Ju 88S-1 был очередной модификацией самолета. Из конструкции убрали подфюзеляжную гондолу, оборонительное вооружение сократили до одного MG 131 в задней установке. Также уменьшили бронезашиту кабины пилота. На самолетах этой модификации вновь вернулись к внешней подвеске бомб – под крыльями установили бомбодержатели ЕТС 1000. В заднем бомбоотсеке можно было устанавливать дополнительный бензобак. Двигатели BMW 801D заменили на BMW 801G- 2, оснащенные устройством форсирования GM I. которое впрыскивало в топливную систему двигателя окись азота (N2O). Ее впрыскивание позволяло поддерживать мощность двигателей на больших высотах. Баллоны с N2O помещали в заднем бомбоотсеке. Использование GM 1 позволило увеличить скорость самолета на 45 км/ч, а потолок на 1400 метров. На самолеты устанавливали радары FuG 217 Neptun R-l, которые сообщали о том, что самолет попал в сферу действия локатора самолета противника. Радиооборудование дополняло устройство опознания «свой- чужой» FuG 25, радиоальтиметр FuG 101 и УКВ-радиостанция FuG 16ZY.