Пересмотр технических требований затянул реализацию программы «88» так, что первые предсерийные Ju 88 А-0 попали в части только в марте 1939 года. В начале 1938 года RLM заказал 28 предсерийных Юнкерсов Ju 88 А-0 и 50 самолетов Ju 88 А-1. Две недели спустя Юнкерс получил заказ еще на 100 машин Ju 88 А-I. Завод Юнкерса в Ашенслебене выпускал фюзеляжи. а заводы в Хальберштадте и Леопольдсхалле – крылья и оперение. Окончательную сборку осуществляли на заводе в Бренбурге. Лицензионный выпуск осуществлялся в четырех группах. В первую группу были собраны заводы Хеншель в Берлин-Шёнефельде, Арадо в Бранденбурге (крылья) и АЕГ – Аллгемайне Электритет Гезелльшафт (оперение). Во второй группе находились заводы Дорнье-Верке в Висмаре (фюзеляжи) и Хейикель в Ораниенбурге (крылья). Третью группу составляли заводы Дорнье в Фридрихсхафене. Четвертая группа состояла из заводов АЕГ в Лейпциге и Зибель в Халле (крылья). Оснастку и дополнительное оборудование, необходимое для выпуска Ju 88, изготавливали на заводе Юнкерса в Шёнебеке.
Первый прототип Ju-88V-1 в одном из первых испытательных полетов. Самолет имеет гражданскую регистрацию «D- AQEN». Машина была потеряна при испытаниях на достижение максимальной скорости полета. В обтекателе над фонарем кабины объективом назад установлен киноаппарат.
Junkers 88А-0
Ju 88 А-0 был идентичен прототипу Ju 88V10. Вооружение самолета составляли три пулемета Рейнметалл-Борзиг MG 15 калибра 7.92 мм, установленные в трех точках: внизу в гондоле (Bodenwanne), в задней части кабины и в передней части кабины. Последний пулемет обслуживал штурман. Бомбы общей массой до 1000 кг располагались на внешней подвеске под крыльями и внут ри бомбоотсека. Самолет был оснащен бомбоприцелом BZA, предназначенным для бомбометания из пикирования. В качестве силовой установки на самолете использовали двигатели Jumo 211B-1 мощностью 884 кВт/1200 л.с.
V3 – первый Ju-88 с двигателями JUMO- 211 и удлиненным фонарем кабины пилота, хотя носовая часть фюзеляжа осталась конусообразной. В блистере под носовой частью фюзеляжа установлен бомбардировочный прицел. Первый полет третий прототип выполнил 13 сентября 1937 г.