Весной 1944 года выпустили небольшую серию самолетов Ju 88S-2. Как и самолет Ju 88A-15, новый бомбардировщик был оборудован расширенным бомбоотсеком, позволяющим принимать до 3000 кг бомб. Бомбодержатели ЕТС 1000, форсирующее устройство GM 1 и дополнительные топливные баки были сняты. Fla самолетах использовали двигатели BMW 801TJ с турбонаддувом. Оборонительное вооружение усилили двумя пулеметами MG 811, неподвижно укрепленными в хвостовой части бомбоотсека.