Весной 1942 года RLM выдал техническое задание на самолет-разведчик дальнего радиуса действия, предназначенного для полетов над Атлантикой. Юнкерс представил модификацию самолета Ju 88D. которую назвали Ju 88Н. У нового разведчика фюзеляж был удлинен на 2575 мм и увеличен размах крыльев. Подфюзеляжную гондолу убрали. Экипаж самолета насчитывал три человека. Силовая установка состояла из двух двигателей БМВ 801. Самолет оснастили тремя фотокамерами Robot Rb 70/30 и 50/30, а также радаром FuG 200 Hohentweil. Вооружение самолета состояло из двух пулеметов MG 8, расположенных под фюзеляжем в сдвинутой влево установке WT 81Z, одного MG 811. установленного в правом лобовом окне и одного MG 811 в задней установке.
Прототип Ju 88Н-1, которым был Ju 88V89 (RCi+RP. W.Nr. 430820) с двигателями BMW 801 ML, поднялся в небо 2 ноября 1943 года. В том же месяце был облетан и второй прототип Ju 88V90 (W.Nr. 430821).
Серийные самолеты Ju 88Н-1 имели дальность полета от 4680 до 5130 км. На самолеты устанавливали радар FuG 220 Lichtenstein SN-2 и двигатели BMW 801D.
Самолет Ju 88Н-2 был дальним истребителем (Zerstoerer). На самолеты этой модификации не ставили радаров и фотокамер. В цельнометаллической носовой части фюзеляжа устанавливали две пушки MG 151/ 20 и еще четыре MG 151/20 подвешивались в контейнере, под фюзеляжем.
На заводе в Мерсенбурге изготовили по десять самолетов Ju 88H-I и Ju 88Н-2.
В 1944 году появились очередные модели Ju 88Н. У Ju 88Н-3 и Ju 88Н-4 фюзеляж был удлинен на 3157 мм (встроен еще один сегмент). Образовавшийся внутренний объем был занят дополнительным топливным баком. На самолеты установили двигатели Jumo 213А-12 мощностью 1305 кВт/ 1776 л.с., оснащенные форсирующим устройством MW 50. Самолет Ju 88Н-3 был предназначен для разведки, а Ju 88Н-4 должен был стать истребителем.
На самолете Ju-88A-2 была предусмотрена возможность установки ракетных ускорителей Вальтер HWK-500 Rauckgerate. Ракетные ускорители, подвешенные под внешние секции крыла, облегчали взлет перегруженного самолета. Отработавшие ускорители сбрасывались на парашютах.
В носовой части фюзеляжа видны узлы крепления устройств для резки тросов аэростатов воздушного заграждения.