. Кроме классической, которую потом внедрили в производство, создали и полностью остекленную кабину без уступа в передней части. Кабину похожей конструкции в последствии использовали на самолете Do 217K. Такие самолеты получили обозначение Ju 85В и Ju 88В. Был построен полный макет кабины Ju 85В.
В 1939 году проектные работы нал самолетом Ju 88В продолжились. Для испытаний взяли планер от Ju 88А-1. на который установили двигатели Jumo 213 мощностью 1102 кВт/1500 л.с. и комплексную кабину. Однако в воздушном комиссариате решили продолжать выпуск Ju 88А и ограничиться только маленькой серией Ju 88В.
В 1940 году двигатели Jumo 213 заменили на радиальные (двойная звезда) 14- цилиндровые двигатели BMW 801МА мощностью 1176 кВт/1600 л.с.
Более шести месяцев, начиная с сентября 1940 г. бомбардировщики Ju-88 летали ночами бомбить Британию. Эти операции получили известность как «Ночные блитцы». На старт выруливает Ju-88 с четырьмя бомбами SC-250 на внешней подвеске.
Ju-88 с регистрацией «ЕЕ205» и опознавательными знаками RAF на оценочных испытаниях. Самолет был построен как Ju-88А-6 и снабжен устройством для резки тросов аэростатов награждения, за исключением этих устройств самолет полностью идентичен Ju-88 А-5.
Всего построили три прототипа: Ju 88V23 (D-ARYB. в последствии NK+AO), поднявшийся в небо 19 июня 1940 года, представлял собой бомбардировочную версию самолета, Ju 88V24 (D-ASGQ, в последствии NK-AP) – разведывательную версию, а Ju 88V25 (NK+AK) – версию тяжелого истребителя. Прототип V24 облегали 30 июля, а V25 – 26 сентября 1940 года. Эти три машины должны были стать эталонами трех серий: бомбардировщиков Ju 88В-1. разведчиков Ju 88В-2 и тяжелых истребителей Ju 88В-3.
Вооружение самолетов типа Ju 88В-3 (тяжелых истребителей) состояло из трех неподвижно установленных пулеметов MG 17 и пушки Маузер 151/20, также неподвижно закрепленной в правой передней части фюзеляжа. Ju 88В строили на базе фюзеляжа Ju 88А-1 и крыльев Ju 88А-5.
Во время испытаний обнаружилось, что Ju 88В не намного превосходит Ju 88А, поэтому RLM отказался от выпуска этого самолета. Было заказано только десять машин нуль-серии – Ju 88В-0. Эти самолеты строили на базе фюзеляжа Ju 88А-4, отличие заключалось в том, что хвостовая часть фюзеляжа была удлиненна, чтобы сохранить центровку самолета. Все самолеты планировали использовать в качестве разведчиков, поэтому на них не ставили бомбоприцелы, бомбодержатели и воздушные тормоза. В переднем бомбоотсеке оборудовали дополнительный бензобак, а в заднем установили три фотокамеры типа Robot, предназначенных для плоскостной и перспективной аэрофотосъемки. Две камеры разместили в левой части бомбоотсека, а одну – в правой. Вооружение самолета состояло из трех спаренных пулеметов MG 81Z в передней, задней и нижней установках. Самолеты Ju 88В- 0 использовали в разведывательной группе командования Люфтваффе (Aufklaerungsgruppe des Oberbefehlshabers der Luftwaffe), которая в 1940-1941 годах действуя с аэродромов в Мельце и Кракове-Раковицах производила разведывательные полеты над территорией Советского Союза. Самолеты Ju 88В использовали и в качестве опытных образцов, например Ju 88V27 и Ju 88V32.
Бомбардировщики Ju-88 держат курс на Британию. Юнкерсы бомбили туманный Альбион днем и ночью, но с осени 1940 г. командование люфтваффе было вынуждено перейти, главным образом, к ночным налетам. Истребители RAF причинили днем бомбардировщикам слишком большие потери, зато ночных истребителей у англичан практически не имелось.
Бомбардировщики, выполнявшие ночные налеты на Британию, перекрашивали полностью или частично в черный цвет для меньшей заметности. На снимке – Ju- 88А из KG-1.
Ju-88C отличался носовой частью фюзеляжа без остекления. В носу стояла батарея из трех 7,9-мм пулеметов MG-17 и одной 20-мм пушки MG-FF. Еще две пушки с боекомплектом по 120 снарядов на ствол можно было поставить в гондоле – на этом Юнкерсе Ju-88C-6 гондольные пушки установлены. Стволы всех пушек отклонены вниз на 5 градусов.