Вместе с развитием конструкции самолетов Ju 88С и Ju 88R (о котором будет рассказано ниже) Юнкерс вел работу над новым истребителем с усиленным вооружением и улучшенной аэродинамикой. Истребитель получил обозначение Ju 88G. Прототип Ju 88V58 (GI+BV. W.Nr. 700001) облетали 24 июня 1943 года. На самолет устанавливали двигатели BMW 80ID мощностью 1250 кВт/1700 л.с. фюзеляж самолета был взят от Ju 88R-2, а оперение от Ju 188.

У самолета были по иному размещены выхлопные трубы и усилено бронирование кабины. Вооружение составляли целых шесть пушек MG 151/20 с боезапасом 200 выстрелов на ствол. Эти пушки размещались в подфюзеляжной гондоле и в носовой части фюзеляжа. В задней установке монтировали пулемет МО 131. Вместо постоянной антенны использовали выдвижную мачту, антенну FuBl 2 заменили на FuG 25 (штыревая антенна) и FuG 16ZY (рамочная антенна). Под левым крылом размещалась антенна альтиметра FuG 101. Кроме всего, перечисленного выше, на самолет устанавливали радар FuG 212.