Самолеты Ju 88С-2 были первыми истребителями на базе Ju 88, которых использовали в бою. Как и прототипы Ju 88V15 и V19 машины Ju 88С-2 вместо «глаза жука» получили цельнометаллическую носовую часть. На некоторых машинах по бокам корпуса ниже кабины пилота делали небольшие оконца. От носовой части кабину пилота отделял 11-мм бронещиток, который защищал экипаж и обеспечивал крепление пушек и пулеметов. В носовой части самолета размещали гри пулемета MG 17 калибра 7.92 мм и пушку MG FF калибра 20 мм или MG 151/15 калибра 15 мм. Вооружение было закреплено неподвижно под углом -5 гр к горизонту. Боезапас к пулеметам составлял 800 выстрелов на ствол, к MG FF – 90 выстрелов, а к MG 151/15 – 350 выстрелов. На самолеты С-2 ставили двигатели Jumo 211В или 211G. В полевых условиях систему выхлопа двигателей часто оборудовали пламегасителями. Ju 88С-2 мог брать в передний бомбоотсек до 500 кг бомб, а в заднем бомбоотсеке разместили дополнительный топливный бак емкостью 1600 литров.

Тяжелые истребителями Ju 88Ст2 в мае 1940 года поступили в дивизион истребителей KG 30.