Прототипом серии Ju 88Р-1 был самолет Ju 88V54 (W.Nr. 1881), облетанный в 1942 году. Ju 88Р-1 характеризовался цельнометаллическим носом. В задний части подфюзеляжной гондолы, вмещавшей ВК 7.5 cm и 4 MG 81, располагалась и нижняя установка с MG 81Z. в задней установке монтировали два MG 811. а в передней части кабины было предусмотрено место для еще одного MG 811.

В начале 1943 года Ju 88Р-1 были испытаны в Опытной группе истребителей танков (Versuchkommando fuer Panzerbckampfung). В 1943 году Юнкерсы Ju 88Р-1 были направлены в 92-ю эскадрилью истребителей танков (Panzerjaeger Staffel 92). которая подчинялась командиру противотанковой авиации (Fuehrer der Panzerjaeger), а затем вошла в состав 111./ KG 1 Hindenburg.

Во время боевых вылетов выявился другой недостаток – низкая скорострельность, за один заход самолет мог произвести только два выстрела.

Ju-88B VI выполнил первый полет в начале 1940 г. Самолет представлял собой Ju-88A-I с совершенно новой носовой частью фюзеляжа.

Было построено порядка десятка предсерийных Ju-88B. которые использовались как дальние разведчики в интересах высшего командования вооруженных сил Германии.

Тяжелый истребитель Ju-88C-6 предназначался для использования днем и ночью.