Самолеты этого типа сменили на конвейере предыдущую модель. Отличительной чертой самолетов Ju 88R-2 были двигатели BMW 801D мощностью 1250 кВт/1700 л.с. система охлаждения этих двигателей была переделана. Кабина была защищена дополнительной броней. Самолеты оснащались радарами FuG 202 Lichtenstein ВС и FuG 212 Lichtenstein С- 22. Дополнительно устанавливали устройство IFF типа FuG 25 и радиостанцию FuG 16 ZY. На выхлопные трубы самолетов устанавливали пламегасители.

Из-за нехватки двигателей BMW 801 (которые также ставили и на истребители Фокке-Вульф Fw 190А) выпуск самолетов Ju 88R-2 прекратили в начале 1944 года.