Самолеты Ju 88Р-2 были переделаны из серийных Ju 88А-4. Переделка заключалась в установке в подфюзеляжной гондоле двух пушек ВК 3.7 cm калибра 37 мм. Пушки обладали достаточно хорошей практической скорострельностью – порядка 15 выстрелов в минуту. Кроме того, была улучшена противооткатная система. В задней части гондолы размещался спаренный пулемет MG 81Z. а в задней установке монтировали два MG 811. Кабину пилота защитили бронеплитами и бронестеклом.
Самолеты Ju 88Р-2 предназначались не только для борьбы с советскими танками. Другой целью для этих машин были американские бомбардировщики В-17 и В-24.
Самолеты Ju 88Р-3 отличались от Р-2 усиленным бронированием кабины пилота и мотогондол.