Самолет Ju 88R-1 представлял собой дальнейшее развитие самолета Ju 88С-6, Вместо двигателей Jumo 211 на самолет Ju 88R-1 установили двигатели BMW 801МА мощностью 1176 кВт/1600 л.с. другой отличительной чертой этого самолета были широкие створки, закрывающие убранные шасси. У самолетов поздних выпусков была усилена система охлаждения, поскольку опыт эксплуатации выявил перегрев двигателей.

Схема вооружения самолетов Ju 88R-1 была похожа на ту, что применяли на Ju 88С-6. Вместо пулеметов MG 81 устанавливали крупнокалиберные MG 131. Некоторые машины оснащались Schraege Musik. На самолетах использовали радары FuG 202 Lichtenstein ВС I и FuG 212 Lichtenstein С-1.

Турель с 13-мм пулеметом MG-131 па самолете Ju-88E-0, самолет переоборудован т Ju-88B-0. Ju-88E-O стал шагом в разработке Jn-188.

Ju-88P-3, вооруженный двумя 37-мм пушками в подфюзеляжном обтекателе.

Истребитель Ju-88G-I с радиолокатором SN-2 и устройством FiiG-227 «Фленсбург».