В середине 1940 года командование Люфтваффе и конструкторский коллектив фирмы Юнкерс приступили к созданию разведывательной модификации самолета Ju 88. Новая машина должна была заменить самолеты Дорнье Do 17Р, которые в то время использовали для разведки. Созданному на базе Ju 88А самолету-разведчику присвоили обозначение Ju 88D. Еще до того, как приступили к серийному выпуску машин Ju 88D, в спешном порядке переделали в разведчики некоторое количество бомбардировщиков, Переделанные машины обозначались как Ju 88A-I(F) и Ju 88A-5(F) (буква F- сокращенно Fernaufklaerungs (дальняя разведка)). С переделанных самолетов сняли внешние и внутренние бомбодержатели и воздушные тормоза. Четырехстворчатые створки бомболюка заменили двухстворчатыми. Две фотокамеры установили в левой части заднего бомбоотсека, а одна – в правой части. В переднем бомбоотсеке разместили дополнительный топливный бак емкостью 1450 литров. Кроме трех фотокамер, закрепленных в бомбовом отсеке, в кабине пилота разместили маленький ручной фотоаппарат.

Первые переделанные из бомбардировщиков разведчики встали в строй в 1940 году.

В 1940 году немецкие самолетостроители выпустили 330 разведчиков Ju 88D. Разведывательное оборудование состояло из фотокамер Robot Rb 70/30 или Rb 50/ 30, предназначенных для съемок с больших высот и камеры Rb 20/30, которую использовали для фотографирования с низких высот.

Разные модификации Ju 88D незначительно отличались друг от друга по способу установки фотооборудования. На Ju 88D- 0 и ранних Ju 88D-1 объективы фотокамер выступали за обводы корпуса и были закрыты противобликовой системой. На самолетах Ju 88D-2 и Ju 88D-4 объективы за обводы фюзеляжа не выступали.